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1307章 致命指令

熊貓書庫    外科教父
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  借助K療法全球推廣形成的網絡和影響力,大規模樣本征集在世界范圍內展開。

  國內各大醫院的腫瘤細胞樣本快速送往三博研究所。在格里芬、羅伯特、約翰內森、奧古斯特、曼因斯坦、高橋等人的積極運作下,從安德森癌癥中心到歐洲分子生物學實驗室,從日本國家癌癥中心到澳大利亞的偏遠研究所,貼著特殊生物危險標識和加密條碼的低溫運輸箱,如同朝圣般由國外匯聚到三博研究所。

  它們帶來了膠質母細胞瘤的侵襲前沿組織、三陰性乳腺癌的循環腫瘤細胞團、食管鱗癌的轉移淋巴結、甲狀腺未分化癌的罕見活檢標本、甚至包括一些連原單位都難以分類的疑難腫瘤樣本。每一份樣本都附帶盡可能詳盡的臨床病理信息和初步分子分型數據。

  楊平站在實驗室,宋子墨站在一旁,匯報著最新進展。

  “截止今早八點,已入庫并完成初級質控的實體瘤樣本達到4876例,覆蓋了世界衛生組織分類中92的實體瘤主要類型和超過300種罕見亞型。高通量表面蛋白組學分析平臺已全速運轉,第一批1200例樣本的初步抗原譜已經生成。陸小路那邊,冷凍電鏡的排期已經排到了六個月后,他們正在優化自動化制樣和預篩選流程,處理通量提升了三倍。”

  楊平微微點頭:“樣本不是數字,是鑰匙孔。每一個獨特的腫瘤都在用它的表面分子組合向我們展示TIM超家族在這個個體、這種環境下的具體表達形態。我們要找的不是共性,是共性的語法。”

  隨著樣本的增多,楊平也忙碌起來,他整天幾乎泡在實驗室,很晚才回家。

  白天,他穿梭于各個平臺之間,與陸小路討論某個肉瘤樣本表面異常TIM結構的低分辨率輪廓,與唐順爭論聚類算法的參數設置,親自檢查表面蛋白熒光標記的數據質量。

  夜晚,他則沉浸在辦公室,里面的智能屏幕上面流動著數以萬計的蛋白質結構預測圖、相互作用網絡和演化樹模型。

  蔣季同偶爾會被叫進去幫忙整理數據或操作可視化軟件。他震驚于楊平大腦處理多維度信息的能力。楊平可以同時觀看十幾個腫瘤類型的TIM候選結構比對,指出某個環區轉角角度的系統性差異可能與胚胎起源層相關;能在紛亂的基因共表達網絡中,瞬間識別出某個非編碼RNA可能調控著一組TIM成員的表達;甚至能從臨床預后數據里,反推出某種TIM構象變體可能賦予癌細胞對缺氧微環境的特殊耐受性。

  超過80的實體瘤樣本都檢測到了具有那特征性核心折迭模式的表面蛋白復合物。它們像是一個龐大建筑群中使用同一種基礎構件搭建出的不同風格樓宇。然而,這些構件是如何被癌細胞選中的?它們之間的內在聯系究竟是什么?僅僅是結構相似,還是共享某種更底層的調控邏輯或功能樞紐?

  更讓楊平夜不能寐的,是關于“鑰匙”族系的思考。

  如果TIM是鎖,K因子是鑰匙,那么這把鑰匙的工作原理究竟是什么?最早的K因子完全是在偶然的狀態下發現,然后K因子注入人體后可以自動找到對應的身份鎖。說明K因子在某種條件下腫瘤細胞可以自我分泌或者參與構建。

  難道K因子不僅僅是標記物或干擾劑?難道它觸發的是癌細胞內部某個原本就存在、但被深深壓抑或繞過的終結程序?

  這個想法讓楊平脊背發涼。如果癌細胞本身就攜帶著自我毀滅的開關,只是被TIM系統維持的身份幻象和異常信號所屏蔽,那么治療的本質可能不是從外部攻擊,而是從內部喚醒。

  這么說來,K因子治療骨肉瘤的過程實際上是一個喚醒的過程,并不是殲滅,它只不過喚醒了腫瘤細胞的自毀程序。

  這個發現讓楊平思路豁然開朗,他的目光聚焦在三個案例上,異常興奮。

  一份來自北歐的、極其罕見的兒童軟組織肉瘤樣本。對這種侵襲性極強、幾乎無藥可治的腫瘤,K因子在體外實驗中也展現了近乎奇跡的效果,超過70的腫瘤細胞在48小時內發生典型的凋亡形態改變。但進一步分析發現,這種凋亡不依賴于經典的caspase通路,而是伴隨著線粒體膜電位的劇烈震蕩和一種非典型的染色質凝集。

