傀儡系統帶來的那種強烈的沖動，碇真嗣現在能夠清晰的感覺到，那不只是單純的瘋狂，其中還有相當部分的早就設定好的程序在其中，那其中就包括了主動破壞三號機內部的插入栓。
即便是現在，他將兩個插入栓平穩的放在地上后，初號機依舊有著上前將插入栓破壞的沖動，而且越來越強烈。
只不過傀儡系統在碇真嗣面前已經不夠看了，在他強大的自我意志面前，傀儡系統再怎么慫恿他，再怎么嘗試接管初號機都無法做到。
就好像是被一只手按住的小老鼠一樣，再怎么掙扎也無法逃走分毫。
碇源堂通過監控屏幕看到這一幕，一雙手遮住了自己的半張臉，以掩飾自己的表情變化，眼前這一幕，徹底出乎了他的預料。
他本想要提前開啟人類補完，并且以自己為主導，人類補完和創造神明的沖擊或多或少還有一些區別，第三次沖擊一般情況下，存在兩種可能，一種是使徒和亞當結合，另一種是生命果實與智慧果實相互融合，加一個S2機關。
而人類補完計劃需要的則是初號機的駕駛員精神崩潰加上S2機關的輔助，如果按照原計劃進行的話，還需要朗基努斯之槍。
而現在計劃似乎出現了很大的問題，人類補完計劃這邊，初號機駕駛員的精神崩潰完全無法達成，碇真嗣不知道發生了什么？在這一次輪回之中變得不可思議的堅強，而且自身的各項素質也變得極其強大，甚至已經逐漸調查清楚了關于使徒的全部秘密。
現在雙方幾乎是站在一個對等的位置上了，當碇源堂看到初號機轉過身，面向基地總部的大金字塔的時候，就認識到了這一點。
已初號機，現在還剩下的電量，足以將整個總部毀滅。特別是現在的初號機，在眼前超強的駕駛員的駕駛下，可以輕而易舉的將at力場外放，像使徒一樣釋放出毀滅性的范圍攻擊。
雖然還只剩下三分鐘時間，但毀掉基地綽綽有余了，而碇真嗣所做的還不止如此。
輕輕的將兩個插入栓放在地上之后，他便操控著初號機，冰冷的看了一眼大金字塔，卻并沒有直接爆發出來，而是一步步走向了倒下的三號機，雙手覆蓋上at力場，隨后猛的插入了3號機的胸膛，在插入栓被取出后，就不需要擔心感官共享的問題了。
而這時候三號機面對初號機，根本就一點抵抗能力都沒有，但初號機卻并沒有趁著這個機會徹底毀掉使徒的核心，而是用自己的高震動粒子切割匕首，切開了使徒的胸膛，從里面掏出了一顆紅色的球體，那正是S2核心。
碇真嗣這些天來已經通過自己的調查，了解了一部分死海文書的內容，更了解了S2機關可以給他提供無限能源。所以這一次果斷的沒有將使徒的核心破壞，而是將它完整的挖了出來。
耳邊響起碇司令的聲音：“你想干什么？戰斗已經結束了，摧毀使徒的核心！”
然而碇真嗣卻搖了搖頭：“摧毀？你們不是本來就需要我吞噬掉這東西嗎？既然如此，現在又何必要阻止我？”
說話之間初號機就像是伊甸園之中啃食蘋果的人類先祖那般，將火紅色的S2機關吞進了自己的口中。
而隨著使徒的核心進入到初號機的體內，源自使徒的力量開始在初號機體內橫沖直撞。這本身就是一個擁有侵蝕性質的使徒。此時吃到體內就好像是將帶有污染的菌群吃到了體內一般 正常情況下，初號機也會被使徒連帶著污染。然而強大的at力場在初號機的體內爆發，毫無懸念的將使徒鎮壓抹殺，隨后徹底將S2機關融合成為了初號機真正的能量來源，而剛剛的倒計時也永遠停在了兩分五十八秒，擁有無限能源的初號機，已經再也不需要擔心沒電的問題了。
