但島津洋子卻認為，曾伯函并非是刺馬案的幕后主使，他在刺馬案發生前應該并不知情，而在刺馬案發生后的種種不合理的行為，其實是在為善后工作的開展做著掩護。
刺馬案的真正幕后主使，是曾伯函的弟弟曾伯恒！
曾伯函行事一向穩重老成，從未做過如此狠辣之事，刺馬案不是他的風格，而案發后他的一系列善后之舉，才是符合他行事風格的作法。
而曾伯恒行事一向魯莽蠻狠，刺馬案中刺客張文祥下手的地方，居然就是兩江總督的閱兵場，而且他如入無人之境般走向兩江總督，沒有人攔一下，沒有人問一下，就讓刺客下手了。
這一手，并非博弈，而是挑戰，光天化日下，就在閱兵場上，刺客一出手，便將總督殺了，不是用槍，而是用匕首，并非躲在人群里遠距離射擊，而是向總督沖過去，貼身行刺。這簡直就是“萬馬軍中取上將首級”如探囊取物！那么多的士兵，都是干什么吃的？竟然讓這么一個刺客，那么輕易的就奔向他們的總督大人，這還叫兵營？除非是放行，把刺客放到總督大人的身邊去，此外，怎么可能！更為令人難堪的是，刺客并不急于逃走，他好像不是來行刺，而是來行刑，他把閱兵場當做他的刑場，向那些來抓他的士兵，宣布他們總督的罪行，還是一條條陳述。
馬新貽一死，如同當胸一拳，打在朝廷胸口上，挨了這一拳，朝廷可謂顏面掃地。須知馬新貽入主兩江，為敬親王舉薦，仁曦太后恩準的，俗話說“打狗也要看主人”，可殺了狗給主人看，這便不是曾伯函的行事風格，而是曾伯恒的行事風格了。
在明確了案情和時代背景之后，島津洋子便悄悄的開始了調查和取證。
島津洋子的調查先從鄭敦謹和其助手顏士璋開始。
鄭敦謹素有“青天”名聲，是個依法辦事的人，在他手里，就辦過湘軍將領，他一到江寧，就提審犯人張文祥，曾伯函在一旁聽審，一言不發，連審了十幾天，但審出了什么，卻沒有人知道。
據當時的傳聞，刺客張文祥在監獄里，只是被審訊，沒有人敢對他用刑，曾伯函的理由是，張文祥是朝廷要犯，怕有人以用刑為由，殺人滅口。沒有大刑侍候的審訊，能審出什么來？只能任犯人胡說八道。據說有一天，張文祥突然承認，他刺殺馬新貽，除了復仇，還兼有為國除奸的使命，因為“馬賊通回”。他這么一說，就再也沒人敢向他問個究竟。因為平定圣平天國之后，是平綹剿回，跟著就是左季皋的西征大戲，西征使“通回”在政治上是個極為敏感的詞。馬新貽是回人，難免與回人有往來，將案情引向西征，這案子還怎么審？須知左季皋西征，帶的可是湘淮軍，打仗在西北，而錢糧方面卻要靠東南支撐。這樣一來，案情越扯越亂，鄭敦謹大怒，欲要下令對張文祥用刑，卻不料曾伯函開口說了一句：看來只好仍照原審奏結。這時鄭敦謹才明白自己可能只是擺設，朝廷讓他高調出馬，是要借他的名聲來結案。于是，鄭、曾聯銜上奏依原審結案，曾還附了一個夾片，陳明“實無主使別情”，然后，將張文祥凌遲，摘心獻祭，給馬新貽辦了祭禮。
鄭敦謹自結案以后便杜門不出，對于曾伯函的所有邀請一概辭謝，曾伯函送他程儀，也分文不收。圣旨還未下達，罪犯還沒正法，他便離開了江寧。曾伯函為他送行，他頭也不回，揚帆而去。之后鄭敦謹并未回京交旨，船到淮河邊就停了下來，打發兩名助手顏士璋和伊勒通阿代他回京交旨，他本人聲稱有病，不能回京。欽差大臣不回京交旨，按朝制是要治罪的。曾伯函覺得有點對不住他，從中斡旋，方才掩飾過去。但鄭敦謹并不領情，而是請求開缺，終生不再為官。顏士璋和伊勒通阿回京復旨之后，很快便在官場消失。但顏士璋留下了一本《南行日記》，記述了審案一事，在書中隱晦的指出刺馬案與湘軍有關，背后有大人物主使。
