崇禎六年（1633年）7月5日，Kemphaen與3艘中國帆船到達南澳。7月7日，新任荷蘭臺灣長官普特曼斯率領以密德堡號為旗艦的十三艘荷蘭戰艦，以突然襲擊的方式對明朝管轄的南澳發起了進攻。明南澳守軍立即還擊，激戰中，把總（守備隊長）范汝耀受重傷，17名明軍將士陣亡，而荷蘭軍亦有相當傷亡，不得不解圍北上。
7月11日，Wieringer在掠劫途中與26艘明軍戰艦接觸。7月12日，荷蘭艦隊來到廈門，當時廈門港內停泊著幾十艘明廷和鄭芝龍軍的待修船只。此時南澳戰斗的消息尚未傳來，明軍廈門守將張永產正在泉州操辦器械，鄭芝龍也正在率主力部隊在福寧剿匪。因此荷蘭艦隊Tessel、Weesp、Couckebacker、Catwijck、Kemphaen對廈門港內的明軍戰艦發動突襲，擊沉25~30艘大型戰船及15~20艘小型戰船，傍晚，廈門商人至荷蘭艦隊詢問攻擊理由。Kemphaen.Zeeburch.Salm及一艘中國帆船派遣至廈門北部進行掠劫，荷蘭人到處搶奪食物外，還迫使廈門、金門、烈嶼、鼓浪嶼及附近村落每周提供25只豬、100只雞、25頭牛，否則就再度攻燒。中國方面實際處于毫無戒備的狀態。結果，荷蘭人一舉燒毀和擊沉了中國方面的15艘艦船（鄭軍10，明廷5），并登岸“大掠”。偷襲得手后，荷蘭人封鎖了廈門灣，強迫金廈附近的村莊向荷蘭人進貢豬牛等物，并威脅中國方面開放貿易。
7月14日，鄭芝龍派遣使者對荷蘭艦隊送交信件，要求釋放12日扣留的中國商人，并說明荷蘭艦隊前來廈門攻擊中國船只的原因。7月16日，Kemphaen、Salm以及兩艘中國帆船至廈門北方浯嶼進行掠劫，Venlo號快船從巴達維亞至廈門，廈門商人代表再次前來荷蘭艦隊提出供給一定數量家禽家畜以換取荷蘭艦隊不至附近陸地進行掠劫的條件。7月18日，Zeeburch、Venlo、一艘中國帆船前往圍頭灣巡弋封鎖金門沿海，Kemphaen、Salm、一艘中國帆船前往馬嘴灣封鎖漳州河和金門烈嶼方面航道。7月19日到22日，Zeeburch掠奪1艘柬埔寨船、1艘廣東船，2艘中國帆船，其上分別載運鹽和西瓜。Salm及Kemphaen掠奪2艘馬尼拉的中國帆船，但其中1艘中國帆船很有技巧的逃走了。
7月24日，鄭芝龍派遣代表前往荷蘭艦隊，并提出只要停止戰爭并撤回大員即可派出船只與大員貿易。荷蘭方面回絕此要求。7月26日，中國方面的答復來了，荷蘭人提的條件是中國方面立即停止同西班牙、葡萄牙等國的貿易，只能與荷蘭人貿易，否則將再度開戰。中國方面的答復是：荷蘭人先賠償戰爭損失，退回大員，然后才有可能談判商務方面的問題。這種談判純屬雞同鴨講，沒有可能成功。荷蘭人再次進攻廈門，游擊張永產和同安知縣熊汝霖督度明軍迎擊，荷軍敗退，10余名荷蘭士兵被殺。明朝海軍追至外洋，因風向不利，經兩晝夜未能接敵而回。敗退的荷軍在海上游弋二十余日，不敢再攻廈門，于是轉而從料羅灣進窺海澄境，海澄知縣梁兆陽率兵夜渡金門浯嶼，襲破荷軍，焚其小舟三艘，獲五艘。浯嶼之戰后，荷蘭人由于接連吃虧不敢貿然進犯，明朝地方管員也在等待朝廷對于這次明顯不是小打小鬧的沖突的處理意見，因此在整個八九月份的臺風間隙里，明荷雙方只保持小范圍的接觸。27日，普特曼斯派遣使者前往劉香以及李國助據點，尋求支援，要他們與荷蘭人聯合起來對中國開戰，荷人愿意提供大員、巴達維亞及其它要塞之處給海盜做自由停泊買賣。29日，荷蘭艦隊將宣戰書答復送交明朝代表，明荷雙方正式宣戰。
