“教授,我將會把這個研究當做一個長期課題來研究,你看合適不?”張林為自己的研究取得突破而興奮。
楊平鼓勵他:“只要你認為是正確的,沒有弄虛作假,踏踏實實去研究,即使最后沒有結果也不是問題。”
離開張林的實驗室,楊平回到自己辦公室休息。
電子屏分別顯示著不同的數據:左側是陸小路團隊最新解析的胰腺癌PANCID1復合體在細胞膜上的原位高分辨率結構,中間是凱瑟琳·米勒提供的PACFUS1融合蛋白腫瘤的冷凍電鏡斷層掃描圖像,右側則是剛剛從骨科腫瘤研究室傳來的骨肉瘤特異性表面抗原的三維預測模型。
楊平已經在這三組數據前坐了四個小時。
茶杯早已涼透,他卻渾然不覺,手指在觸控板上緩慢滑動,將三個結構圖分別旋轉、放大、迭加。
過去幾個月,K療法的全球推廣按計劃推進,疫苗增強子技術也悄然被各個跨國醫藥集團繳納專利費。現在楊平的全部注意放在癌細胞身份鎖的本質上。
為什么PANCID1是大多數胰腺癌的共性標志?
為什么PACFUS1融合蛋白會取代PANCID1成為另一類胰腺癌的身份標識?
為什么骨肉瘤表面會存在一個同樣具有高度特異性的蛋白復合物?
這些問題像幽靈般縈繞在他腦海深處。
下午四點多。
楊平突然做了一個奇怪的操作,他關掉了所有顏色渲染,將三個結構模型全部轉換為純灰色的電子密度云圖,去掉色彩對視覺的干擾,只剩下最本質的形狀。
然后,他將三個模型調整到近似的大小比例,并列排列。
那一刻他屏住呼吸。
盡管序列同源性很低,盡管組成亞基數不同,盡管在細胞膜上的定位有差異,但三個結構的核心區域,呈現出一種驚人的拓撲相似性。
那是一種多層次、不對稱的螺旋環螺旋迭加架構,像一種古老的密碼鎖具,核心是一個由疏水氨基酸形成的、高度有序的口袋或溝槽。在三者中,這個核心區域的形狀、電荷分布模式、甚至某些關鍵氫鍵供體/受體的空間排布,都有著難以忽視的共性。
楊平快速調出三者的生化特性數據。PANCID1的核心口袋已被證實能與特定的內源性脂類分子結合,這種結合會輕微改變復合物構象,影響下游信號。PACFUS1的核心區域雖然融合了外源序列,但分子動力學模擬顯示,它保留了結合類似脂類分子的能力,只是親和力改變。而骨肉瘤靶點的預測模型中,那個對應的區域也有著高度疏水的特征。
“不是巧合…”楊平低聲自語,手指微微發顫。
他順手抽出一張A4紙,用鉛筆在上面開始寫寫畫畫。
腫瘤身份鎖族系假說:
PANCID1(胰腺癌)、PACFUS1變體(特定胰腺癌亞型)、OSID1(骨肉瘤)的表面抗原復合物,在三級/四級結構上共享一種獨特的“拓撲折迭模式”,中心為一個進化上保守的疏水性結合口袋。
這三種看似不同的腫瘤表面標志物,可能屬于同一個功能超家族。它們并非完全獨立的發明,而是基于某個古老的細胞表面識別模件,可能源于胚胎發育、組織修復或細胞通訊,在腫瘤發生過程中被異常招募、修飾或固定表達。
該模件的核心功能或許不是致癌本身,而是提供一種身份認證接口。正常生理狀態下,它可能參與有限的、受嚴格調控的細胞間識別,如特定干細胞龕、組織邊界維持。癌細胞劫持了這一接口,將其變為維持自身生存社群或逃避免疫監視的身份鎖。
如果此類“身份鎖”是一個族系,那么理論上,應該存在對應的“鑰匙”族系K因子系列,以前在骨肉瘤上發現的K因子及與之對應的靶點是一個完美的鑰匙——鎖的組合。
如果假定這些身份鎖是一個家族系列,那么K因子也應該有家族系列,如果能夠解開這些系列內在規律,我們可以逆向設計的K因子來打開鎖。
不同的腫瘤類型,甚至同一腫瘤的不同亞型,可能選用了該族系中不同的結構變體為鎖具。而現在研究的關鍵在于繪制完整的“鎖具”族譜;找到或設計能打開特定鎖的“鑰匙”。
寫完這些,楊平靠在椅背上,閉上眼睛。腦海中的圖像卻更加清晰:不是一個靶點,不是一個療法,而是一個完整的、隱藏的識別系統,一套被癌細胞隱藏的身份語言,一個完整沒有被發現的理論。
