這一戰一直打到了第二天正午才結束，叛軍的主力終于被商家軍擊潰。但由于戰場過于零亂,因此直到當天傍晚時分，戰果才初步統計出來，這一戰一共殺死叛軍二萬五千余，其中有近半數是燒死或自相踐踏而死，生擒一萬五千余人，才加上散逃的叛軍，可以說確實是其本消滅了叛軍的主力。而商家軍自身的傷亡還不足百人。
不過叛軍的主將馬進忠又一次逃脫了性命，但這時他身邊也只剩下兩三百余人了，馬進忠心里也知道，這一次基本可以算是全軍覆沒，雖然主要是因為商家軍過于強大的原因，但自己身為全軍的主將，自然也是難逃其責，回到杭州只怕也沒有好結果。而且遭此一敗，玄皇教也元氣大傷，十年之內，恐怕難以再有大作為了。因此馬進忠也不回杭州，帶著這二三百人逃離了浙江，脫離玄皇教另尋去處。
商毅對戰果也十分滿意，在第二天只留了楊武丞的騎兵營、一個新兵營和輔兵看守俘虜，率其余的人馬，趁勝進軍，去攻取杭州。
那知商家軍的人馬到達了杭州城西北角的武林門前的時候，只見武林門的城門大開，吊橋放下，全無設防，竟然沒有一名叛軍的士兵守衛。不過隱隱聽到城中有喊叫的聲音，而且不時還有百姓從城里跑了出來，還都是十分驚慌的樣子。
商毅也不禁覺得有些意外，攔住了幾個跑出來的百姓詢問，杭州城里，到底發生了什么事情。
見是官軍來了，百姓們才稍稍有些放心，這才向商毅說起城中的情況，原來自從叛軍占領了杭州城之后，對城中的大戶富豪人家里進行掠奪，錢財物資搶獲一空，充為軍用，當然這期間也殺了不少人，但對一般的平民百姓，甚致是小康之家，沒有過多的迫害，更沒有像流寇那樣屠城，而且城中的秩序也有一定的恢復，畢竟叛軍是打算把杭州作為自己的根據地。
但不知為什么，從昨天晚上開始，叛軍的士兵就在城中四處搶奪，也不分富戶窮人，見什么搶什么，稍有反抗就格殺勿論，還放火燒毀了一些房屋。因此城中的秩序也大亂了起來。而且在天亮之后，有人看見一部份叛軍趕著馬車，逃出城去。但城里還是留下了不少叛軍，同時也更為兇惡，燒殺掄掠，什么事都做，于是許多百姓都逃出城避難。
商毅聽他們說完之后，估計是玄皇教見大勢以去，死守杭州城以經毫無意義，因此只完留下一部份精英，撤離杭州，或隱居起來，或另投他處，而其他招募拉隴的叛軍士兵，也就都棄之不理了。而其他被棄的士兵無人約束，又充滿了絕望的情緒，只能借用殺人放火來發泄，當然也有人是想搶完一票之后跑路，結果造成了杭州大亂。這到是很有可能的事情。
不過雖然是這樣想，但商毅也不敢大意，命段鵬先帶一個偵察連進城，觀察城中動景，是否如事所說，并且占領武林門的城樓和城門。
段鵬領軍進城之后不一會兒，就派人回報，以經完全控制了武林門，城中確實一片混亂的樣子，而且也沒有人組織抵抗。
其實商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家軍以經蹬上了城樓，還有一部份就守在城下，確實完全控制了武林門。于是商毅立刻下令，全軍進城。
大隊人馬進城之后，商毅蹬上了城樓，向城中看去，城里確實是一片混亂，滿街都是跑的居民，地上還躺倒了不少尸體。因此啇毅立刻下令，留下第二團的火炮營守住武林門，自己和周少桓帶一個火槍營、二個偵察連和兩個新兵營去占領州府衙門，剩余的一個火槍兵營和一個長槍兵營都分散成以連為單位，立刻在城中去制止叛軍的暴行，將他們全部都抓到州衙來，敢反抗者一率格殺匆論。
商毅領軍趕到了杭州的府衙門，這里早己以人去樓空，商家軍毫不費力就打開了府衙的大門，占領了府衙。隨后商毅又分派三個新兵營，分頭去攻占杭州城的各個城門，不許進出。
杭州曾經是宋朝南渡之后的都城，在南宋時期，共有十三座旱門，五座水門。而南宋滅亡之后，元、明以來，杭州城已固定為十個城門。分別為東有慶春門、清泰門、望江門，南有候潮門、鳳山門，西為錢塘門、清波門、涌金門，北為武林門、艮山門。都要分派兵力把守。每個城門分派一個連把守，剩下的三個連則留在府衙，準備看守俘虜。