荷蘭在宣戰書中提出數項條件作為停戰要求：希望擁有在漳州河、安海、大員、巴達維亞自由貿易的權利在鼓浪嶼建立貿易據點可派遣代表至中國沿海城市收購商品船只能在福建沿海自由停泊不準任何中國船只前往馬尼拉荷蘭人在中國享有與中國同等法律權利。
崇禎六年（1633年）7月31日，Balam、Boucaspe從大員到廈門支援荷蘭艦隊。海澄守軍對荷方陸上據點發動突襲，殺死1名荷蘭人。
崇禎六年（1633年）8月3日，荷軍得知明朝方面進行動員，除了軍隊以外征調民船以及物資制造火船，并對火船士兵發出：“燒掉荷蘭船得200兩賞銀，取得一個荷蘭人頭顱得50兩賞銀”宣告。荷軍自攻打廈門經過22天，荷軍已感受到鄭軍軍事壓力及懸賞令的恐怖威力。普特曼斯寫給劉香的信中提到：“…一官（Iquan）屢屢用放火船及兵船企圖于漳州河壓倒我們，我們不時受到損害及恥辱而不得不逃走…”荷軍于是將必要的財貨轉移到吃水較深，不易受到放火船攻擊的密德堡號上，再轉運到澎湖，普特曼斯的海上優勢，因鄭芝龍的出現突然之間消失殆盡。6日，Boucaspel從大員前往廈門支援荷蘭艦隊。7日，Middelburch前往澎湖，Bleyswijck自巴達維亞前來廈門支援。8日，荷蘭使用的一艘中國帆船受到明軍8艘船只攔截，并未損失。12日，Salm、Weesp、Boucaspel、Kemphaen前往廈門進行第二次攻擊。遭到明朝軍隊反擊因此沒有獲得任何戰果，荷方受傷5人。14日，50艘明軍船只自金門島西邊，80艘至金門島東邊監視荷蘭艦隊；并使用7艘火船對Weesp攻擊未果，全數遭荷蘭艦隊擊沉。荷方損失1人。17日，Venlo裝載掠劫到的貨物前往日本。18日，40艘火船攻擊荷蘭艦隊。在尚未貼近前被荷蘭艦隊發現率先攻擊，攻擊未成逃離并自行引燃部份火船，荷蘭艦隊追擊并擊沉了18艘火船，Balam以及三艘中國帆船前往澎湖群島攔截自馬尼拉回國的中國商船。22日，Warmont及Brouwersheaven前往澎湖，荷蘭派出Salm，Kemphaen及一艘中國帆船前往斗美村進行掠劫。因觸礁使得中國帆船沉沒。27日，荷蘭艦隊從廈門灣轉移至漳州河停泊。29日，7月至海盜根據地交涉的使者返回荷蘭艦隊。劉香，李國助正式與荷蘭方面聯手。8月30日，Oudewater自巴達維亞至廈門荷蘭艦隊處，荷蘭艦隊轉移至東山。31日，荷蘭艦隊派出Salm，Boucaspel及3艘帆船加上海盜支援的5艘船艦奪取剛至銅山港的商船。荷蘭與明軍發生沖突，荷蘭勝利并成功奪取商船以及貨物，并成功燒毀掠奪銅山防御線以外的船只以及村落。
