碇真嗣按照明日香記憶中的那樣，將自己身上的血肉一點點切割下來，初號機身上受到的傷。很快就能夠在at力場的彌補之下恢復，而這些被切割下來的血肉落在三號機的身上，立刻就彌補了三號機身上那些殘缺不全的缺口。
總部中沒人知道碇真嗣在做些什么，但被一個普通的孩子威懾，還是讓他們感到了十分惱火，因此許多人都在嘗試想辦法去打破這份威懾。
初號機雖然活動時間已經沒有了限制，s2機關可以提供無線能源。但插入出內部的環境還是要進行維護的，lcl液體雖然只要不斷地通入空氣，就能將氧氣溶解進去，但長期使用的話也是會變得渾濁的，必須要離開駕駛艙進行更換才行，雖然lcl液體并不難以獲得，只要從血紅色的海水中過濾就可以得到，但碇真嗣只要稍微離開駕駛艙，就立刻會有人行動將其抓捕。
正因如此，即便總部按照他的要求提供了給他更換的lcl液體，也從沒有放棄對這個不可控因素的掌控。
碇真嗣自然也是知道這一點的，他只有一個人，而在只有一個人的情況下，自己在初號機的身上就只能不吃不喝，一直和對方耗著，但如果是兩個人甚至更多的話，那情況就截然不同了。
下來進行換班的時候，完全可以由另一個人負責防御，替換他對人類政府一方的攻擊進行警戒。
這也是碇真嗣想要想辦法將三號機徹底修復的重要原因，只要三號機重新站起來，那他就可以有足夠的時間對自己的機體對自己的插入栓進行整備，他對于全人類的武力威懾也就能維持下去。
而在這種威懾之下，將所有的使徒殺死，然后將幕后的seele揪出來，徹底讓人類社會恢復和平，這就是他現在想要做的事情，也是他現在有能力做的事情。
當幕后黑手一個個被他找出來解決掉后，人類世界也就得以恢復到災難發生之前的正軌了。
初號機的血肉還在一點點的再生，而這些血肉落在三號機的身上也很快在幾乎變成了一副骨架的三號機身上生長。
原本只剩下了骨架的機體開始一點點的被肌肉豐滿起來，eva就是這樣一種非常奇特的生物機甲在血肉的填充之下，很快就恢復到了原本的形態。除了外部的約束裝甲沒有恢復之外，看起來已經和一個正常的eva沒什么區別了。
在初號機的輔助下，兩位駕駛員回到了駕駛艙之中，并且重新被插入到了三號機的體內。然后在總部有些絕望的目光之中，原本已經損壞到幾乎無法修復的三號機竟然重新動了起來。
碇源堂即便是將手擋在臉前，也難以掩飾眼神中的變化。這一切已經徹底超出了控制，現在他只能寄希望于最強的力天使足夠強大了，如果力天使能夠打敗初號機起碼是徹底損壞兩臺機器中的一臺。那么一切就還有回到正軌的希望。
隨著三號機在兩位駕駛員的操控之下重新動起來，初號機也將插入栓從背后彈了出來。
長時間的駕駛讓機體內部的液體已經變得相當渾濁，更換之后這才重新恢復了清澈，at力場是一種很方便的東西，不只是可以用來攻擊和防御，甚至還可以用來檢測液體之中是否有毒素存在。
總部那邊的確耍了些小聰明，在其中一部分的液體之中，放置了緩慢生效的神經毒素，但這些全都被三號機扔了回去，而且來到總部的大金字塔面前。警告性的又在金字塔上開了一個天窗。
現在的局面變得非常古怪。總部現在必須要給反叛的機體提供維護的資源，而偏偏他們還被這些反叛的機體把刀架在脖子上。
又是那個漆黑一片的大廳，大廳之中一塊塊石碑懸浮在那里，石碑之上是蘋果七只眼睛，還有蛇的圖桉，那正是seele組織成員的標志，其中還有類似大腦的結構，那意味著他們的高級成員的思維也儲存在石碑之中。至少是部分儲存在石碑之中。
