隨后，商毅立刻命令看守府庫的差役帶路，去查看府庫中的錢糧物資，同時也命令士兵看管。
因為叛軍攻占了杭州之后，搶劫了一批大戶的財產，還有從其他地方搶來的物資，也都屯集在杭州。因此也積累了相當一筆巨大財富的錢糧物資，堆積了十個庫房，在叛軍撤離時，只能帶走了一部份貴重物品和黃金，其余物資都來不及銷毀，只點燃了其中三個糧庫，被商家軍進城后及時撲滅，還是搶救出相當一部份糧食。
而在城中發生哄搶動亂的時候，有四個倉庫也遭到了哄搶，但大部份被搶走的白銀都被收繳回來，并沒有遭受多少損失。經過查點之后，這次收復杭州的收獲巨大，一共得到了白銀八十余萬兩，米栗九萬二千余石，雜糧三萬七千余石，面粉一萬三千石，絲綢一萬余匹，生絲三萬余石，緞衣和裘衣二千五百余領。各種器皿五千余件，馬七百余匹，其他牲畜一千余頭。不過在全部物品登記造冊完畢，以經是十余天之后的事情了。
看到這些物資，商毅自然十分高興，加上早期商家軍也積累了大量的錢糧，估計在未來二年內，財政不會出現緊張的局面。
而就在第二天一早，商毅立刻下令，通知全城的百姓，都到府衙門口，看自己處決所抓的叛軍。
到了辰時左右，在府衙門口以經聚集了數萬百姓，絕大多數，都是死難者的家屬，還有不少人把自家死難者的尸體也抬來了，在商家軍士兵的組織下，統一停放在作亂叛軍的前列。同時商毅也把在之前一戰中抓到一萬五千多俘虜也帶了出來，集中在一起，觀看對叛軍的處決。而把府衙門口也擠得滿滿當當。
在城中哄搶的叛軍從昨天開始，就被五花大綁，扔在府衙門口，不給吃也不給喝的，一個個又渴又餓。他們中間有一大半都是衛所的士兵軍戶，許多人心里都十分忐忑，不知道商毅會如何處置自己，當然也有不少人還保著僥幸心理，認為自己本是官兵，這年頭武將都在盡力擴大自己的實力，抓到流寇，也多以招降為主，而且法不責眾，商毅最多只會處置一些領頭的人，不會把自已全殺了。心里還想著如何像商毅求饒，放過自已，同時也準備向商毅投降。
但天亮之后，越來越多的百姓聚集到府衙前，而且都對他們怒目而視，叛兵的心理也都開始有些發毛起來，隱隱知道大事不妙了，不少人的全身都不由自主顫抖起來。
這時府衙大門打開，商毅頂盔貫甲，全副武裝，帶領著一隊商家軍的士兵，從府衙里出來，身邊跟看周少桓、童大勇、黃震、楊武丞、段鵬諸將，同時還有杭州府里的一干官吏。
見商毅出來了，百姓中間立刻引起一陣騷亂。許多人都哭了起來，還有不少人喊道：“商將軍，給我們作主啊！”“我們要報仇。”“殺了他們，給我們報仇啊！”
聽到了眾百姓的哭喊聲，和仇恨的目光，叛兵更是按耐不住，個個臉上發白，以乎也感覺到自己末日來臨，很多人癱倒在地上，而在以前一戰中被抓的叛兵雖然在出來之前，以經告訴過他們，這次并不處決他們，只是讓他們來看一看，但也有不少人嚇得發起抖來。
不過還是有不少叛兵想抓住最后一線機會，有人喊道：“商大人，商將軍，饒命啊，我們本來都是衛所的官兵軍戶，是迫不得己才從了叛軍啊！是被逼的呀，不要殺我們啊。”
也有人道：“我家里上有老人，下有兒女，求商將軍饒了我吧。”
商毅上前兩步，來到叛軍的隊列前，厲聲道：“我今天所追究的，并不是你們投降叛軍，造反叛國之罪，而是你們在昨天，殘害百姓之罪。從賊作亂，還可以說是形勢所逼，迫不得己。但昨天一早，賊首都以經逃出了杭州城，你們就應該在進城靜候，等朝廷的大軍進城接管，而你們都在城中都干了些什么？難到這也是有人逼你們做的嗎？”
他回頭指了指停放在地上的死難者尸體，又道：“你們家里都有妻兒老少，那么你們昨天在城中殺燒搶掠，無惡不作的時候，有沒有想到過他們，他們家里都有沒有妻兒老少呢？”