崇禎六年（1633年）9月2日，Oudewater離隊前往日本。5日，普特曼斯在銅山避風后，不忘強盜本色，攻擊銅山一帶，搶了一些牛、豬、雞。8日，荷蘭軍隊自東山上陸掠劫時受到明軍圍剿，荷方5人受傷。13日，Kemphaen被暴風吹離艦隊。14日，海盜2艘船只與荷蘭艦隊合流，并帶來鄭芝龍在福州河以及泉州河集結火船的消息。16日，福建巡撫鄒維璉前往福建進行調兵。并任命五虎游擊鄭芝龍（前鋒）、南路副總高應岳（左翼）、泉南游擊張永產（右翼）、澎湖游擊王尚忠（游兵）、副總兵劉應寵.參將鄧樞（中軍）為對荷蘭艦隊的軍力部署。鄭芝龍自行出資購買英國炮加裝于明軍艦。同時荷蘭艦隊再次前往漳州河停泊。18日，海盜派出6艘船只與荷蘭艦隊會合。19日，荷蘭艦隊再次前往東山停泊。22日，崇禎皇帝十分不滿紅毛人在中國殺人放火掠奪財富，下令派路振飛為巡按查辦，福建巡撫鄒維璉接到圣旨，崇禎皇帝嚴令懲荷。鄒維璉立即飛諭各地文武將吏，不許再談“互市”二字，“誓以一身拼死當夷”。10月12日，鄒維璉自省城抵達漳州，檄調諸將，大集舟師。以鄭芝龍為先鋒，高應岳為左翼，張永產為右翼，王尚忠為游兵，吳震元、陳夢珠記功散賞。安排停當后，散發海戰方略給各位將領。28日，荷蘭人決議再將艦隊開往金門，但又遇臺風，直到10月初。
崇禎六年（1633年）10月2日，荷方派出Weesp，Tessel前往暹羅，劉香艦隊12艘帆船抵達荷蘭艦隊處。6日，普特曼斯與海盜共同搶劫一個島不知島名但有農夫、有米、有動物的島。7日，Catwijck、Boucaspel因風暴擱淺損毀。8日，中國方面有下列記載：“…初六日（陽歷十月八日）…至古雷吉釣灣，見有夷船一只，近在岸旁，即督昆等帶領沖鋒兵三十余名喊殺，夷眾忙亂跳水者，下沈者，被我兵殺死無數，搶獲三十余名，斬級十余顆…”。10日，荷艦受到明朝戰艦的攻擊，海盜馬上救助荷蘭人，并向普特曼斯邀功。13日，8艘海盜船只與荷蘭艦隊合流。15日，鄒維璉至海澄指揮明軍艦隊，福建巡撫鄒維璉在海澄誓師，令鄭芝龍為前鋒。親自渡過海澄，誓師督戰。17日，明軍得知荷蘭艦隊以及海盜艦隊位置以及規模（夾版船9艘，海盜50多艘），下令福建所有明軍水師出擊。18日，明軍在銅山外海以8艘戰船，2艘火船攔截2艘荷蘭船只。19日，明軍主力部隊集結完成。
廈門之戰損失最重當屬鄭芝龍，損失的人馬既是部下又是綠林兄弟，因此，除了明朝官方安排的賞格外，鄭芝龍本人動用了江湖令。他用自己的私人金庫對手下發出賞格：參戰者每人給銀二兩，若戰事延長，額外增給五兩。每只火船16人，若燒了荷蘭船，給銀二百兩（16人分），一個荷蘭人頭給銀五十兩。考慮到當時朝廷的七品官月俸，相當今天縣處級干部的月工資也不過白銀五兩左右，這個賞格相當之高。高賞格加上江湖義氣激起的憤怒，使得鄭芝龍的部下士氣高漲。在明方積極備戰時，荷蘭人也不敢怠慢，他們招來了鄭芝龍的對頭大海盜劉香為增援。劉香帶來了戰船五十余只。這以后的一段時間里，雙方重兵集團互相搜索，互尋戰機。
直到10月22日，最終爆發了料羅灣大戰。
荷蘭艦隊8艘帆船以及海盜50艘大小帆船與明朝水師50艘大型戰船100艘火船對抗。黎明，得到可靠情報的明軍主力一百五十艘戰船悄悄開到了金門島南部的料羅灣口，在那里，正停泊著荷蘭-劉香聯合艦隊的全部主力。當發現明軍來襲時，荷劉艦隊擺開了一個荷蘭戰艦居中，海盜船四散策應的防御陣形，明軍艦隊則在料羅灣東南角展開，以鄭芝龍部隊為先鋒，順東風采取了兩路突擊，黑虎掏心的戰術。按照事先布置，明軍主力部隊全部直奔荷蘭艦隊，只以輔助部隊對付海盜船。同時，他們采用了荷蘭人在歐洲戰場從未見過的打法――火海戰術。明軍150艘戰船中，只有50艘是炮艦（裝備英國炮），其余100條小船清一色的火船，隨著一聲令下，在大船火炮掩護下，百條火船蜂擁而上搭鉤點火。Brouckersheaven遭燒毀，Weiringen遭擊沉，Slotendijck遭擄獲（船上約100人遭俘虜），其余船只在面對明軍強大實力全部在受重傷后逃走。參戰的劉香戰船五十艘，全軍覆沒在了料羅灣。