這不再是發現一個新靶點那么簡單,這是在試圖破譯癌癥的某個全新的機制。
宋子墨、唐順和陸小路敲了很久的門,楊平沒有反應,等楊平從思考中回過神來,想起隱隱約約的敲門聲,他打開辦公室的門。
大家見到安然無恙的楊平才松一口氣,他們知道教授經常會閉目養神沉浸在思考中,但是有時候還是不免會有些擔心。
“我需要所有能找到的、不同類型的實體瘤的表面抗原復合物高分辨率結構數據,尤其是那些具有腫瘤類型特異性的。”楊平直接蹦出一句。
宋子墨愣了一下:“教授,您是說所有類型?這數據量和對齊分析的工作量…”
“我知道,非常巨大。”楊平打斷他,他將自己的A4紙草稿推到宋子墨面前,“但我懷疑我們撞到了什么東西的邊界,不是一個點,而是一個面,甚至一個體系。”
辦公室安靜下來,唐順盯著那A4紙,呼吸逐漸加快,他比任何人都清楚,這種拓撲結構的相似性如果成立且具有普遍性,意味著什么。
而且,三人都明白,每次教授出手A4紙草稿的時候意味著什么。
“這…這像是發現了蛋白質結構世界里的一個‘暗物質家族’。”陸小路喃喃道,“表面序列千差萬別,但核心折迭和功能口袋被保留了下來,如果不是放在一起、用這種方式看,絕對發現不了。”
“所以我們需要更多證據。”楊平轉向宋子墨,“聯系全世界所有能聯系的醫院與研究機構,特別是那些擁有獨特腫瘤細胞系或類器官庫的,請求他們提供表面蛋白組學數據和盡可能多的結構信息。”
“我馬上聯系安德森的凱瑟琳博士那邊?”格里芬說。
“她的PACFUS1樣本非常重要,我們需要更多,我們還需要其他更多的樣本,我剛說的所有的樣本,越多越好,一個安德森遠遠不夠,我們需要更多的支持者。”楊平的語氣平淡卻不容置疑。
格里芬醫生立即問道:“教授,從臨床角度看,如果這個‘族系’假說成立,會改變什么?”
楊平轉過身,在白板上畫了一個大樹狀的圖:“想象這是一棵腫瘤身份鎖的進化樹,樹根可能是那個古老的細胞識別模件。不同的樹干分支代表不同的腫瘤大類,如上皮來源、間葉來源。更細的分枝代表亞型、甚至個體患者的變異。”
他指著樹的不同位置:“傳統靶向治療,就像試圖砍掉某一根細枝,如EGFR突變,但樹還會從別處發芽。免疫檢查點抑制劑,像是給整棵樹噴除草劑,但可能傷及土壤——自身免疫,而我們的K療法…”
他停頓了一下,在樹的幾個關鍵分枝上畫了圈:“如果K因子是鑰匙,那么每一把特定的鑰匙,理論上可以打開對應分枝上的鎖。但如果我們能理解整個鎖具系統的構造原理、進化規律和核心弱點…”
他用力在樹的主干和幾個關鍵連接點上打了叉:“我們也許能設計出能破壞主干連接點的萬能鑰匙,或者能誘導整個識別系統崩潰的干擾碼,那就不再是逐個擊破,而是動搖其根基,即使做不到這一點,我們也能用一串鑰匙去打開所有枝干的鎖。”
實驗室一片寂靜,這個目標太大,大到有些駭人。
接下來,實驗室進入了前所未有的高速運轉模式,三博研究所的號召力非常驚人。大量的數據從全球各地涌來:乳腺癌的HER2相關復合物新構象、膠質母細胞瘤的特異性膜蛋白簇、結腸癌的獨特糖基化表面抗原結構…
實驗團隊利用冷凍電鏡和超算資源開發了新的結構比對算法,能夠忽略序列差異,直接搜索拓撲相似性。結果令人震撼:在超過六十種具有明確類型特異性的實體瘤表面標志物結構中,超過百分之七十顯示出與PANCID1核心折迭不同程度的相似性!相似度最高的集中在發育起源相近的腫瘤中,但即使起源迥異的腫瘤之間,也找到了微妙的、卻絕非偶然的結構呼應。
更關鍵的是,在幾個案例中,他們發現了這些“鎖具”與腫瘤惡性程度、轉移傾向的相關性。某種“鎖具”的構象變體,似乎與癌細胞獲得侵襲能力、抵抗凋亡或塑造免疫抑制微環境直接相關。
楊平把自己關在辦公室里的時間越來越長,他要利用系統空間實驗室獲取資源的即時性和海量的時間優勢,對這些腫瘤細胞的某種隱藏規律進行全面的研究。
