更為可怕的是，由于在新帝上的一系列不良的舉動，現在的南明小朝廷也處在分崩瓦解之中。
當北京城被攻陷，崇禎皇帝身死的消息傳到南京以后，作為南京兵部尚書的史可法，當仁不讓地成為了文官之首。而此時的當務之急當然是立新君。
可接下來，清軍和關寧鐵騎奉魯王“清君側”；李自成的大順軍玉田慘敗；汝寧軍北上勤王，收復京城并救出太子；吳世恭黃袍加身。這一連竄眼花繚亂的消息使得南京的大臣們是暈頭轉向，等到一切都塵埃落定，時間也已經過去了一個多月了。
然而在這一個多月的時光中，圍繞著立新君，那些大臣也恢復了大明朝文臣們的“優良傳統”，開始赤膊上陣，進行了一場激烈的黨爭。
按照與崇禎皇帝的血緣疏近，福王朱由崧是新君的當然人選。可是以錢謙益等熱衷于東林門戶之見的官紳卻群起擁潞王。當然，這些東林黨人的真正用意，就是排除福王，以確保崇禎時期東林―復社黨人在政治上的操縱權，特別是如果潞王以較遠的宗支而被迎立，錢謙益等人有“定策”之功肯定可以飛黃騰達。
而作為實權人物的史可法則處于進退兩難的境地，他是東林黨人左光斗的得意門生，自然對擁戴福藩繼統心存疑慮，但又擔心舍親立疏將引起更大的。
最后，史可法親自寫信給南京高級官員說明定策意見：“迎桂者何？以福、惠之有遺議也，乃舍而立桂也。其潞藩則仿古兵馬元帥之制暫借統兵馬。”而南京的官紳對于這個折中方案比較滿意，由南京禮部準備乘輿法物前往廣西迎接桂王。
可就在此時，形勢卻急轉直下。南京鎮守太監盧九德暗中勾結總兵高杰、黃得功、劉良佐決定擁立福王朱由崧。
因為盧九德在萬歷末年曾在宮中為老福王朱常洵服役，所以在朱由崧的幕后策劃之后，盧九德就當仁不讓地展開了合縱連橫的游說。
而高杰、黃得功、劉良佐等人的積極參與擁立顯然是為了攘取“定策之功”，以此來增強自己在政治上的地位。
至于那些原先不贊同立福王的東林黨大臣，他們大多都立刻見風使舵。為了自己的權利，加緊時間向福王朱由崧表示效忠。而史可法卻還蒙在鼓里，繼續寫信說朱由崧“貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、干預有司”七不可立之理由。
可是當南京各大臣被盧九德邀請到家中，傳閱高杰、黃得功、劉良佐等人的效忠書信時。雖然不少人感到震驚，但是他們既無兵權，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了憑借，只好違心地表示同意。
在此次立新君中，史可法完全是當斷不斷，反受其亂。作為一名親東林黨的文官，他這樣的做法是有些門戶之見的原因。但更主要的原因，是史可法性格上有著致命弱點。他是缺乏雄才大略，總想處處應付。八方妥貼，沒想到最后卻落得個事與愿違。
但是真正一度擁有決策大權的是史可法，他卻在這樣的重大問題上態度游移，沒有斷然決定擁立福王，致使朱由崧求助于鎮將。從此南明小朝廷的大權旁落，史可法是應當負主要責任的。
福王朱由崧先是就任監國，他立刻主持了廷臣會推，要先選出眾位內閣大學士。會推結果，任命原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事。不久又以原詹事府詹事姜曰廣為禮部左侍郎，與原禮部尚書王鐸。二人兼東閣大學士入閣辦事。以張慎言為吏部尚書，召劉宗周為都察院左都御史，其他衙門官員也先后作了安排。
并且福王朱由崧按照史可法、高弘圖、張慎言等人的意向是盡量讓“正人”占據要津，使朝廷建立之始有一番新氣象。開初在安排朝廷重臣上，他們得以如愿以償。然而，這種局面很快就改變了。
爭奪朝廷權力的較量先從首輔開始。按明代制度。南京兵部尚書位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成為當然的首席大學士。可是在定策問題上，史可法那首鼠兩端的表現，卻得不到朱由崧的信任。因此，包括勛貴在內的一些人立即就隨風轉舵。如：魏國公徐弘基等原先頂奉史可法不啻天人，“權寄稍移，下石隨起”；現在竟然倡言可法“勤王無功”“可殺”
于是，最后承受不了壓力的史可法，就以江北不能沒有重臣督師的理由，自請督師淮揚。而朱由崧也批準了史可法出任督師。
誠然，史可法為官是比較清廉正直，但如果認為他留在朝廷秉政，就可以保障江左，進而恢復中原，那就未免對史可法的政治眼光和魄力估計太高了，也不了解南明醞釀立國之時，史可法受東林黨骨干分子的牽制業已鑄下大錯。
史可法本人不可能得到新天子的信任倒還在其次，真正的關鍵在于按倫序應繼承帝位的朱由崧，他眼看將被東林諸公排斥，為了登上大寶不得不求助于武將，這樣才造成了本來無功可錄的武將一個個以定策元勛自居。
而一度掌握著擁立大權的史可法，他卻未能抓住這個稍縱即逝決定社稷安危大計的機會，定策之功落入軍閥之手，弘光既立，無論他在朝輔政，還是在外督師，都改變不了武將脅制朝廷、無意進取的局面。
史可法自食苦果，被迫讓出首輔之位過江督師，只是證明他決策錯誤，事機已失，無可挽回。一批傾向東林黨的士大夫大喊大嚷“秦檜在內，李綱在外”，國將不國，其實為時已晚矣。
所以對于當權者來說，在關鍵時刻的關鍵問題上絕不能犯錯，否則是一步錯則步步錯。而史可法和弘光朝也進入到了風雨飄渺之中。