據巴達維亞城日記所記，料羅灣海戰被俘虜的荷蘭人約計百人。據福建巡撫鄒維璉奏報的戰績：“計生擒夷眾一百一十八名，馘斬夷級二十顆，焚夷夾版巨艦五只，奪夷夾版巨艦一只，擊破夷賊小舟五十余只，奪盔甲、刀劍、羅經、海圖等物皆有籍存。而前后銃死夷尸被夷拖去，未能割級者，累累難數，亦不敢敘。”
明朝方面，此場戰役之后原先對海禁政策采強硬態度的福建巡撫鄒維璉遭到撤職，繼任者對于海禁政策以及鄭芝龍等人無力約束采取放任態度，雖然明朝宣稱勝利，但東南海權自此落入鄭芝龍一人掌控。
料羅灣大戰后，明軍乘勝追擊，又連續與荷蘭人發生小規模海戰，一直將荷蘭趕出中國沿海為止。而鄭芝龍則死咬劉香不放，“一破之于石尾，再破之于定海，三破之于廣河，四破之于白鴿，五破之于大擔，六破之于錢澳。”最后于崇禎八年（1635年）廣東海戰，將劉香逼得在決戰中自焚溺死。崇禎九年（1636年）鄭芝龍被任命為福州都督，掌控了更大的權力，海盜問題也漸漸消失。
崇禎十二年（1639年），荷蘭人再度派朗必即里哥率大型戰艦9艘騷擾中國沿海，數次擊敗明朝水師的小型船隊，但最終又被鄭芝龍遣人攜帶盛滿火藥的竹筒泅水攻擊，一連焚毀5艘，朗必即里哥大敗而回。直到此時，明鄭艦隊最終奪取了從日本到南海的全部東亞制海權，此時，鄭芝龍被稱為“閩海王”，此后東南海疆唯鄭芝龍是從，來往內外商人皆用鄭氏旗號，史載：“每一舶例入三千金，歲入千萬計，并筑城于安平（今福建省晉江市安海鎮）”。
當時凡航行在東亞地區的船只，都必須花錢購買明鄭的令旗，若無此旗，在東亞海面被攔截的概率超過百分之五十，若在福建沿海，則百分之百被攔截。最后就連臺灣的荷蘭人都不得不偷偷地以日本船的名義購買令旗，當時中國東南沿海在明鄭和平的籠罩下正在平穩的發展。
荷蘭方面，東印度公司在此之戰明確認知其與明朝武力差距，放棄以武力方式解決與中國間的貿易問題，而鄭芝龍在戰后對荷蘭方面的善意回應使得荷蘭放棄與劉香等人的合作，轉回與鄭芝龍合作的貿易模式。荷蘭在此戰役對中國的損失絲毫不須賠償并且還得到了鄭芝龍方面穩定供貨保證。自此之后東印度公司與中國（鄭芝龍）方面維持穩定的貿易行為直到明朝滅亡為止。
鄭芝龍蕩平了海上的各個海盜利益集團，掌控了貿易網絡。臺灣海峽從此成為鄭氏艦隊的內湖。鄭芝龍違禁開辟的對日貿易，從此有了福建沿海地區這一穩定的貨源地和轉運中心，確立了與日本及與大陸沿海各地貿易中對荷蘭人的優勢。荷蘭人千辛萬苦殖民臺灣，在臺灣從事對日本和福建的貿易，將臺灣作為東亞、東南亞貿易轉運站，也因退出福建水域而使臺灣從此失去中介作用。金門的勝利也使鄭芝龍被明朝升為福建副總兵，成為合法的福建水軍首領。他以強大的武裝力量和雄厚的資本稱雄國際市場，在與荷蘭、日本以及東南亞各國的競爭中勝出，“獨有南海之利”。資料記載，他接受安撫后，“海舶不得鄭氏令旗，不能往來。每—舶例入三千金，歲入千萬計，芝龍以此富敵國”，因而“八閩以鄭氏為長城”。