土司們沒想到太平軍沒有忙于應對即將來攻的大清兵，而是來挖他們墻根了。
新的榜文貼出來了，在這新的榜文上，太平軍列數不肯歸附土司罪狀，說他們不事生產，專以奴役族人作威享福，動輒殺人害命，實為一群土匪、禍國殃民之輩。太平軍視各地百姓，不論土漢皆為大明子民，實不忍見大明子民被土司欺壓，因此號召土人下山就近投附太平軍控制城鎮。
太平軍將確保來附土人生命及財產安全，若有怨苦之事，太平軍將為其做主，對罪大惡極土司將重兵進剿。凡來附土人一律造冊授戶，給予新漢人待遇，官府為其提供田產、房屋，三年免納錢糧賦稅，青壯三丁抽一投軍，享太平軍輔兵待遇。
另太平軍保證來附土人子弟和漢人子弟一樣有書讀，有學上，有工做，絕不容漢人大戶欺壓仇視土人。總之，來附土人，官府秉公處事，一視同仁。對語言不通者，官府遣通事專門予以溝通，撥專款建學校，請儒生授課。課業優秀子弟，或得錢，或得糧。
又告知各土人，凡提供土司藏身處，寨子據點者，可給予厚賞。若有擒殺土司及土兵者，按級賞銀。對漢人家有土匪或投身清軍者，則鼓勵家人勸返，只要放下武器回歸，同樣給予田地。若殺官來返，則給厚賞。對匪首，自動來歸者，視情擇一而定，或為良民，給予性命安全保證；或視其部兵丁，給予官職任用。
對被土司抓去漢人，有線索者太平軍立即派兵進剿救人。潛逃回歸者，則予以妥善安排，并發兵進剿該部土司。
十月底，周士相在常德會見夔東兵特使商議太平軍和夔東兵聯合經營兩湖，防堵云貴清軍事項時，特意于百忙之中制定了湘西靖寇策。
此策，將不肯歸附土司及土人一律視為土匪，與清軍綠營殘兵、山林土匪同等論。此策，一改從前明朝政策，不再承認宣慰司和宣撫司這兩個特定官府機構，換言之，太平軍不再承認從前大明給予土司的一切官面待遇。只要對方不肯率族人來歸，便統一視為十惡不赦的土匪，一律加以剿滅。在最終掃平這些由土司和清軍散兵、土匪結合的反明軍力量后，周士相意在湘西推行改土歸流，重新規劃行政區域，日后在其他地方推行。同時由軍帥府行文各處官府，日后不再稱土人（各少族），對來投者稱新漢民，數年之后不再以新舊區別，統一視為漢人。未投者稱匪，不再以土官相稱。
周士相又命各官府務將靖寇當作當前官府的首要任務，要組織民眾支援配合太平軍在各地平寇。同時要加以統計轄境可耕種土地田畝數，對占地過多地主大戶要予以“奪田”或換田，對無主田地更要明冊，以確保來投土人有地安置，有屋居住。
因暫時無法在兩湖境內進行推鄉建村建設，周士相只能以強力威迫降官進行最大程度動員，對于不合作的漢人士紳亦應強力鎮壓。讓周士相始料未及的是，他原以為這些強力政策會被降官們刻意淡化，又或拖后腿，不曾想，降官們竟然表現出了前所未有的動力，提前完成了軍帥府下發的各項指命。
事后，周士相了解到，降官們之所以如此賣力替太平軍干活，一方面是剛剛歸降反正，需要表現出一定的忠誠；另一方面則是能夠從中大發其財。
滅門縣令、破家知府。
在太平軍的強力撐腰下，所占區出現大規模的地主士紳破產逃亡潮。而他們的田產和財貨有不少流到了降官之手。
任何一項政策都有利有弊，上位者決定的只是利多還是弊多。太平軍在目前及將來很長一段時間內，首要敵人仍是滿清朝廷及其無數走狗爪牙，反貪污并不是當務之急，只要這些降官所做所為能夠滿足軍事需求，周士相就對此睜一只眼閉一只眼。當然，他也命拿了幾個激起民憤之輩的人頭以泄百姓怒火，其余仍就命其任事。