咔咔啦啦！碇真嗣毫不顧忌的釋放著自己的力量，初號機的肌肉在他的操控之下膨脹起來，隨著這個過程，覆蓋在初號機表面的約束裝甲開始碎裂，約束著初號機的力量的裝甲，此時已經失去作用，機體恢復到了原本真正該擁有的力量。
而在這種狀態之下，碇真嗣再次轉頭面對總部的大金字塔，隨后緩緩的朝著大金字塔的方向走去，速度不快，就像是之前面對三號機時候那樣，但看著屏幕之中越來越近，越來越大的初號機，總部之中的所有人都忍不住吞了口口水，這一幕的壓迫感實在是太強了，初號機帶給他們的壓力比起使徒還要更加巨大。
“停下！你在做什么！”赤木律子的聲音在通訊頻道中響起。
“我在做什么？你先問問司令在做什么吧。”碇真嗣駕駛的初號機綻放出了極其危險的氣息，那是種無形的威壓，是生命層次上帶來的壓制，在這種壓制面前，身為人類的大多數人，在與初號機連接在一起的碇真嗣面前，都像是螞蟻一般脆弱，此時宛若是遇到了天敵一般，許多人連原本的工作都忘記了，僵硬在原地一動不動。
“你問問他，為什么在我還有戰斗能力的時候要啟動傀儡系統？問問他傀儡系統中，為什么插入了一段額外代碼，讓初號機狂暴化，為什么這段額外代碼里，還有摧毀插入栓的內容。
這是一場謀殺，而我需要一個說法，要么，將這場謀殺的幕后兇手交出來，繩之以法，要么，取消全球所有的傀儡系統，將所有傀儡系統永久封存。”
初號機還在朝著總部的方向走去，一時間總部之中一片沉默，有人覺得這只是小孩子在胡鬧，但有人卻已經開始了認真的思考。
“我忘記了，赤木律子小姐一直都是和我父親保持著密切的聯系的，所以發生在我身上的這些事情，赤木律子小姐其實早就是清楚的吧。
那么現在我要討個說法了，不用嘗試拖延時間，關于北美基地的研究我已經看過了，擁有了S2機關之后，我的機體就可以像使徒一樣擁有無限能源，一直工作，只要我想，不要說是這里。總部，全世界所有nerv總部，我都能去拜訪一遍，現在告訴我，你們要怎么選擇。”
不同于原本歷史線上，碇真嗣在遭受到傀儡系統的背叛之后，像是鬧脾氣的小孩子一樣，瘋狂的破壞金字塔，這次的碇真嗣沒有對總部做出任何破壞，但帶給人的壓迫感卻比每一次都要更加恐怖。
“胡鬧夠了沒有？不要管他，增加lcl液體的濃度，強行收回初號機！”碇源堂雖然感覺情況已經朝著失控的方向發展，但還是極為強硬，對于初號機他已經做了不知道多少的手腳，就算沒有這些，也有絕對的對駕駛員的強制措施。
碇真嗣也聽到了這個命令，同時感覺到，駕駛艙中的液體開始出現了變化，他的呼吸開始變得困難起來，這種狀況如果持續下去的話，就算是他現在的狀態特殊，大概只需要幾分鐘時間就會徹底暈過去，如果不是解開基因鎖的狀態的話，或許幾秒鐘時間內就會暈過去。
“講道理講不通就和我講物理？”碇真嗣站定在了原地，然后再出號機的體表一層金色的光膜浮現出來，剛好將初號機全部籠罩，隨后初號機內部的變化就停止了下來。
“你們應該比我更加理解什么是at力場，什么叫做絕對領域？在這種領域之中，我可以拒絕外來的一切，可以拒絕動能打擊，自然也可以拒絕你們傳遞來的電磁波。
只要我不同意，你們對插入栓內部的一切操作都沒有意義，不信你們可以試試，試試強制彈出，試試切斷連接，甚至你們可以試試。我座椅下面的那塊炸彈能不能引爆？
對于這些設置，你們真的以為我完全不知道嗎？將人類的終極兵器交給個人來操控，特別是這個人，還是個未成年的孩子，怎么想都知道，你們肯定會在插入栓上，增加眾多的限制。
