對于戰后軍隊整合這件事，朱由檢思考了很久，但始終沒有拿出自覺最為合適的方案，這件事可以說這是他穿越過來后遇到的最為棘手的問題。
因為這會牽扯到眾多原來統兵的總兵大將最終安置問題，這是會產生深遠影響的大事，必須盡量考慮周全才好。
因為功臣的安置問題在大明是有前車可鑒的，其中尤以太祖太宗為最，兩者截然不同的做法，對后世也是影響比較大的。
在朱由檢的眼中，從一個乞丐到君臨天下的太祖朱元璋，的確是一位了不起的大英雄，但他對待功臣們的手段卻并不值得稱道。
在這個問題上可以看出老朱眼光上的局限性。
老朱太狠了，也太過涼薄，小家子氣盡顯。
難道苦大仇深成功之后，就要翻臉不認人才對？
兔死狗烹、鳥盡弓藏，這個典故在他身上體現得淋漓盡致，同時也給自己的子孫后代埋下了君臣離心離德的禍根。
當初跟著他打天下的那幫文武重臣，最后僅有寥寥幾人得了善終，大多數都死在了老朱的屠刀之下，其中甚至包括他的親侄子朱文正，這得多狠？連親侄子都殺！
這一點上，老朱明顯不如他兒子朱老四。
在對待功臣的問題上，朱棣做到了仁至義盡，現在大明還存續的勛貴們，基本都是靖難功臣的后代。
所以，朱由檢準備以朱老四為榜樣，不去學朱八八。
但是，這里有個非常重要的問題：職位不好安排。
大明現在這么多總兵大將，雖是多年來參與過剿賊平奴、抵御靼虜等等諸多戰事，但論起個人的功績來，根本無法與開國和靖難功臣們相提并論，要是給他們封爵，這些將領的功勞明顯是不夠分量的。
有些人明顯是守成有余、進取不足，例如鎮守宣大的楊國柱、虎大威，坐擁數萬邊軍，多年來也只是茍且在堅城之中，從無一絲一毫揚威塞外的雄心壯志，抱著一種得過且過的心態混日子，根本沒有真正替朝廷解憂祛煩的打算。
而其余的大多數軍將則是沒有任何的戰略眼光和思維，好一點的唯命是從，私心重的干脆陽奉陰違，或者出工不出力。如果不是還有像洪承疇、盧象升、孫傳庭這樣的重臣支撐，這群武將根本指望不上，最后的結果就是順應歷史潮流，換個主子繼續效勞。
不過，說一千道一萬，自從朱由檢穿越過來后，這些軍將在剿滅流賊的戰斗中還是發揮了非常重要的作用的，并且在這次關外會戰中也是拼盡了全力，尤其是宣大邊軍，在楊國柱、虎大威指揮下，給與了清軍以重大殺傷，單從這一點上，如果戰后酬功不合理，很可能會引發將領士卒們的不滿，對軍隊接下來的整合帶來不利影響。
有這幫老將在上面壓著，后起的秦軍、勇衛營、京營、川軍這幾只新軍中那些當打之年的年輕將領想要拔擢就很難了。
在朱由檢的設想中，在后金覆滅、東北基本安定的情況下，大明未來在北方和西北方將會采取戰略攻勢，以收復漢唐疆域為主要目標。這種情況下，騎兵將會成為重中之重，像曹變蛟、羅世芳、馬科、李重進等一干騎將就要得到重用，而這次賞功就必須體現出來。
這次軍隊的整合其實就是變相的讓這幫傳統將領讓位，給渴望建功立業的年輕一輩騰出晉升的空間，裁汰不合格的兵卒，打造和長期保留幾支精兵，以此來維護政權和社會的穩定。
在這件事上，朱由檢已經密詔楊嗣昌和兵部幾名堂官入宮商議了數次，但還是沒有就此事拿出一個合適的方案，但是在關外大戰結束的情況下，這個問題必須要盡快解決了。
“圣上所提之事關系到方方面面，故兵部至今仍在會商此事，尚未有具體方略，臣意擴大會商范圍，可詔各位大學士參與會商，群策群力，盡快拿出相應方案。”
在被皇帝數度召對后，楊嗣昌和兵部幾位堂官有些承受不住朱由檢的壓力了，今日看到皇帝又當眾逼迫，無奈之下，楊嗣昌只得把球踢了出來，要求更多人參與進來，以免自己將來背上罵名。
因為在商議幾次之后，朱由檢還是決定拋出自己的打算：恢復明初祖制，復設五軍都督府，用來安置這些立功后的總兵大將。
五軍都督府掌武官誥敕﹑水陸步騎之操練﹐軍伍之清勾替補﹐俸糧﹑屯費與屯種之器械﹑舟車﹐軍情聲息﹐邊腹地圖文冊﹑薪炭荊葦等，并節制中外諸軍事，可以說是權利極大的要害部門，而它所涉及的諸多權利現在是兵部所有。
如果五軍都督府復設，那它就會具備參與軍國大事決策的權利，這就意味著不光是從兵部搶權，而是等于武人地位的大幅度提高，這是楊嗣昌及兵部這些文臣所不能接受的。
如果他們答應了皇帝的策略，那肯定會被文臣們噴個半死，但不答應吧，又面臨著失去圣眷的危險，在如此兩難的境地下，楊嗣昌干脆把來自皇帝的壓力轉移出去，讓更多人來和皇帝打擂臺。
在楊嗣昌他們看來，既然流賊建奴都已煙消云散，那這些武將們也沒啥用場了，趁著皇帝提出整合裁汰的意見，干脆讓這幫人解甲歸田得了。就像宋初那樣，一個個交出兵權，安心在家當個富家翁多好，至于這樣做是不是會打擊年輕將領以及全軍將士的心氣，那就不是他們該管的事了。
而朱由檢就是打算改變土木堡一役以來形成的這種文貴武賤的不良風氣，慢慢培養和鍛煉年輕有為的將領，做到文武各負其責，專業人士干本專業之事，杜絕外行領導內行而導致的的決策性錯誤，并將之作為國策長久貫徹下去。
“唔，楊卿之議可行，此事須得盡快拿出方案予以解決，并盡快形成文案，以圣旨明發，以慰將士之心。既是今日諸卿匯聚，那就趁熱打鐵好了，除大學士以外諸卿盡可回歸本職，余者昭仁殿內會商此事！”
朱由檢本著不給這些文臣私下溝通往來機會的原則定下了從速辦理的調子，殿內眾臣大多數不清楚具體事由，所以在朱由檢話音落下后齊齊施禮，隨后退出乾清宮回了衙門，剩余的幾位大學士以及兵部堂官們舉步去了一側的昭仁殿，司禮監諸位大鐺、錦衣衛堂上官等人未得皇帝與會的吩咐，遂也是施禮后各自散去。
“此次復設五軍都督府是朕深思熟慮之后所定，諸卿皆為朕之肱股，于朝廷大政方針定策中，首先要從全局處著眼，而不是為了個人以及某個群體之利益考量，這也是朕重用卿等之原由；否則的話，朕會對自家之眼光倍感失望！
故此，卿等有何建言或思慮，盡可暢所欲言，但一切要以國事大局為出發點，勿要從文臣之角度，以狹隘之眼光論斷此事，要秉持一顆公心！好了，誰有異議提出來吧！”
昭仁殿中，等楊嗣昌把復設五軍都督府的策略簡要闡明之后，在重臣們一片訝異和疑慮的神色中，朱由檢發表了重要講話，言語中的期待與脅迫并存，可以說，這番話講得很重，一時之間，大殿內的氣氛頓時沉寂下來。