在崇禎皇帝大規模清除魏黨余孽的過程中，崇禎皇帝卻輕輕地放過了一個人，他就是駐扎在東江鎮的毛文龍。崇禎皇帝并不愚蠢，他知道毛文龍的東江鎮對于后金軍隊有著很大的威脅。
而東江鎮的建立，幾乎都是在毛文龍的操辦之下一手建立的，所以在東江鎮幾萬的軍民的心中，毛文龍的威望是很高的。因此，崇禎皇帝不僅沒有罷免毛文龍的官職，甚至連天啟皇帝賜予毛文龍的尚方寶劍都沒有收回去。
要知道，為了支持袁崇煥在遼東的事權統一，崇禎皇帝除了賜予袁崇煥尚方寶劍以外，其他將領手中的尚方寶劍，都給崇禎皇帝收了回來。
可是崇禎皇帝放過了毛文龍這個魏黨余孽，東林黨人就不會放過他了。什么國家興亡的，和黨派斗爭的大事相比，那絕對是無足輕重的事。國家的大利益應該服從我們東林黨的小利益嘛！
由此可以看出來，不要看東林黨和魏黨斗的是你死我活的，其實他們都是一丘之貉，完全是天下烏鴉一般黑。而相對來說，站在皇帝這一邊的魏黨的行為，倒反而是符合皇帝的利益的。
而這時候，擁有東林黨背景的袁崇煥又到了遼東成為了督師。比較好笑的是，袁崇煥和魏黨和東林黨都有關系，哪一個黨派得勢，袁崇煥就變換成為這個黨派的人，他是一點兒也不吃虧。
袁崇煥到了遼東以后，除了平息討餉兵變的事務，他開始要進行完全掌握遼東權力的步伐啦。
這時候的遼東，除了東江鎮的毛文龍以外，影響力和權力最大的武官有這么幾個：祖大壽、趙率教、何可綱和滿桂。他們都是老督師孫承宗留下來的人，因為孫承宗是東林黨人，所以這些武官應該都是和現在的袁崇煥是一個派系的，也應該和袁崇煥有著共同語言的。
可是其中的滿桂是個例外，他也是一個蒙古族人，所以滿桂的性子是比較的直的。在前面我們已經說過了，遼東的武官對袁崇煥以前的功勞都有些不以為然。
而其他武官心里雖然這么想，但在表面上都沒有表露出來。而滿桂面對著袁崇煥的時候，基本上就是小胡同里趕豬——直來直去了。這樣一來，可以想象得出袁崇煥和滿桂這倆人之間的關系來。
不過，滿桂也并不是完全缺心眼。當他知道袁崇煥又來遼東當督師以后，滿桂立刻主動上書朝廷，要求調任。而熟悉袁崇煥和滿桂關系不和的朝廷官員，也滿足了滿桂的要求。把滿桂調任為大同總兵。
就這樣，袁崇煥兵不刃血地達到了安內的目的，他在掌握權力的過程中，開始要攘外了。
袁崇煥首先在軍餉和供養上，開始卡毛文龍的東江軍了。那毛文龍當然是不會買賬，他一邊和袁崇煥據理力爭，一邊又威脅袁崇煥：如果袁崇煥再不給東江鎮送來足夠的軍餉和給養的話，毛文龍將會帶著軍隊到山東的登萊地區直接去強。
本來袁崇煥就是來收拾毛文龍的，他怎么會被毛文龍這兩句威脅話給嚇倒呢？于是，袁崇煥繼續不供應毛文龍東江軍的軍餉和供養。
那毛文龍的匪性就上來了，他竟然真的帶領軍隊，渡海到登萊地區去搶了。這個行動，一下子讓一直以自我為中心的袁崇煥壓不住火氣了。
而毛文龍這次到登萊搶劫的事，也讓登萊的老百姓對東江軍是深惡痛絕。在以后，登萊老百姓的這種態度，將會引起一次影響明朝政局的大事件。在這里就暫時不提了。
這時的袁崇煥感到：如果自己要在遼東完全掌握權力，就一定要把毛文龍這個眼中釘從自己眼皮子底下給拔去。
因此，袁崇煥于崇禎二年五月二十九日乘船到達了皮島和毛文龍見面。到了六月初四，袁崇煥先發了餉銀十萬兩給予東江軍的武官和兵丁。接著，袁崇煥就命令毛文龍準備收復鎮江旅順。
可對于這個不合理的命令，毛文龍怎么會同意呢？毛文龍的東江軍是敵后游擊隊，并不是正規軍。騷擾牽制后金軍隊是可以做到的，直接和后金軍隊對抗，那就是完全找死的行為了。
于是，袁崇煥就勸告毛文龍，讓他就不要占著茅坑不拉屎啦，早點辭官回家鄉養老吧。這也是袁崇煥給毛文龍最后的機會。
