回到京師之后，司馬珂便向司馬衍提出辭讓都督中央軍事一職。不再統領王室六軍、五營校尉和城外諸軍。
對于司馬珂來說，王室六軍和五營校尉都是世兵，大多數軍士都只是把當兵作為一個飯碗，并沒有多少戰斗力和士氣。雖然經過兩年的訓練，戰斗力略有上升，但是依舊積重難返。
最重要的是，如今他都督六州軍事，馬上要接手京口之兵，如果不交出中央軍事，難免會讓人浮想聯翩，引發各種猜測。對他來說，掌管好各兵鎮之兵，為將來的西征和北伐做好準備，才是頭等大事。中央軍此時反而成了燙山芋，今早丟掉為好。
司馬衍自然也明白這個道理，兩次拒絕了司馬珂的奏請之后，在司馬珂的再三堅持之下，終究是同意了。
王室六軍，關系到皇宮的安危，所以中護軍一職司馬衍還是執意要由宗室統領，便由車騎將軍司馬沖所兼領。
由于中領軍紀睦被司馬珂調到了荊州，中領軍空缺，改由右衛將軍褚裒所擔任。城外守軍依舊由周謨所領。
而天策軍和羽林騎，均為司馬珂所建，司馬珂請將此兩軍移鎮京口，以做將來北伐之兵，亦得到了司馬衍的同意。
在司馬珂解除都督中央軍事之職后，便立即讓郗鑒在京口買了一處宅子，作為府邸。同時天策軍和羽林騎也分別告別了原來的樂游苑和南苑大營，由郗鑒在京口另辟一處大營作為兩軍所用。
自司馬珂移鎮京口之后沒多久，郗鑒便奏請朝廷乞骸骨，請辭太尉之職，解都督中外軍事，解都督都督晉陵郡、吳郡諸軍事。雖然這一切都在計劃之中，但是司馬衍只批準了郗鑒請辭之職，但是并未批準其乞骸骨，而是改拜郗鑒為太傅，目的是讓郗鑒風光的到七十歲再致仕。太傅之職不常設，更在三公之上，稱為上公，也算是極盡榮耀。
郗鑒推讓再三，最終接受太傅之職。為了投桃報李，郗鑒走得也極其干脆利落，彰顯其高風亮節。
郗鑒走時，辟原太尉府長史劉遐為太傅府長史，薦舉北中郎將李閎為右衛將軍，薦舉自己的侄子郗邁為尚書郎，兩個兒子則為太傅府掾屬，同時辟王羲之也為太傅府掾屬，一家人齊聚建康，也算是其樂融融。
這樣一來，幾個對司馬珂不是很感冒的主要將領全部被郗鑒帶入京師，只留下對司馬珂印象極佳的督護夏侯長，來協助司馬珂順利接手京口之兵。郗鑒此舉，既為司馬珂掃清了接手京口的障礙，同時也算是對李閎、劉遐和郗鑒的子侄們的一種保護。
對于郗鑒的高風亮節，司馬珂自然十分感激。在郗鑒臨別之際，司馬珂發動了數萬人歡送，并親自率兵千人，護送到三十里之外。
對于郗鑒來說，人生到此地步，已算是功德圓滿了。
送走郗鑒之后，司馬珂開始對京口之兵進行大整頓。
他將北府兵分為三軍，分別為北府神策軍、北府虎衛軍、北府驍烈軍，每軍皆一萬戰兵，三千輔兵。
薦舉桓溫為廣威將軍，任命顧會為司馬，統領北府神策軍。
薦舉謝尚為廣武將軍，任命張澄為司馬，統領北府驍烈軍。
薦舉夏侯長為揚威將軍，任命朱燾為司馬，統領北府虎衛軍。
同時以紀敏為天策軍督護，虞嘯父為天策軍司馬。
又任命李顏為衛將軍府主簿，協助自己處理后勤和文書事宜。
如此，整個京口便有五只兵馬，五萬大軍，也是司馬珂寄托北伐厚望的五只強兵，畢竟除羽林騎外，其余這四只兵馬都是以北面的流民為主，北伐的心思最為強烈，士氣也最為高漲。
三只北府兵不但戰力最強，其裝備在郗鑒的經營之下，也是整個東晉最強，每軍都有明光鎧兩千以上。司馬珂又令召集四軍的全部工匠，制作十石大黃弩三連弩三千把，以配備北府三軍。