與對降官寬容不同，周士相嚴禁軍隊參與地方事務，對有軍官和降官勾結之事，發現一起處決一起。雷厲風行，絕不容任何人循私枉法，也不容任何人為之求情，哪怕之前戰功赫赫，但觸此雷線，定斬不饒。
各鎮安軍使的職責和權力進一步被放大，周士相計劃稍后將成立類似憲兵部隊的軍紀執法隊伍，以確保太平軍從上至下不會腐化，不會墮落。
同時，周士相急令廣東宋襄公，命其整肅廣東吏治。同時加快太平軍的軍政人員培養，以便局面稍定之后能夠立時有忠于太平軍的新式政務人才接手新占領區的民務事。而之前所用降官，無才無德者則盡數去實職，委虛職。有才無德者視情用之，有才有德者則重用。
鑒于湘西多山多水，土匪又素來刁頑狡詐，對地形熟悉，一遇到太平軍強大打擊就化整為零，鉆山進洞，分散逃逸。湘西漢民、土人久受土匪欺壓，一些漢民、土人心存余悸，怕土匪事后清算，不敢相助太平軍，使得湘西剿匪戰果一時難以迅速擴大。
周士相特令從第二鎮抽一旅、第九鎮抽兩旅，第六鎮抽一旅，又清軍降兵編兩旅，新附由土官武裝改編新漢兵一萬兩千人合編太平軍湘西剿匪軍，共計六鎮4萬人左右。
剿匪軍成立之后，周士相又成立湘西剿匪指揮衙門，以軍部官趙四海為剿匪經略官，以第二鎮副將、蒙古人蘇日勒為副經略。剿匪衙門統一指揮六鎮剿匪軍，偏沅巡撫郭廓宇負責剿匪軍后勤供給、土人來附安置事。
根據周士相的意見，趙四海趕到駐地設于保靖南謂州的剿匪衙門后，及時總結各部先期剿匪經驗，結合大帥所擬剿匪策略，把大庸、永順、盧溪、鳳凰、辰溪等16個州縣劃為中心區，龍山、桑植等八縣劃為邊緣區，先集中力量進剿中心區土匪。
剿匪衙門同時廣泛組織漢土民夫青壯8萬余人，為部隊帶路、送信、送糧，配合搜山。在軍事進剿的同時，展開政治攻勢，向匪兵家屬解釋太平軍政策，動員他們勸親人下山交出武器自首，主動報告匪情。在此過程中，個別地區出現極端事例，拿匪兵家人要挾，若不來歸，則殺家人，致使數百匪兵家人無辜被殺。
政治攻勢最重要的一點是對來附土兵，即新漢人的團結和重用，其中曾于明朝有功的土兵得到了太平軍的重視，為其提供錢糧、衣甲兵器進剿。
上到土官土司階層分化，下到土人奴隸的分化，制定分區責任制，在太平軍的軍事和政治雙重打擊之下，很快，中心區進剿奏效。
10月至12月，太平軍攻克永順五連洞，生擒匪首土司麻海；在保靖野竹坪消滅清南謂都司羅國龍所率土匪三千余；圍殲盤踞芷江東北角的土司彭大麻子匪部四千余；合殲沅陵鳳鳴山一帶2000多名土匪，擒獲匪首龍嶺。除這些大匪外，又殲小匪十數部，斬級數千。至十二月底，太平軍共計斬殺土匪兩萬四千余人，解救漢人男丁六千余。婦人兩萬余。強制遷移土人三萬七千余，殺土人四萬余，主動來附土人七萬有余。
剿匪衙門統計，自湘西靖寇以來，共焚毀土寨125處，房屋數以萬間計。斬土官36人，綠營將領9人，潛逃清官25人。至十二月底，剿匪過程中，太平軍陣亡3900余人，新漢兵5000余。另有千戶以下將領18人陣亡，土官4人。
軍帥府及各鎮將領對于大帥調撥如此多的兵馬用于剿滅土司武裝頗是不解，若將六鎮兵用于貴州或湖南、湖北其余地方，短時間內定能繼續擴大戰果，甚至有望奪取兩湖地盤。(