范汪雖然高傲，真要認可一件事，做起來也是很用心的。不過數日功夫，他就開始召集書院的老師們一起編纂書院的教材。為了使教材更加權威，他還寫信給不少精于儒學的名士，邀請他們來為儒家的經典做注。劉牢之相信，在這些學者相互交流激辯的過程中，一定能相互提高，也可以為學院提供更好的學術氛圍。
劉牢之自然是沒有能力去編纂教材的，他除了吩咐校監焦暖好好為編纂教材的先生們做好后勤保障，還開始完善學校的各項規章制度，尤其是針對學子入學和畢業的。
以往南山書院的大門是對所有人敞開的，不管是誰，只要有一定的學識基礎，都可以入書院學習；學生如果想要離開，書院也不會挽留。頂多是有些學子學業優秀，為老師青睞，引為“入墻弟子”而已。這樣一來，學校固然可以營造出自由的學術氣氛，但是管理起來也很是麻煩。
劉牢之建立南山書院，最主要的目的還是為了讓劉家子弟學校畢業的優秀學生，有一個學習深造之處。前幾年，劉家的子弟學校沒有什么畢業生，可以由著范汪等人的性子，在這里按照時下的慣例教學。現在劉家在各處開辦的學校，每年都可以提供不少優秀的畢業生，自然不再需要吸引外來的讀書人來裝門面。那些慕名而來的讀書人，看中的往往是范汪這個山長的名氣，對于為他們提供學習環境的書院，很少有人心存感激，所以劉牢之決定改變這個現狀。
于是短短兩個月的時間，南山書院便經由校監陸續頒布了《學籍管理辦法》，《考試管理條例》，《學生管理條例》等等一系列加強學生管理的規章制度。
按照《學籍管理辦法》，書院要求所有在讀學生必須全部登記學籍。每門課程都有一定數量的“學分”，課程結束之后，老師會組織考試，對學生進行考核。只有考核合格的學生才可以獲得該門考試的學分。書院的學生從入學到畢業，正規的就讀時間是四年，特殊情況可以延長兩年。六年內不能畢業的學生，開除學籍。
南山書院每年分春秋兩次招生，每次招收的名額為八十人。除了由書院正式招收的學生，書院里的老師每年可以接納二十名游學的學子。這些外來的學子，需要有書院認可的人推薦，也要有書院的老師同意接收，相當于“保送生”。
按照《考試管理條例》，每門課程的考試，由任課教師組織考試。學校的招生、畢業考試，則是由書院組織人手命題。每次考試，按照成績排名，都必須有一定比例的優秀和不合格者，用來鞭策學生努力學習。不管是什么形式的考試，考試的范圍都是明確的，而南山書院限定的入學考試范圍，就是劉家子弟學校里的教材…
按照《學生 管理條例》，每個月有八天的休息時間，在休息的時間里，老師可以根據興趣開壇講課。學生不可以缺席所選的課程，缺席時間超過二成，則本次的課程平時分為零。除此之外，條例還對學生在校期間的一些行為做出了規定，比方說，不允許喝酒和打架。這些規定讓書院里這些散漫的學生，頓時滿腹牢騷，甚至有些人干脆就離開了學校。
“不服管教的人，再有才書院也不推崇，要走就趁早正好騰出地方來招納新生。”劉牢之對這些人的行為嗤之以鼻。
南山書院的學生畢業后，成績優秀者可以申請成為學校的助教，也可以在學校的出版社里修書，或者到劉家的子弟學校任教。這些人可以保留學籍，隨時出入書院。在這三個地方做事滿三年后，便有資格由書院或者劉家推薦入仕。這幾年通過劉家出仕的寒門子弟著實不少，這樣的條件對于像何穆、高素這樣的官宦子弟或許沒有什么吸引力，但是對出仕無門的底層讀書人，卻是非常誘惑的。那些沒有出仕門路的寒門讀書人，紛紛跑到南山書院里讀書，有些學識比較高的人，則直接被安排到了學校的出版社里修書。
書院的這些規章制度的實行，對那些潛心讀書的人沒什么影響，像虞真的丈夫徐邈，現在留校做了助教，除了協助老師范汪整理儒家經典，以及在書院的出版社修書之外，他也開始開壇授課，在南山書院里，已經小有名氣。
不過像何穆這等官宦子弟，出仕不愁，也并非潛心向學的人，對劉牢之如此收緊學校的管理，便不太滿意，私下里找過劉牢之好幾次，向他多次抱怨。按照劉牢之對在校學生的審查，像何穆這樣的人，在書院呆的時間已經不短，被劉牢之劃為了“畢業班”，也就是一年之內準許畢業。何穆來書院本來就是為了迎合潮流，結交些朋友，這樣一來倒成了很快就要被書院攆走的人了。
“阿舅不要煩惱！從書院里畢業出來之后，可以到書院的出版社里面修書，在那里一樣可以增進學問，還可以繼續到書院里面聽老師們講課。他日阿舅所修的書發行于天下，阿舅的大名也就被天下讀書人所熟知了！”劉牢之只好如此勸解著。這些規矩又不是針對何穆定的，劉牢之自然也不會把他排除在規矩之外。
此時私人修書或者為書做注蔚然成風，范汪之子范寧因為父親的緣故不為桓溫所容，無法正常出仕，干脆在南山書院的出版社里做了“編輯”，帶著一幫年輕人修書。范寧和父親范汪一樣推崇儒學，反對魏晉以來占主流的玄學。范寧對春秋深有研究，認為春秋三傳各有所短，“左氏艷而富，其失也巫；谷梁婉而清，其失也短；公羊辯而裁，其失也俗。”聽說他這段時間正在為《春秋谷梁傳》做注。