此時他們正在進行一場意義重大的交流：“這次歷史的重啟已經徹底超出了我們的預計，量產機還沒有完功，即便是想要提前觸發沖擊，重啟世界也是做不到的。
我們應該考慮更終極的手段了。”
“那樣做只會引入更多的不可控因素，我們已經太久沒有聯系過她了，一次次維持著輪回，一次次推動著我們的劇本，你們是不是已經忘記了？這個世界的輪回并非回到過去。而只是將我們所在的這顆星球逆轉到過去的狀態。
從最初一次輪回到如今，已經過去了數萬年時間，而我們曾經熟悉的那一切，現在恐怕也變得無比陌生，我不認為這個時候與她進行聯系，會得到我們期望之中的結果。”
“都是自己人，就沒必要打啞謎了，我就直說吧！是聯系去死去死團還是聯系主神。”石碑之中似乎有人不耐煩了，直接挑明了所有的問題。
主神是什么毫無疑問是清晰的，藍諾曾經就在主神空間之中服役過，那是一群為了主神的任務，可以不顧一切的亡命徒。
而可怕的是，這群亡命徒是有力量的，在一次一次的瀕死之中，每個人的基因所解開程度都絕對不低，還能夠獲取到各個不同世界的不同力量。
而去死去死團，同樣也是主神系列世界之中的一個強大組織，雖然名字不太正經，但卻是主神系列世界之中，讓人聞風喪膽的恐怖組織。
“我們的確是去死去死團的一個分支，但你們要明白，我們所看護的不過是一個平行世界，而并非是真正的原初世界，這個世界的存續與毀滅，對原初世界的真正主體來說，只是一個實驗，是他們未來可能會嘗試的一種命運軌跡的提前演繹，我幾乎可以肯定，我們的求援不會得到幫助。”又一塊石碑開口了，他們在討論的問題實在是讓人頭大，常人根本搞不明白他們在說些什么。
“我們的選擇，本來也是對照實驗的一部分，而唯獨不可以向實驗的主持者請求援助。”
漆黑的大廳之中，陷入了短暫的沉默之中，早在數萬年之前，他們第一次開啟了輪回之后，就有一些意識降臨在了他們的腦海之中，告訴了他們關于世界之外的許多事情，但他們也很清楚，這些人在最初幫了他們一把之后，就不會繼續提供幫助了。
而現在，他們或許只能寄希望于曾經降臨過他們這個世界的主神，可以打破局面。
“數萬年來，我們的輪回已經持續了上千次，而這期間，主神來過數次，幾乎每一次都是幫助我們將歷史扭轉到正軌，或許細節上會有所偏差，但大方向上都是和之前的每一次相同的，我想這次又到了我們該召喚他的時候了。”
發言的石碑發出了明亮的光，其余人則陷入了短暫的討論之中，而在這個大廳之中，他們也最終做出了自己的決定。
藍諾打了個噴嚏，那種莫名的危機感越來越強烈，他總覺得似乎有什么不妙的事情要發生了，而這種不妙的感覺之中還有許多讓他感到奇怪的直覺，似乎糟糕的事情之中也有不那么糟糕的部分。
隨著三號機被徹底修復，兩臺機體相互輪班的情況下，總部根本沒有機會發動突襲，只能繼續維持兩臺機體的整備狀態。并且接受著他們的威懾。
時間就這樣，一天又一天的過去，按照死海文書上的記載，力天使應該就在近一段時間就會抵達。
“真嗣，我知道你能聽到我的話，如今死海文書已經對我們公開，接下來就會有最強的使徒入侵。”葛城美里雖然頭上還纏著繃帶，但還是作為交涉的代表，來和初號機進行對話。