這時叛軍正在城中肆意施暴，但很快就發現，街頭巷尾，出現了一隊隊衣甲鮮明整齊的軍隊，有人首先喊，命令他們放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵當然不甘心就這么縛綁，但對方也不多和他們廢話，喊了兩遍不見他們有所行動，就立刻舉槍射擊。槍聲響過之后，叛軍們頓時紛紛倒地斃命，而其他的叛兵見勢不妙，馬上四處逃竄。當然也有一些橫的叛軍不服，還想沖上來動手，結果還沒等他們沖到近前，就被彈丸擊中倒地，就算有一部份人僥幸沖到商家軍的近前，但等待著他們的，是雪亮的刺刀。
雖然商家軍中還有一部是長槍兵，但商家軍的長槍兵，也不是現在叛兵這樣的烏合之眾所能抵抗的，雙方動手的結果，無一例外的都是叛軍倒地身亡。
知道了商家軍的厲害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁亂逃跑,躲藏了起來，絕大部份都扔掉了武器，舉手投降，被押到府衙前的大廣場看押。
到了響午過后，在商家軍雷厲風行的打擊之下，杭州城里的動亂以經基本平定了下來，隨后在商家軍的組織指揮下，又去撲滅了城中的火勢，好在叛軍并不是誠心要放火燒城，因此火勢并不大，到接近黃昏的時候，終亍都滅了。雖然還是有不少房屋被燒毀，而且死傷了不少居民，但就整個城市來說，損失并不算大，比起被張獻忠焚為一爐的武昌來說，根本就不算什么。
而商毅終于也松了一口氣，這杭州總算是拿下來了。立刻又命令城外的士兵押著俘虜開拔進城，同時又清理城中的尸體殘籍。
在城中被商家軍打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，卻有近兩千余人。城中百姓死傷了近四千余人，民房被燒毀了六十余間，另有二百多間店輔被砸被搶，五千多名百姓受傷。因此在這天夜里，整個杭州城里到處都可以聽到哭聲，情景也頗為凄慘。
商毅心理雖然也有些凄凄，但這種事情現在也見得多了，心腸也硬了許多，同時雖然占領了杭州，還有許多善后的事情需要處理。正好這時杭州的中下層官吏知道朝廷的大軍收復了杭州，也紛紛到府衙來拜見商毅，并且帶來了杭州的戶籍、府庫、魚鱗冊等。其中有推官蘭秉浩、經歷楊堪、知事萬紹華、照磨季峻、書辦田斌文、主薄肖方忠等，以及衙役班門，公人差使，一共有二三十號。
他們基本都是中下級的官員，最大的推官也不是正七品，如文書、主薄還沒有品級，連官都算不上，屬于吏員一類。在中國古代的地方政務，與其說是“官治”，倒不如說是“吏治”。自宋以降，府州縣的地方官幾乎全是從科舉中選拔出來的。做“之乎者也，子曰詩云”一類的道德文章是拿手，但治理地方的行政事務卻是一知半解，除了各種事務都有一套繁瑣的程式，基本法令之外，應該援引或可以類推的成例更是多如牛毛。
再加上古代的法制不建全，因此某件公事該依哪一條法令或哪一項規定去處理，在律令和會典等書籍中都找不到，只能從以往出現過的成例套用，以保萬無一失。否則萬一出點紕漏或被上司找出了岔子，輕則駁回，重則訓斥，說不定還會為此而丟官罷職？而這方面只底下具體辦事的人才淸楚。
而當官的為了不出錯，或者嫌麻煩，只能把這些事情都托付給底下的三班六房的衙役書辦主薄等人去處理。結果知府知州這類正式的地方官員反而被架空，而身份卑微的吏員，卻在實際上把持著地方行政權力。
吏員不屬官員，沒有品級，也沒有晉升的可能，往往都是世襲，這也是中國歷史上有一個政治現象，稱為“官無封建，而吏有封建”，因此他們大多數人也沒有什么道德關念，平時和當地的大戶勾結，中飽私利，坑害百姓。淋尖踢斛、折色火耗等話計基本都是他們在俱體操作。
而他們對朝廷也沒有多少忠心，一但改朝換代發生，也輪不到他們頭上來，因為無論是誰來當官，也離不開他們，永遠是不倒翁，因在叛軍攻下了杭州之后，他們向叛軍投誠，現在商毅收復了杭州，又立馬都倒向了商毅。
這些陋習商毅心里當然清楚，但目前來說，暫時還不能動他們，而且戶籍、府庫冊、魚鱗冊等資料也是十分有用的東西，因此也不動聲色的接納了他們。