慢慢地,白板上畫滿了復雜的族系關系圖、結構演化路徑和假想的“鑰匙鎖”相互作用模型。
他正在從海量的、雜亂的結構生物學數據中,提煉出一條清晰的邏輯鏈。
辦公桌上的A4紙草稿也越來越多。
僅僅是幾天后,他再次團隊成員的時候,身后那塊白板寫滿了符號和箭頭,外人看來如同天書。
“證據鏈在理論上已經閉合。”楊平的聲音有些沙啞,卻帶著千鈞之力,“我們發現的不是一個家族,而是一個王國——我稱之為‘腫瘤身份識別模件(TumorIdentityModule,TIM)超家族。”
他指向白板的核心區域:“TIM的核心是一個在進化早期出現的、用于細胞間特異性識別的結構模件。在正常成人組織中,它的大部分成員沉默或極低表達,只在特定生理過程,如組織損傷修復、胚胎形態發生中短暫激活。但癌細胞,通過基因突變、表觀遺傳重編程、融合基因形成等手段,重新激活并劫持了TIM成員。”
“不同的腫瘤類型,傾向于劫持TIM超家族中不同的成員,或者對同一成員進行不同的修飾,這賦予了它們特定的身份標簽。這個標簽的作用至少包括:一,維持腫瘤細胞之間的黏附和通訊,形成功能性社群;二,與腫瘤微環境中的特定基質細胞、免疫細胞進行對話,塑造利于生存的環境;三,可能參與代謝重編程和轉移巢穴的選擇性形成。”
宋子墨深吸一口氣,教授的速度實在太快了,實驗才剛剛開始,他就已經在理論上支出了精確的方向。
“所以,我們之前對K因子的研究實際上可能只對了一部分。K因子結合TIM,可能同時也干擾了癌細胞依賴的這種身份通訊?”
“正確。”楊平點頭,“這就是為什么即使沒有明顯的免疫細胞浸潤,K因子也能抑制腫瘤生長。它可能直接干擾信號。”
陸小路緊接著問:“那PACFUS1這類融合蛋白呢?”
“那是更激進的一種劫持。”楊平指向白板的一個分支,“癌細胞不僅激活了TIM成員,還通過基因融合,將TIM核心與強效的致癌功能域,如激酶、表觀修飾酶,直接物理連接。這相當于把身份鎖和能量開關焊在了一起,形成自給自足、不受控的惡性循環。這解釋了為什么這類腫瘤特別兇險,也對傳統治療耐藥。”
他轉過身,面對所有人,目光如炬:“而最重要的推論是:既然TIM是一個具有共同結構起源和功能邏輯的超家族,那么針對它們的設計原則,也應該是普適的。我們不需要為每一個新發現的TIM變體都從頭設計全新的K因子。我們可以建立一個鑰匙設計規則庫。”
“基于TIM核心結構的保守性,我們可以設計出能夠識別該保守區域的基礎鑰匙骨架。再通過可編程的、模塊化的適配頭,去特異性地匹配不同TIM變體表面的可變區域。這就像是…”
“像智能手機和不同的APP!”格里芬脫口而出,隨即不好意思地捂住嘴。
楊平卻笑了:“很恰當的比喻。基礎硬件(鑰匙骨架)是通用的,但安裝不同的軟件(適配頭),就能打開不同的鎖。甚至我們可以設計‘組合鑰匙’或‘主鑰匙’,同時干擾多個相關的TIM成員,或者攻擊TIM家族共有的、更脆弱的‘結構關節’。”
實驗室沸騰了。
這不僅是一個理論突破,更是一個全新理論體系的創新。
“教授,這個發現…需要立刻發表嗎?這會是爆炸性的!”陸小路激動地問。
楊平點點頭,目光重新投向白板。
“我很快會整理成論文發表在我們的《醫學》期刊上。這只是一個開始,一個路標。我們看見了‘鎖具’的族系,也推測了‘鑰匙’的族系。但真正解開腫瘤治療的奧秘…”他頓了頓,一字一句地說,“在于找到那個最初設計這套‘鎖具’的‘原始藍圖’,在于理解為什么生命會保留這樣一套看似危險、卻又在癌變中被普遍選中的識別系統。”
“那可能與生命最本質的編碼有關,與細胞命運的決定、組織秩序的構建與重建有關。癌癥或許不僅僅是基因的疾病,更是‘身份’和‘秩序’的疾病。”
“而我們,”楊平的聲音很輕,卻很清晰,“剛剛摸到了這座迷宮的第一道門的門環。”
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