琴蘇醒后竭力將X教授排出自己的意識。隨后遵循自己意識中的呼喚，前去自己曾經的家。x教授直呼大事不妙，于是帶著眾人前去攔截。
琴回到自己曾經的家，卻在這里見到了自己“已故”的父親。原來當年琴的父親在那場車禍中并沒有死去!被自己女兒的超能力深深震懾到的父親拋棄了琴，將琴托付給了查爾斯教授。
查爾斯教授為了不讓童年的慘痛經歷以及被父親拋棄的真相影響到琴于是在她腦中植入了“父母在車禍中雙亡”的意識，用以保護琴。這就是琴腦海中的“意識防火墻”。但現在她突破了這層墻，自己發現了真相。
對自己害母親死亡、被父親拋棄、被查爾斯教授欺騙，同時擁有了一個自己不能掌控并且時常失控的巨大能量，琴陷入了極深的痛苦與困惑之中。
這時，X戰警眾人趕到，查爾斯教授試圖安撫琴。但這時警車不合時宜的開到現場，被警笛聲弄得心煩意亂的琴再次失控，釋放能量掀翻了警車。
藍惡魔見狀，瞬間移動上去想阻止琴，但被琴用能力操縱墻壁砸了過來。快銀也沖了上去，但沒想到琴的意念力比他速度還快，被甩到了一邊重傷倒地。
這時魔形女走了出來，繼續安撫琴。但琴再一次失控放出巨大的沖擊波，將魔形女撞到了裸露的鋼筋上，直接刺穿身體死亡。琴再也受不自己了，于是趕忙飛離了現場。x戰警則帶著魔形女的尸體和重傷的快銀回到了基地。
琴來到了一處莊園。在這里見到了另一支變種人的領袖——萬磁王。萬磁王看到了琴身上的血跡，一直逼問琴那到底是誰的血跡。
這時軍方的人乘兩架直升機趕到這里，要求萬磁王交出琴。萬磁王拒絕了他，但這時琴卻自己從屋中走了出來。
琴用意念力直接摧毀了一架軍方來時乘坐的飛機，并且還想摧毀第二架。萬磁王不想讓琴濫殺無辜，于是用自己的磁力對抗琴的意念力，拼盡全力將飛機中軍方的人悉數救出。
見琴惹了事，萬磁王很生氣于是驅逐了琴。琴這下得罪了查爾斯教授與萬磁王兩支變種人和人類，孤立無援。
在酒吧中，化裝成女探員的德巴力人找到了正在買醉的琴，她告訴琴她不是一般人，她不會被這種能量嚇到，她能夠幫助琴。于是琴信以為真，和她來到了位于紐約的德巴力人總部。
在這里女探員德巴力人向琴展示了這種能量的淵源。這種能量是宇宙之中一種強大、純粹、被稱為“鳳凰之力”的能量。這種能量很強，所到之處灰飛煙滅。
德巴力人的母星就是被鳳凰之力摧毀的。而流落到地球的德巴力人則是追蹤到鳳凰之力的信號后，來到這里研究如何駕馭這股力量的，然后再用這股力量東山再起的。
鳳凰之力來到地球，不是偶然，而是琴的與眾不同的體質吸引鳳凰之力來此的，琴會注定吸收鳳凰之力。德巴力人繼續蠱惑琴，讓琴與自己為伍，而與查爾斯教授、萬磁王等人劃清界限。琴信以為真，傻傻上鉤。
在X戰警基地內，痛失女友魔形女的野獸對琴恨之入骨，于是他擅自駕駛飛船來到了萬磁王的莊園，將琴殺了魔形女的事告訴了萬磁王。萬磁王這下知道琴衣服上的血跡是誰的了。
X戰警中，是查爾斯教授、萬磁王、魔形女三人最開始召集各路變種人，四處為變種人的利益奔走，才有了今天的規模。
這三人之間有著非比尋常的情誼，因此得知老戰友魔形女被殺，萬磁王怒火攻心，帶上自己標志性的頭盔，帶上小弟，與野獸一起前去紐約準備殺琴。
而查爾斯教授一邊，也感知到了琴在紐約，但查爾斯教授始終堅信琴是善良的，他希望能將琴勸說回來，于是帶上X戰警眾人也前去紐約找琴。就這樣，三路人馬會師紐約。
在紐約德巴力人的秘密總部前，萬磁王等人遇到了查爾斯教授等人。萬磁王與野獸一心想沖進去殺了琴，X戰警眾人則奮力阻止他倆。
眾人打作一團。見雙方打的難舍難分，萬磁王放了個大招，將地下的一輛地鐵拉了出來，封住了道路，阻止了X戰警眾人。自己則進入房子，見到了琴。
萬磁王將屋內的金屬扶手變成長矛，想刺死琴，但琴輕松化解了長矛的攻擊。琴用意念力將萬磁王拉到空中，將他標志性的頭盔碾成碎片，然后將萬磁王丟出了屋子。
查爾斯教授此時進來了，他仍在勸說琴，但琴在德巴力女探員的蠱惑下根本聽不進去，她碾壞了查爾斯教授的輪椅，用意念力像提線木偶一樣的操控著查爾斯教授一步一步的走到她的面前。
為了讓琴知道真相，查爾斯教授放棄了心理防線，讓同樣具有心靈感應力的琴進入他的意識，看看他的腦海。在查爾斯教授的腦海中，琴看到了雖然查爾斯教授欺騙了自己，但他也確實真心想幫助琴。
琴被感動了，立場開始動搖。德巴力女探員趕緊上前蠱惑琴，讓琴放棄鳳凰之力。琴同意了于是女探員開始吸收琴的鳳凰之力。在女探員吸的正爽的時候，她一不小心把要消滅地球人的計劃說漏嘴了。
這時鐳射眼趕來，一炮擊飛了女探員，救下了琴。但這時人類的特殊部隊趕到，將現場所有變種人包括琴，全部戴上枷鎖，送上一輛特制列車，押送至特制監獄進行收監。
嘗到了鳳凰之力甜頭的德巴力人不愿這樣放棄鳳凰之力，于是，一群德巴力人開始進攻列車。德巴力人是外星生物，具有自愈能力，身手又敏捷，人類的武器對他們根本沒用。
人類守軍紛紛敗退。情急之下，最后的守軍不得已，打開了變種人身上的枷鎖，于是查爾斯教授麾下的x戰警與萬磁王麾下的變種人結成抗敵統一戰線，協力對抗德巴力人。