這話一說，圍觀的百姓中哭泣的聲音更大，有不少人都在喊著：“殺了他們，給我們報仇。”一開始還是十分零亂的喊叫，但漸漸的，變得整齊而統一起來，匯合成一股巨大的聲音：“殺了他們，給我們報仇。”
商毅向著百姓們點了點頭，舉起雙手，示意眾人安靜，然后又轉過身來，道：“你們都聽見了沒有，不是我心狠，要把你們斬盡殺絕，而是你們所犯的罪行眾意難恕，不殺不足以平民之忿。不過我雖然處決你們，但不會禍及你們的妻女家小，只要他們奉公守法，也就不避擔心受到誅連。來人，準備行刑。”
從商毅軍的隊伍中，走出了六百名士兵，三人一組，兩人提一人，放在遇難者的尸體前按跪于地，另一人持火槍在叛兵身后站立，將火槍頂在叛兵的后背上。
叛兵也知道死到臨頭，有人大聲慘叫：“我不要死啊。不要死，”有人拼命掙扎，不過叛兵都被五花大綁，而且又餓了一天，那里掙脫得了。也有人干脆就認了命，跪在那里不動不響，只求一死。
“行刑。”
隨著這一聲令下，爆豆般的火槍射擊聲音響起，煙霧騰起。兩名抓人的士兵松手，叛軍幾乎是同時應聲倒地。而等一切的聲音都停止了，場內各人鴉雀無聲，沒有人敢稍稍動彈一下。
又過了一會，才有人大聲道：“查驗行刑結果！”
兩名抓人的士兵，立刻彎下腰去察看那些叛軍有沒有被打死，還沒有斷氣的人，就給他再補一刺刀，直到死透為止。
圍觀的百姓中哭聲更響，有不少人紛紛跪下,一邊哭著,一邊叫著自己親人的名字，道：“商將軍為你們報仇了。”
火槍射擊的聲音一陣響過一陣，叛軍也以兩百人為一組，一輪一輪的被處決。不多時，刑場中己是尸積如山，鮮血味道與硝煙的味道傳來。圍觀的很多人都是大聲嘔吐起來。
等全部行刑都結束之后，商毅又來到之前被抓的叛軍面見，剛才的行刑場面，也給了他們極大的震憾，把這伙叛軍也都嚇得面無人色，有不少人甚致都尿了一褲了。
商毅道：“剛才的行刑你們都看到了吧。你們沒有參與城中危害百姓的暴行，因此我這次不處決你們。但你們從賊做亂造反，也是罪大惡極，不過你們也都是迫不得己，情有可愿，死罪饒過，活罪不免，以后好好服刑勞役，以贖罪過。誰要是不服管教，偷懶鬧亂，這就是你們的下場。”
這些叛軍聽，這才全都松了一口氣。商毅也命士兵將他們都押回去看押。
這時大多數百姓都以經跪倒在地，拜謝商毅為自己報仇。商毅又對眾人道：“各位鄉親父老，這段時間以來，你們都深受賊寇所害，想來也受了不少苦難。因此這次動亂之中，家中有死難者，毎人發放二十兩白銀安葬，有受傷者，每人發放十兩白銀醫治。燒毀的房屋，均由官府出資重建，總之從此以后，你們就又可以重新過上安穩的生活了。”
眾百姓聽了，對商毅更是感激，于是又是哭聲一片，不過這一次是對商毅感激的。
這時商毅又道：“但從此以后，希望你們回家各安生業，尊紀守法，都做安善良民。凡事有呈強凌弱，欺壓良善之徒，危險鄉里，偷道蒙騙之輩，我也一率予以處決，絕不輕饒，你們可都好自為之吧。”
其實商毅的話說得雖然兇狠，但百姓們卻都十分贊同，因為經歷了大變動亂之后，人人都希望重新恢復安穩平靜的生活，商毅這樣做，正是為了盡快恢復秩序。這時在百姓之中，不知是誰首先喊了一聲：靑天大老爺。隨后其他的百姓們也都紛紛根著喊了起來。
依靠處決叛軍的余威，再加上商家軍的嚴格管理，杭州城也迅速的穩定了秩序，漸漸恢復了過去的氣像。
而在處決叛軍的事情結束之后，商毅立刻寫成報捷，給南京的吳甡送去，同時又命駐扎在江寧的商家軍四團和預備軍，也押送著錢糧物資，到杭州來駐扎。
商毅收復杭州是十月初十，離商毅承諾的一個月內收復杭州，還有六天的時間。而報傳到南京的時候，是十月十二日，吳甡接報之后，自然也是十分高興，一面向北京發去了報捷，一面又下令商毅，命他立刻收復其他州府，徹底平定浙江的叛亂。