“我知道你對于nerv，以及seele都有不滿，但至少讓使徒進入最終教條會導致人類毀滅，這一點是沒錯的，你也不希望看到這種事情發生吧？
所以我請求你，請求你能主動出擊，打敗接下來即將入侵的力天使，乃至是在立天使之后的三個使徒，只有這樣，人類世界才能恢復到你期望中的那種和平的狀態吧！”
碇真嗣轉頭看向了總部金字塔的方向，隨后點了點頭：“我會解決剩下的使徒的，這一點不需要你們費心，但你們也要知道，我是絕對不會允許人類補完計劃或者是第三次沖擊發生的。
這兩者本質上都是用絕大多數人的自我，來換取少數人愿望的達成，這是絕對不可行的。”碇真嗣說完這些之后就繼續沉默下去。
該交涉的都已經交涉過了。總不能做出的讓步，也都已經讓步過了，之前他還提出過要求讓總部交出零號機和綾波麗，但卻被總部嚴厲的拒絕了，而且是沒有任何商量的余地。
時間又過去了十八個小時，在兩臺機體又完成了一次輪班之后，第三新東京市再次響起了刺耳的警報聲，新一輪的使徒入侵開始了，傳說中的最強使徒，一炮就可以打穿基地上層全部裝甲的超級使徒，出現在了第三新東京，而他也切實地展現了自己的力量，那是一個外形有點像是安卓機器人的使徒，依靠著懸浮的方式前進。而在他相當于手臂的位置，則是如同拉長出來的廁紙一樣的東西，又有點像是古代那種折疊起來裝訂在一起的紙張一樣。
那是兩層非常薄的結構，在at力場的加固之下，變得無比堅固，鋒利，幾乎是可以切割一切，原本的歷史之中，二號機的雙臂就曾經被他切斷過，可以說是一種非常夸張的攻擊。
隨著他來到了城市的正上方，一發紫色的光炮轟炸在了城市的地面，緊接著就看到，在地下都市的上空，巨大而明亮的紫色十字亮起，爆炸的光芒直接貫穿了基地的裝甲層，露出一條可供力天使進入的通道。
“檢測到絕對領域…強度…強度史無前例！這怎么可能？之前所有的使徒的at力場，加在一起都沒有他的更強大。初號機…初號機真的能打敗這種家伙嗎？”所有人的心情都是忐忑的，沒人敢肯定初號機能夠打敗眼前的龐然大物。而一旦出號機失敗，后果將不堪設想。除了出號機之外，將沒有人能夠阻止力天使的肆虐。
埋藏在基地之下的最終教條絕對會暴露出來，而以使徒作為主導引發的第三次沖擊，帶給人類的就只有毀滅性的打擊。
而隨著力天使從天而降，初號機和三號機也轉過身去正面面對著這最強使徒，雖然從他們的臉上看不出表情，但從他們的態度來看，面對著史無前例的最強使徒，沒有絲毫畏懼。
從天而降的立天使也發現了這兩臺機體，他顯然是不知道這兩臺機甲和生產他們的總部之間。已經產生了部分矛盾，果斷把他們兩個當成了自己的阻礙，于是主動發動了攻擊。
就看到他身體兩側像是拉長的側紙一樣的飄帶開始一層又一層的折疊。這個過程完成的飛快，就像是壓縮的彈黃一般。
而隨著折疊達到了極限，這些極為輕薄的存在就會被彈射出去。
兩排廁紙就像是兩排刀刃一般，飛快的朝著初號機的方向切割了過去，沿途所過之處，山川草木全部都被切割成了兩半，而這比頭發絲還要更薄的存在，卻沒有受到一絲一毫的阻礙，碇真嗣能夠清晰的感受到，那如同紙一般薄的東西之上蘊含著的強大力場。
但他卻沒有因此而退縮，反而是迎面而上，雙眼一片茫然的同時，體表釋放出了強韌的金色六邊形力場，正面和高速飛馳而來的如同刀片一般的存在碰撞在了一起，總部之中的人此時心情復雜，他們現在正在被視為叛徒的初號機保護著。