除了大黃三連弩之外，司馬珂又請京師之工匠，協助打造五百輛精鐵戰車。畢竟一旦北伐，便要遇上北面羯胡的鐵騎，司馬珂手里只有區區七百騎兵，不足以與之對抗，唯一能抵擋鐵騎的沖擊的，便是戰車。
司馬珂又令三軍在北固山一帶，廣開荒地，大量種植紅薯和土豆，建造豬舍養豬，以節省軍糧，為后續征戰做好準備。
除此之外，而原朱燾所領的四百多騎兵也并入了羽林騎，如此一來，羽林騎便擴充為七百騎兵，依舊由周琦統領。針對羽林騎新兵，司馬珂親自主抓其訓練一事。
而那三百藤甲兵，也獨立成營，被名為藤甲營，由紀敏兼領。
經過兩個多月的經營，整個京口已經完全在司馬珂的掌控之中，而且呈現一片欣欣向榮的勢頭。
對于京口之兵來說，老太尉沉穩、德高望重，令人尊敬；但是新接任的衛將軍，年少，朝氣蓬勃，富有激情有沖勁，而且點子多，北伐的目標明確，雖然對待部曲的要求比老太尉嚴格得多，甚至動不動便會訓斥和責罰不符要求的將士，但更令人充滿希望和激情。
尤其是那些思念故土，做夢都想著殺回中原的將士們，深深的明白，老太尉終究是老了，不可能帶他們北伐了。唯有這個年方十七，數次大戰都是遇強則強，迎敵而上，從未退讓，也從未戰敗的小統帥，才是他們的希望所在。
他們對司馬珂在背后的稱呼，都是親切的稱之為“小明公”。
小皇帝司馬衍，外有司馬珂鎮守藩鎮，而京師的中央軍徹底聽命于己，也抖擻精神，開始大刀闊斧的整理朝政。
他下令江南諸州各刺史全面推廣種植紅薯和土豆，責成左民尚書諸葛恢全力監督，否則必當重罰地方官員。
而與此同時，司馬衍又發布著名的“咸康土斷”，命令廢除僑置郡縣，王公以下至平民百姓均以土著為斷，將其戶口編入所在郡縣，注入白籍，以示與土著黃籍區別，加強了對僑人的戶籍控制。
在司馬珂的建議之下，為了減少推行白籍的阻力，司馬衍又規定白籍者第一年免稅，第二年三十稅一，此后三年二十稅一，到六年才與黃籍一樣十五稅一。
為了確保土斷之策得以執行，司馬衍規定給出一年的時間，由各州刺史及左民尚書負責白籍編戶的問題，一年之后則將派欽差帶虎賁去各地嚴查，一旦發現有故意藏匿僑人的士族，則嚴加責罰，并貶為庶族。
土斷之事，重點在于提高朝廷財政收入，也一定的程度上削弱北方僑姓高門的勢力。
此外，為了盤活經濟，解決兩晉時期錢幣不足，而且幣制混亂的問題，司馬衍又責成何充家族負責鑄造金幣，陳郡謝氏負責鑄造銀幣，而吳郡陸氏則負責鑄造銅幣。
一金幣可換十銀幣，一銀幣可換百枚銅幣，一枚銅幣等同一比輪錢，大小和重量也跟比輪錢一致，避免新幣對原有的比輪錢產生沖擊。
司馬衍記得王導臨終前的建議，恢復西晉時的太學和國子學，依漢制設五經策試之法，通過考試的可補掌故、太子舍人、郎中等。增設督學使者一職，定為右第四品，由謝安擔任，職掌督辦教育、學校之事，太學和國子學亦歸其管轄。
說起來，謝安也算是升遷極快的，僅僅兩年不到的時間，便爬升到了右第四品之職，除了家族聲望日隆之外，更重要的還是因為司馬珂在背后的支持，誰都知道謝家的郎君是衛將軍司馬珂的拜弟。
就在東晉政局逐漸恢復平靜，君臣上下勵精圖治，逐漸向強國、強軍的方向發展時，一場戰爭的烏云分別自西面和北面同時襲來。
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