  另一份對免疫檢查點抑制劑獲得性耐藥的晚期黑色素瘤樣本,標準K因子結合力下降。然而,當使用一種根據其TIM變體微調的針對性的改良K因子時,不僅恢復了結合,還意外地重新增敏了腫瘤細胞對原有免疫治療的敏感性。似乎K因子結合改變了腫瘤細胞的免疫可見度。

  還有一份來自凱瑟琳團隊后續提供的、對PACFUS1靶向K因子產生早期耐藥的胰腺癌類器官。耐藥細胞的TIM結構并未消失,但其周圍的屏蔽蛋白網絡變得更加復雜。然而,當使用一種設計了跨膜結構域、能部分穿透細胞膜的增強型K因子變體時,竟在細胞內觀察到了PACFUS1融合蛋白被異常定位和聚集,最終被自噬途徑清除的現象。

  三個案例,三種不同的TIM變體,三種不同思路對K因子進行改良,引發了三種不同的、但都超出單純標記效果的生物學結局。

  楊平將三份報告的數據流導入一個全新的分析模型,這個人工智能模型不再僅僅關注結構,而是試圖整合動態信號流、能量代謝狀態和表觀遺傳景觀。

  他構建了一個簡化的理論框架:將TIM視為癌細胞“身份狀態”的“感受器發射器”集成模塊。這個模塊持續接收內外部信號,并輸出維持癌細胞特定生存狀態的指令。

  而K因子,或許可以被理解為一種“強制性信號模擬器”或“系統干擾子”。當它結合TIM時,并非簡單地貼上一個標簽,而是向癌細胞的身份控制系統輸入了一個強烈的、非自然的信號。這個信號可能“過載”了系統的解析能力,可能“短路”了正常的信號通路,也可能意外地激活了系統深處作為故障保險而存在的“自檢清除”程序。

  “就像給一個陷入瘋狂自我復制的AI程序,強行輸入了一條它底層代碼無法處理、但優先級極高的矛盾指令…”楊平在A4紙上快速記錄,“指令的內容可能是‘身份驗證失敗’,也可能是‘執行預設的冗余清除協議’。”

  他猛地停下手指,預設的清除協議?對!就是這樣。

  楊平拿起手機,他的手在顫抖,然后撥通了小蘇的電話:“老婆,我應該很快會找到腫瘤細胞的一個自毀機制,它有自毀機制。”

  小蘇經常是他的忠實的聽眾,楊平有靈感的時候,往往第一個告訴的就是小蘇。看了看時間,已經很晚了,楊平要回家了,他從不在外面過夜,即使是實驗室。

  回到家他興奮地將今天的思考成果向小蘇詳細“匯報”,小蘇只是安靜地聽著,眼神流露出無限的崇拜,不時點頭,有時還會問幾句很專業的問題。

  在睡前,楊平進入系統空間思考,這樣可以提高思考的效率。

  所有生命體都擁有清除異常、受損或多余細胞的機制。凋亡、自噬、細胞焦亡…這些是維持多細胞生物秩序的基石。癌細胞之所以成為癌細胞,正是因為它逃避了這些清除機制。但如果,在細胞分化和身份確立的最原始編程中,清除機制與身份識別系統本身存在著深層的、邏輯上的鏈接呢?

  例如:一個肝細胞必須持續表達“我是肝細胞”的身份信號,才能從微環境接收“存活”指令;一旦它丟失了身份信號或信號錯誤,預設的清除程序就會啟動,防止它變成不受控的隱患。癌細胞可能通過持續、錯誤地高表達某種被劫持的TIM信號,偽裝成“擁有合法身份”,從而騙過了清除系統。

  而K因子,通過高強度、高特異性地結合TIM,可能相當于向系統宣告:“這個身份信號是偽造的”或“信號強度異常,啟動核查”。如果結合足夠強,范圍足夠關鍵,就可能突破癌細胞的偽裝,觸及其底層邏輯中隱藏的“驗偽清除”響應。

  這就能解釋,為什么針對不同TIM變體的K因子,可能引發不同的下游效應,因為不同癌細胞類型劫持的TIM成員不同,它們與下游清除程序的邏輯鏈接方式也可能存在差異。有些鏈接更直接,如誘導凋亡,有些則需要間接擾動其他通路,如恢復免疫可見度,有些則需要物理性破壞異常蛋白本身,如促進自噬。

  這個想法需要驗證,而且需要極度精密的驗證,它涉及對癌細胞最根本生存邏輯的干預。

  第二天,楊平的目光投向樣本庫幾個特別的樣本。

  那是幾種已知具有極高自發消退率極其罕見的腫瘤類型,包括某些神經母細胞瘤、腎母細胞瘤和黑色素瘤。如果他的猜想有道理,這些腫瘤的TIM系統或許存在某種“不穩定性”或與清除程序的“鏈接敏感性”。

