2、民兵體系將會從鳳凰軍的作戰體系中剔除，但又不完全剔除，而是要建立一個類似后備軍的民兵晉升體系，雖然大部分守護者民兵在戰斗結束后都會急匆匆的甩掉戰爭的印記，但也有一部分適應了戰爭，他們不再追求平和的生活，但由于方舟世界大多沒有常備軍，往往會轉向武士道途，基于這種情況，未來鳳凰軍中相當一部分正式士兵會從守護者民兵中誕生。
3、重新建立鳳凰軍的指揮鏈，新鳳凰軍的組織構架將會分成三部分，分別是步軍，飛軍和龍軍，每一軍都有一個最高中樞名為軍機處，但它并不是一個指揮機構，而是一個信息監控，處理和調度機構，由36名先知組成，但先知們本身并不是軍人，他們也沒有軍階，也就沒有任何指揮權，軍機處直接對索什揚負責，任務就是為最高指揮部提供戰場和各個部隊的動向，同時不同軍機處之間采用心靈鏈接的方式進行協調，以達到效率最大化，而鳳凰軍的最高機構自然就是索什揚本人。
4、細化部隊的指揮序列，取消了過去以戰群為結構的混亂的組織構架，重新構建新結構。
其中步軍的組織構架是小隊連營旗，其中步兵小隊是由612名士兵或者道途武士組成，一般來說兩者會分開組隊，但必要的時候可以將一個6人士兵小隊和一個6人道途武士小隊組合成一個新的12人小隊，同時每一支步兵小隊都至少會有一個蛇之鱗反重力平臺（可以裝備星鏢炮或者D炮）進行重火力支援，同時規劃中還會有36臺反重力紡錘機蜂進行輔助作戰，另外步兵小隊中也有完全使用載具的小隊，比如由3架黃蜂攻擊艇和6架反重力摩托組成的高速火力小隊，或者完全由摩托組成的高速偵查小隊。
但其中值得注意的一點是，索什揚所設計的連并非固定的步兵小隊就是步兵小隊，裝甲小隊就是裝甲小隊，人類這么干是因為人類受限于壽命，短暫的一生往往只能掌握有限的作戰技巧，也就是所謂“專業”，但這個并不適用于艾達，因為艾達的壽命太長，只要肯花時間學習，那么一個艾達士兵可以熟練操控幾乎所有戰爭機器，所以一個步兵小隊可以通過直接部署空載具的方式直接變成一個載具小隊，比如一支6人步兵小隊，通過風暴巨蛇投放3臺兩人駕駛的獵鷹坦克，馬上就可以變成一支坦克小隊，也就是說，鳳凰軍的士兵（非道途武士）不是單純的步兵，而是偵察兵，狙擊手，駕駛員甚至是飛行員的結合體，是真正意義上的人間兵器，某種意義上也算是一種道途。
至于連，則并不是常識里的數個小隊的簡單組合，鳳凰軍的連已經是一個復合作戰單位，包括若干步兵小隊，戰行者，幽冥構造體和獵鷹坦克等載具單位，而且一個連可以通過調整步兵和載具的比例改變其作戰用途，比如編入36支坦克小隊（3臺/隊），可以將一個連變成裝甲連，或者編入24個幽冥構造體小隊（5個/隊），將其變成一個地面強襲連隊，總之一個連的人數大概在50100之間浮動，同時各類連之中還存在一種特種連，這種連完全由來自一個神龕的道途武士組成，人數在3060人之間，主要是面向狂嚎女妖，突擊蝎這類人數比較多的神龕。
而營則由36個連隊組成，屬于鳳凰軍最大的常設編制，一個營某種意義上就算是一個可以完全獨立進行一場戰爭的編制了，并且同樣可以通過增加特殊作戰連隊的方式改變其屬性，比如數個裝甲連可以組成一個裝甲營，一個營的兵力大致在250500之間，且將裝備有諸如蝎式超重型坦克，風暴巨蛇，焰晶坦克，以及大型幽冥構造體這類大殺器，同時營還將額外配置一個獨立編制的“獸群”，一個獸群由3名德魯伊和上百頭各式戰獸組成。
不過營雖然是常設機構，但編制并不是固定編制，一個營只有兩個“基干連”是始終固定的，剩下的連都是根據戰場情況隨時增補。
相對于之前三個層級，旅一級就特殊些，因為這個就不是一個常備編制，這個編制只有在進行大規模，橫跨星系的戰斗時才會組建，其由若干營和額外的特殊連隊組成，旅長就相當于一個獨立戰區的司令官，擁有極高的決策權和戰術自由，所以該職位由索什揚親自任命某個營長或者高級軍官擔任，一旦戰爭結束旅指揮部就會解散，這樣做的原因一方面是可以防止層級太多指揮臃腫，一方面則是考慮到旅級的兵力太龐大了，指揮官長期在這個位子上，萬一有些什么，可能就是一場大亂.索什揚很早就意識到，不能把籌碼都壓在“忠誠”或者“品性”兩個字上，帝皇已經用血淋淋的教訓證明了這點，所以權力的均衡和制度上的制衡才是關鍵的。
而且由于艾達漫長的生命和不遜于阿斯塔特的思考與理解能力，只要多打幾仗幾乎絕大多數營級指揮官都能勝任旅級的指揮任務，也不用擔心無人可用或者難以勝任。
鳳凰軍的飛軍部分則較為簡單，就是小隊中隊大隊聯隊的指揮鏈，其實聯隊也不是常設構架，而是臨時組建，深紅獵手們因為是道途武士，所以他們有一個獨立的大隊編制，另外鳳凰軍的飛軍并非純粹的飛行載具組成，他們也是有自己的步兵單位，其中一個是黃蜂襲擊者，別看名字帶黃蜂，但它和黃蜂攻擊艇沒有任何關系，它實際上是戰行者的一個變種，放棄了戰行者的偵查定位，配備了更強大的噴氣裝置，還配備2門重武器，如星鏢大炮，散射激光、導彈發射器等，靈族海盜很喜歡使用這種單兵載具，因為它很輕可以直接掛載在吸血鬼運輸機下方進行快速部署，在抵達目標后，它會直接從吸血鬼運輸機上脫落，通過噴氣裝置安穩落地，為其他部隊提供支援。