可是，毛文龍又直接拒絕了袁崇煥的勸告。在毛文龍的想法中，自己有東江軍這么強大的武力，袁崇煥也奈何不了自己的。但是，毛文龍壓根就沒有想到：袁崇煥是這么一個膽大妄為的人。
第二天六月初五，袁崇煥把毛文龍和東江軍主要武官傳喚到自己的大帳中。他拿出了尚方寶劍，宣布了毛文龍的罪行以后，立刻把毛文龍給斬首示眾了。
那毛文龍根本就沒有什么心理準備，就這么糊里糊涂地被袁崇煥給殺了。而東江軍的那些武官，看到了袁崇煥拿出來的尚方寶劍，還以為是崇禎皇帝交待袁崇煥來殺毛文龍的，所以也就眼睜睜地看著自己的主帥被袁崇煥給殺了。
接下來，袁崇煥也做了一些發放軍餉，指定東江軍繼任指揮，甚至還上演了諸葛亮哭周瑜靈的戲碼，以此來安撫東江軍。而從表面上來看，東江軍也暫時安穩了下來。
不過，在東江軍的武官心中，卻對袁崇煥殺毛文龍的行為有了深深的恐懼和提防。功勛卓著的毛文龍都可以被袁崇煥輕易地殺死，那么他們這些小武官將來的日子也肯定會不好過的。
在將來的日子里，東江軍中大批的武官和兵丁叛變，投奔到了皇太極的后金去。不過，雖然他們的行為也是有情可原的，但是只要是漢奸，那就是最最最讓人給唾棄的。不管這些漢奸有多少了不起的理由。
毛文龍這個人，具有明朝當時武官的一切惡習，甚至還有些變本加厲。如果放在道德的法**，確實殺他十次頭，也不算是冤枉他。
可是，毛文龍的東江軍牽制了后金四分之一，也就是兩旗的兵力。再加上東江鎮的地理環境，正是遼東被后金俘獲的漢民逃亡的要道。
我們已經知道，后金掌權的熟女真是以耕種糧食為主的。他們在以前基本上是把俘獲的漢民當作奴隸，為他們耕種糧食用的，
而大批漢民逃亡以后，一些熟女真的壯勞力就不得不親自耕種糧食，這也變相地消弱了后金軍隊的實力。因此，毛文龍的東江軍在實際上牽制的后金兵力還要更多。光憑著這一點，毛文龍就可以一俊遮百丑啦。
再說，毛文龍的東江軍，是由他帶領著二百名兵丁發展到現在的幾萬軍民的，毛文龍也確實是一個極有能力的將領。而他對明朝朝廷也是忠心耿耿的，也積極地和后金軍隊作戰的。
這樣的一個將領，袁崇煥說殺就殺，那不是完完全全地自毀長城嗎？另外，袁崇煥誅殺毛文龍的行為，也是一個極其嚴重的違法行為。
袁崇煥手中有尚方寶劍，毛文龍手中也有天啟皇帝賜予的尚方寶劍，所以，袁崇煥根本沒有權力來殺毛文龍。之所以最后順利地誅殺了，只是袁崇煥謊稱這是崇禎皇帝的命令。這不就是扎扎實實的假傳圣旨嗎？
而當袁崇煥誅殺毛文龍的行為傳到京城，崇禎皇帝是大驚失色。在崇禎皇帝的心中，是很清楚毛文龍在遼東的作用的。因此，崇禎皇帝也根本就沒有想去清除毛文龍，甚至連毛文龍手中的尚方寶劍也沒有收回。
但是崇禎皇帝想到了袁崇煥——五年平遼的誓言，又在身邊那些東林黨大臣的勸說之下，憑著疑人不用，用人不疑的原則，崇禎皇帝還是選擇了支持袁崇煥。
崇禎皇帝在袁崇煥上呈的誅殺毛文龍原因的奏章的批復中，肯定了袁崇煥誅殺毛文龍的行為，先從法理上，堵住了袁崇煥假傳圣旨的漏洞。并且下令有司抓捕毛文龍的余黨。以此來維護袁崇煥的權威。
甚至當袁崇煥要求朝廷增發軍餉，來安穩東江軍軍心的這個要求上，崇禎皇帝也捏著鼻子認了。同樣滿足了袁崇煥的要求。可是，袁崇煥的這個行為，已經在崇禎皇帝的心中深深地扎下了一根刺。
而當袁崇煥誅殺毛文龍，傳到盛京的皇太極耳中時，皇太極是仰天長笑。皇太極根本就沒有想到，扎在后金腰上的那兩根刺，就這么輕易地給解決了。而其中毛文龍的這根刺竟然是給明朝官員自己給拔去的。
現在的后金軍隊，因為沒有了東西兩邊的威脅，是完全放開了手腳。而在皇太極的心中，他終于可以開展和明朝作戰的大戰略了。