  “唐順,”楊平接通了電話,“篩選所有樣本中,TIM表達水平波動性大、或與凋亡相關基因表達存在顯著負相關的案例。特別關注那幾種有自發消退報道的腫瘤類型。我要它們的單細胞轉錄組和表面蛋白組聯合分析數據,越精細越好。”

  “另外,”他補充道,“通知陸小路和宋子墨,暫停所有新樣本的泛篩,集中所有高分辨率結構解析資源,給我深度剖析三個主要目標:兒童軟組織肉瘤那個高效誘導凋亡的TIM結構,尤其是其跨膜區和胞內短尾的構象;黑色素瘤那個能恢復免疫敏感性的TIM變體,重點分析其與MHCI類分子或干擾素信號通路成分的潛在臨近關系;PACFUS1耐藥變體上被增強型K因子攻擊后發生自噬清除的關鍵表位。我們要找到TIM結構上,那些真正致命的弱點或開關區域。”

  很快,初步結果開始浮現。

  在具有自發消退潛力的腫瘤樣本中,唐順的團隊確實發現了一些有趣的模式:它們的TIM表達往往不那么穩定,在同一腫瘤的不同區域甚至不同細胞間存在異質性,且某些TIM亞型與一整套被稱為“細胞命運檢查點”的基因,包括一些促凋亡因子的預備元件,在表達上存在微妙的此消彼長關系。單細胞數據揭示,那些TIM表達最低或呈現非典型構象的癌細胞,往往也顯示出更高的應激狀態和更傾向于分化或靜默的轉錄譜。

  陸小路那邊取得了突破。對兒童肉瘤TIM的高分辨率結構顯示,其胞內短尾以一種獨特的角度折迭,與線粒體外膜上的一個參與某種非經典凋亡啟動的蛋白在空間上異常接近。分子動力學模擬提示,當K因子緊密結合TIM的胞外部分時,可能通過全長的構象傳遞,牽拉這個短尾,使其與線粒體蛋白的接觸概率大增,從而物理性地撬動了凋亡開關。

  黑色素瘤的TIM變體結構則揭示,其某個特定的糖基化修飾環,恰好位于與細胞表面MHCI類分子裝載肽段溝槽的鄰近位置。當這個環被K因子占據或誘導變構后,可能影響了附近MHCI的穩定性或肽段展示效率,從而改變了腫瘤細胞被T細胞識別的抗原呈遞景觀。

  而PACFUS1的案例最為復雜,但也最指向核心。改良型K因子攻擊的表位,位于融合蛋白的接頭區域附近。這個區域在正常情況下可能被其他蛋白保護或處于動態中。K因子的強力結合和部分內化,可能暴露了這個區域,使其被細胞內質量控制機制識別為“錯誤折迭”或“異常聚集”,從而標記為自噬清除的靶標。

  三條線索,似乎都指向同一個方向:TIM不僅僅是靜態的“標簽”,更是動態的、整合性的“信號處理樞紐”。它連接著細胞內外,其狀態直接影響著細胞的核心命運決策——生存、死亡、可見或隱藏。

  楊平將這些碎片拼湊在一起,一個更為完整的圖景開始浮現:

  在生命的早期編程中,細胞身份的確立與維持,需要一套精密的識別與反饋系統,這是原始TIM系統的雛形。這套系統確保細胞在正確的位置、表達正確的功能、并在失去定位或功能異常時被清除。這可能是多細胞生命維持組織秩序的底層邏輯之一。

  癌細胞在進化壓力下,劫持并改造了這套系統的某些組件,將其變為維持自身異常生存的“護身符”。它們利用TIM發送“一切正常”的偽造信號,壓制內部的清除程序,并利用TIM與微環境進行利己對話。

  而K因子,作為一種高度特異性的“外部解碼器及干擾器”,通過精確結合TIM,可以發送強烈的“系統異常”警報。這個警報的強度如果足夠大,攻擊點如果足夠關鍵,比如直接干擾信號輸出、破壞關鍵結構、或暴露內在缺陷,就可能壓倒癌細胞的偽裝,觸發其底層編程中殘留的、或與TIM系統邏輯相連的各種清除機制,啟動凋亡、免疫暴露、自噬等,尤其是凋亡程序。

  這不是單一的殺傷機制,而是一套基于癌細胞自身“操作系統”漏洞的、多路徑的“強制系統重置或關機”策略。

  這個認知,讓腫瘤治療從“尋找特定靶點加以攻擊”轉變為“理解系統邏輯并發送致命指令”。

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