關于明代疆域政區的管理體制，顧誠曾指出，明代版圖內的政區形式既有各省布政司管轄的府、州、縣，也有各都指揮使司轄屬的具有實土性質的衛所及其他政區形式。
云南則于布政司管轄的府、州、縣之外，不僅有典型的由沿邊衛所構成的金齒軍民指揮使司、瀾滄衛軍民指揮使司和騰沖軍民指揮使司三個隸屬于云南都司的軍管政區單位，還有土司宣慰司、安撫司、長官司等亦屬軍事系統。
周振鶴明確提出“軍管型政區”的概念，指出不少朝代“在邊境和少數民族地區，往往采用軍管或軍事監護形式的特殊政區進行統治管理”。
郭紅等按照周氏理論專門考察了明代都司衛所制度與軍管型政區問題，也論述到云南軍管型政區情況，但仍未太多地超出顧誠對云南軍事系統所屬三個軍民指揮使司的考察范疇。
但是，當我們把這一問題與明代云南邊境的外邊政區體制結合起來研究時，很容易看到明代云南的軍管型政區除了目前學界主要關注到的三個軍民衛指揮使司外。
還因西南邊境軍事征戰和護國捍邊的需要，曾經有更多的地區和都司衛所以外的政區為云南都司統轄，成為帶有軍管性質的政區。
明實錄和明史地理志大量記載了“隸云南都司”的政區情況。
自嘉靖以來，木邦及孟密，擊破緬，殺宣慰莽紀歲，緬訴于朝，官員卻不上報京城置之不理，其子莽瑞體奔逃匿于洞吾母家其頭領養為己子。
莽瑞體年長，乃自力起兵收復其父之舊地，后勢漸強，吞并其附近諸部，因怒明未救其難，并與思機發聯兵犯邊，自稱西南金樓白象王。
到了明神宗萬歷時，緬甸的東吁王朝強盛起來，四處征戰擴張，兼并了今緬甸大部分地區。
萬歷四年1576年，緬甸又大舉進攻孟養。
面對緬軍的入侵，孟養土司思個一面積極準備抵抗，一面向明朝的地方政權告急。
金騰屯田副使羅汝芳得到皚告，要求思個堅守待援，同時準備部署軍事行動。
他用重金招募往來于中緬邊境的商人，派他們深入緬人控制地區，偵察其山川道路、兵馬糧響等情況，又傳檄鄰近的各土司依期增援孟養。在摸清緬軍方面的情況后，即發兵前往增援。
十二月，官軍到達騰越今云南騰沖。思個得知援軍即將趕到，極為振奮，命令手下頭目烏祿刺率一萬多人馬深入緬軍后方，絕其糧道。
他自己則率兵埋伏在戛撒在今緬甸杰沙地勢險隘之處，引誘緬軍深入。緬軍果然進攻戛撒，思個堅壁固守，不與之戰。
緬軍欲進不能，糧道又被截斷，陷入了困境，“饑甚，以攝金易合米，始屠象馬，既剝樹皮，掘草根，軍中疫作，死者山積”。
走投無路的緬軍只得向思個求和，遭到拒絕。思個派出使者，要求援兵迅速趕來，殲滅緬軍。
但是，當時的云南巡撫王凝“防邊將喜事，遂一切以鎮靜待之”。他根本不諳邊情，對于抗擊緬軍入侵采取了消極的態度，害怕“兵興禍速”，于是急忙傳羅汝芳，不準他發兵增援思個。
“汝芳接檄憤恨，投債于地，大罵而罷”，只得撤兵。思個久等而不見援兵來，大為失望，又得知陷于困境的緬軍逃跑，“率兵追之，且追且殺，緬兵大敗，生還者什不一二”。
緬軍這次進犯孟養雖然遭到慘敗，但是，由于明朝的政府軍未能增援思個，全殲入侵的緬軍，“一時士民以為大失機會”。
盡管緬軍不斷入侵，已經控制了云南邊境的許多地區，但是明朝對于云南邊境的軍事形勢卻昏昏然，既沒有支持邊境地區積極抗擊緬軍進犯的土司，也沒有采納有識之士的建議。
這一次只是開始。
從嘉靖到萬歷年間的明緬戰爭，前前后后持續了半個世紀，主要戰場是在當時明朝的“西南極邊之地”。
這場戰爭雖然規模不大，但卻是古代中國同鄰國之間持續時間較長的一場戰爭。
現在西南聯軍慘敗，東吁王朝的他隆王頓時就集結兵力，攻打云南等地。
而劉元昭在圍殲西南聯軍之后，立刻命令大軍南下，迅速平定西南三省。
很快，五萬華夏軍與東吁王朝東拼西湊起來的十萬大軍在昆明附近遇上了。
前鋒一萬人就把東吁王朝三萬人擊潰。
不等緬軍做出決策，華夏軍再度出擊，打的緬軍抱頭鼠竄，十萬大軍直接崩潰。
統帥劉振奮沒有在意緬軍，而是按照劉元昭的命令，收服整個西南三省。
在劉振奮抓捕了大量士紳土司格殺，分發土地給百姓，西南三省很快平定。
劉元昭在得知緬甸一個附屬國敢攻打天朝上國，當然不能忍，立刻讓劉振奮在西南三省征兵，來年進攻緬甸。
只在云南留下兩萬大軍，劉元昭就率領大部分軍隊返回。
此時已經是冬天了，南京城外冰天雪地，盡管有明軍嘗試突破封鎖線，但是盡皆失敗。
現在南京城與外面的聯系全部斷了。
崇禎每天眺望外面，可惜一無所獲。
他知道最多明年春天，外面的華夏軍就會發起進攻了，但是整個南方又如何了呢？
天下人以為他死了，另立一個新的皇帝嗎？
時間過得很快，答案很快就揭曉了。
就在春耕結束后，劉元昭親自統帥十五萬大軍圍攻南京城。
盡管里面的官員勛貴以及士紳拼死抵抗，大把的出錢振奮士氣。
但是面對強悍的華夏軍，特別是，劉元昭出動了禁軍攻城。
在簡易導彈的轟炸下，南京城破，崇禎絕望之下，斬殺了后宮妃子公主，將三個兒子隱藏起來，隨后自殺了。
劉元昭沒有過多的折辱崇禎的尸體，而是給了他一個體面的葬禮。
這是崇禎十七年的事情。
大明的統治在中華大地上結束了。