而我一直以來也都知道這一切，既然如此，你們就應該明白，在沒有把握破解這一切之前，我是不會用初號機來威脅你們的。”
初號機還在繼續前進，距離大金字塔已經只剩下幾百米，那高大的身軀甚至直接在大金字塔的窗口就能夠看到，那種末日來襲一般的壓迫感，那種終極boss蘇醒的壓迫感，簡直讓總部之中的人窒息。
“反擊，讓零號機出擊，強制收回初號機。”碇源堂依舊保持著自己的強硬，這也是他執行自己的計劃所必須的。
然而他的命令很快得到了回應，零號機的駕駛員拒絕駕駛，并且零號機的傀儡系統無法對零號機進行操控。
更讓碇源堂始料未及的是…
總部金字塔的最下方，最終教條區，隨著電梯門在密鑰的輔助下打開，綾波麗穿著作戰服，獨自走了進去，而她面對的，是被釘在十字架之上，體型巨大的莉莉絲。
隨著凌波麗來到巨型人體旁邊，靈魂中的某種力量似乎開始了與眼前的龐然大物共鳴，雖然是衰弱的被封印的狀態，但本體足有四階高級的力量即便只是泄露出一點，也對凡人世界有著無比強大的影響力。
隨著這部分力量開始共鳴，零號機也開始了暴走，插入其中的傀儡系統被零號機強制彈出，隨后在天上亂飛的插入栓被零號機，一把抓住，在機體巨大的力量下一把捏碎。
碇真嗣身上出現的意外碇源堂多少能有些預料，畢竟這孩子這一次變得太過堅強。似乎從靈魂本質的層面都變得更加強大了，超出預計也是有可能的。
但綾波麗本應該最聽他的話的，這個時候也出意外了就意味著情況已經徹底失控，綾波麗是沒有能力抵抗傀儡系統的，也沒有能力靠著自己的力量就屏蔽掉基地的電磁信號，保證零號機的獨立運轉。
因此她并沒有選擇登上零號機，那樣做，不管她想不想，最終都必須要和碇真嗣戰斗。而現在的她選擇的則是讓零號機徹底失控，無法參與到戰場之中。
只有EVA才能對抗EVA，雖然這不是一個定律，但基地的防御火力朝著初號機攻擊過去，的確沒有起到任何作用，六邊形的光芒頂在初號機的面前，將所有的攻擊都拒絕在外。
在零號機無法啟動，二號機的駕駛員被他們親自坑到昏迷的狀況下，眼前似乎已經沒有什么能阻止初號機了。
再多的火力命中，在出號機的身上，也不過是在他的身邊燃放煙花，就看到初號機來到大金字塔面前，伸出手來，將金字塔的外裝甲掀開，指揮大廳已經暴露出來，近距離面對初號機的那種壓迫感，和遠遠的看著他根本不是一個概念，從金字塔上破開的缺口往外看，就能夠看到巨人就站在近在咫尺的地方，窗口只夠看到他頭部的位置，甚至不足以看到整個頭部。
所有人的心都提到了嗓子眼，碇源堂也終于無法再保持強硬了，因為初號機的手已經伸到了總部之中，而那只手距離他所在的位置只有不到一米。
別說是他現在還沒有獲得尼布甲尼撒之匙，除了移植了亞當胚胎之外，基本上就是凡人之軀，就算是他被轉化之后，也絕對不足以抵擋初號機的抹殺。
在那只手將自己抓住的前一刻，碇源堂終于改口了：“停下，所有的傀儡系統將銷毀，不會再有傀儡系統存在于這個世界上。”
“現在再提出談判，條件就不只是傀儡系統了。”碇真嗣的動作暫停下來，但卻依舊保持著隨時準備攻擊的姿態。
“不只是我這幾臺機器上的傀儡系統要徹底封存，在世界各地生產的量產機以及控制他們的傀儡系統和S2機關，都必須要銷毀或封存。除此之外，我要親眼去看死海文書的原典和人類補完計劃的詳細內容。”