按照島津洋子的要求，忍者們的調查取證主要圍繞兩方面進行：一方面圍繞刺客張文祥的社會關系及案發當日現場目擊人員如督標中軍副將俞吉三、巡捕葉化龍、唐得金、家丁張榮、差弁方秉仁、劉云清、朱信忠、告狀喊冤人王咸鎮等人以及當日校場官兵展開；另一方面則從當時的會審官員顏士璋、伊勒通阿、孫衣言等人展開。為了保密起見，島津洋子沒有使用林逸青的銀牌拓令，而是密令忍者們如有必要，可將調查對象綁架刑訊，以求得有用的線索。
[多說幾句：我國古代有嚴刑峻法這種傳統。很多人把我國古代法系，認為是一個沒人權、沒法制的黑暗法系，整個就是一團糟。
我國古代確實是嚴刑峻法，但是有學者也提出了一個觀點，就是說，一個國家法律的嚴峻程度，應該跟什么相關呢？應該跟破案率相關。如果說破案的技術很高明，破案率很高，那么，刑法就應該輕一點。只要你犯罪了，你都能被抓住，刑法就輕一點，量刑適當。如果說破案的技術非常低，被抓住的概率也很低。那么這個時候，就應該嚴刑峻法——不一定抓住你，但是抓住你，你就會死得很慘。這樣才能起到對社會犯罪的威懾作用。
我國古代的嚴刑峻法很大程度上是因為破案技術很落后，沒有指紋技術沒有dna檢驗，主要就是依賴口供；沒有全國身份信息聯網，抓捕逃犯也非常困難。所以必須允許一定的刑訊逼供，必須要嚴刑峻法，才能有效地震懾和打擊犯罪，維護社會穩定。從這個角度來看，我國古代的法治體系的積極意義和合理性是很大的。跟同時期的西方法制體系比起來，我國要先進發達得多。
但是今天這樣說，為古代的嚴刑峻法辯護，是不是說，應該恢復古代的那種嚴刑峻法呢？用凌遲、砍頭、五馬分尸來震懾犯罪？當然不是。因為時代變了，今天的刑事破案技術，刑事破案率已經大幅度提高了。這種情況下，就應該強調程序的正義性，強調罪刑相適應，這樣也能夠維護社會穩定，這是沒有問題的。
但是，實事求是地承認我國古代嚴刑峻法的合理性，能夠得出什么有益的啟示呢？就是可以抵御西方那些極端的輕刑思想。從基礎的理論層面來證明，應該對那些給國家社會造成嚴重危害的人處以嚴厲的懲罰，以保護那些遵紀守法的人，保護這個社會的正常秩序。
西方刑罰思想片面地強調輕刑、片面地強調程序、片面地強調保護罪犯的權利，應該堅決反對抵制。像挪威那種，拿著機槍打死八十幾個人的犯罪分子，只判了十幾年，還可以住在五星級酒店一樣的監獄里面，享受非常爽的生活。這種事情，就是不應該出現的。誰要是認為西方就是比我國先進，我國的法律思想就是落后，他們把殺死八十個人的罪犯當大爺養著就是先進的，恕難同意這種觀點。通過正確的反思我國歷史，可以理直氣壯地抵制這些錯誤的做法和思想，更好地維護社會穩定，保障遵紀守法的普通人民的權利。作者注。]
除此之外，因為張文祥有海盜和幫會的背景，島津洋子還把朱雪雁和黃崢嶸也拉進了調查隊伍當中，以便借助她們手下人馬的力量進行深入的調查取證。而李思竹為了幫助島津洋子，也帶著李向天等人從天國余部方面入手調查。
一張大網就這樣悄無聲息的張開了。
忍者們自從跟隨林逸青來到乾國后，有如水銀瀉地，很快的便融入了乾國社會當中，并很好的吸收了乾國同行的技術手段，因而盡管是調查這樣的陳年舊案，效率仍然很高，很快便取得了突破性的進展。
調查顏士璋的忍者偽裝成儒學高士同賦閑在家的顏士璋接觸，二人很快成為要好的朋友，之后某次閑談，忍者裝作無意中談起當年馬新貽遇刺一案，表現得甚為不平，顏士璋大起知遇之感，痛哭流涕之下，先是破口大罵曾伯恒，然后便將他所知道的一切全盤說出。
原來顏士璋在刑部多年，審案態度一向虔誠持重，曾平反昭雪數百件疑案冤獄，凡定罪者，務求證據確鑿，經過調查商榷核實后方才作結，有豐富的辦案審訊經驗，是以在隨鄭敦謹來到江寧后，
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