大變革時代對于民眾們來說是影響極大的，尤其是稅收制度和戶籍制度是立竿見影就能讓他們受到影響的。
這將直接影響到國家的穩定。
所以對這兩方面的改革，蕭如薰不敢懈怠，降低賦稅的同時也免除了一批不該存在的苛捐雜稅，比如火耗銀之類的。
同時嚴格限制稅吏們巧立名目收取多余的稅收，著地方檢察人員協同收稅，中央調查司設立在目前已控制地區的分部全程監管，一旦發現有不法收稅的稅吏，立刻逮捕。
這是讓廣大百姓受益的稅法改革。
而另外一個改革也是關乎全體百姓的，那就是廢除元明以來的“軍匠民”的戶籍劃分制度，廢除軍戶、匠戶、醫戶、站戶、鹽戶、樂戶、疍戶等等戶籍的劃分，全部授予民戶身份。
賤民制度在古代中國長期存在，蒙元以前主要是說那些娼妓優伶之類的，到了蒙元，戶籍制度前所未有的倒退，居然將全國民眾劃分為很多戶種，每一戶種世襲罔替只能做同樣的事情，脫離戶種甚至需要皇帝特批。
明朝繼承這樣的制度，在此之上還產生了一些產物，比如衛所制就是以軍戶作為基礎的，這種及其反人類而且嚴重限制社會發展的戶籍制度十分可笑，蕭如薰一早就開始計劃著廢除。
而現在更好，因為廢除掉這些戶籍制度等于施恩于民，前人栽樹后人乘涼的道理蕭如薰是明白了。
廢除這些戶籍制度，統一納入民戶，統一管理，將戶種改編為職業允許不同職業之間的流轉，允許流動，這個政令一經發布就引起了東南三省數地強烈的反響。
因為這里有一大批賤戶，包括和朱元璋對抗的張士誠部的后裔，還有和朱棣對抗的建文帝余部的后裔，他們都是地位最低的賤戶墮民，為人所看不起，但是蕭如薰的命令一下，他們也得到了解放，并且還得到了授田。
他們從賤民搖身一變成為了納稅戶口，得到了公平的待遇，對于他們而言，簡直和重生一樣。
對于其他戶口的解放朝廷不敢提出什么疑問，但是對于軍戶的解放，則讓朝臣們感到恐慌，他們不知道蕭如薰這樣做是為了什么，解放了軍戶，誰來當兵呢？
于是蕭如薰順勢推出了自己新的兵役計劃，采用全新的兵役制度取代軍戶制度，將世代為兵這種事情給終結掉。
這種增加對地方掌控、增加納稅人口提高社會生產力和百姓忠誠度的改革，也只有小政府心有余而力不足。
也就在此時，大清洗愈演愈烈的同時，在朝堂阻力空前衰弱的時刻，蕭如薰開始對六部動手，首當其中的是戶部，蕭如薰下令將戶部一分為二，分為財政部和民政部，分割職能。
財政部專管稅收和財政，民政部專管戶籍和民政，葉向高成為財政部尚書，而民政部尚書職位暫時空缺，交給幾個侍郎代為管理，誰也不知道蕭如薰屬意的民政部尚書是誰。
但是這些改革牽一發而動全身是一定的，蕭如薰既然提出了兵役改革，顯然是要對很多部門一起動手，和兵役息息相關的就是戶籍，戶部肯定要被動手，葉向高一點都不疑惑。
不過葉向高原本以為自己會被分管到民政部，結果卻成為了財政部尚書，這讓他多少有些疑惑。
此外，蕭如薰設立了新的部門參謀部，將原兵部尚書劉黃裳調職為參謀部尚書，兵部的軍事職能被參謀部繼承，兵部剩下的職能就和后勤部門一樣了，主管軍事后勤及運輸，即原先的武庫司部分職能，和軍事指揮再也沒有任何關系。
除此之外，武庫司的武器研發職能也被蕭如薰分割出去，單獨成立軍工部，軍工部尚書則由徐光啟出任，專門負責武器研發和革新。
工部還是一如既往負責天下工程，沒有改變，還增添了革新民間用具的職能，工部尚書還是楊一魁，成為此次政治風暴中唯一沒有變動的部堂級大佬。
超級肥碩部門兵部武選司和吏部文選司及考功司被一起分割出來，聯合在一起成為一個新的直屬皇帝的中央組織部，武將官員的任免升遷也都歸這個部門管轄，吏部只剩下管理官員名單卷宗和按照組織部的任命下發官員證明的職能。
這個部門不受任何其他部門的約束，只聽皇帝的命令，而這個部門的尚書人選居然是皇帝的長兄，楚王蕭如蘭。
這下子明眼人都看出來了，楚王根本不會成為實權尚書，這個部門的實際首腦就是皇帝蕭如薰自己，底下幾個侍郎什么的倒是實權，但是也全是蕭如薰的心腹。
看來蕭如薰為了防止中央組織部成為一個權力過大的部門以至于妨礙到了皇帝的權力，而使用了不可能掌握實權的皇族來出任傀儡尚書，實際上的權力掌握在皇帝手里。
要是猜測的沒錯，以后這個部門的傀儡尚書人選也都是皇族擔任，但是實際上卻掌握在皇帝手中。
財權人事權兵權都被皇帝一把抓，朝廷盡在掌控之中，群臣徹底成為皇帝的工具，不復有對抗皇帝的能力。
在此背景之下，中央調查司向皇帝通報了趙世卿案的調查結果。
這是一起由成國公朱應槐牽頭，聯合數家前明勛貴以及部分前明朝堂官員的政治案件，起因是他們對趙世卿得到皇帝的寵幸感到不滿，對趙世卿十分嫉妒，繼而發展為了對皇帝不給他們實權的不滿。
由此案件上升到了政治的地步，朱應槐決定殺死趙世卿給皇帝敲響警鐘，讓皇帝搞清楚現狀，甚至聯合了一批前明軍官，準備一旦皇帝不妥協就動手，再次發動政變，殺死皇帝，迎奉前明皇長子朱常洛復辟。
案件終于“水落石出”，“真相大白”。
皇帝蕭如薰得知這件事情的真相之后，“龍顏大怒”，極其憤怒的要求將一應參與到此事當中的勛貴官員處死，家中男丁一起處死，女性沒入教坊司，家產全部抄沒入國庫。
對于一些之前沒有交代但是現在交代的一切基層參與者，比如原明軍當中的軍官，一并予以處理，斬草除根。
對于及時反正協助調查的顧大理和蔡國珍予以寬大處理，即本人處死，但家人可以活，廢除爵位和官身，貶為庶人，準許留在京城居住，但是不能居住在原住址。
對于慘死的趙世卿予以撫慰，增謚號文忠，加太子太傅銜，趙世卿之子得到朝廷加恩，授予官職和賞賜，其夫人贈予一品誥命，享受國家榮養。
趙家人對皇帝的撫慰感激涕零。
自此，第一次大清洗行動獲得階段性勝利。