雖然徹底占據了山鹿郡以及菊池郡，但是政良卻沒有立即率軍離去。而是先讓騎兵番隊先行返回筑后，而他則是帶領著大軍暫時留在了菊池郡。
留在菊池郡，主要是先行將肥后的事情安排妥當。
首先是對防務的安排。圓城寺信、公文重忠、黑木實連、羅氏政宗所統領的第六常備足輕番隊，駐點從肥后玉名郡的筒獄城更改為肥后菊池郡的偎府城、湯町城。原肥后玉名郡的筒獄城則改為第一番常備騎馬隊的分駐地之一。
此外，為了避免被謀叛者利用棄置的城砦據守，肥后的猿返城、神尾城、城村城、田中城、南関城將會被拆除。
與此同時，隨著肥后山鹿郡以及菊池郡成為羅氏家的領地，筑后中南部也徹底成為了羅氏家的后方，所以木下昌直、上田真次、島原純茂所統領的第四常備足輕番隊駐地改為新修筑的筑后國高良山下的高良城。而筑后中南部的貓尾城、山下城、田尻城、長延城也將與筑后生津館、蒲池城一樣，將會被同時拆除。
防務安排好后，接下來就是處置山鹿郡以及菊池郡當地的小豪族、小地頭甚至原住民的問題了。對于當地的小豪族、小地頭，由于家中此時正面臨內部謀叛，所以不適宜在這個時候將他們強行轉封從而激化與他們的矛盾，所以政良決定暫時采取妥協政策，暫時保持現狀，待家中內亂平定后再行處置這些小豪族。
至于那些原住民，主要是采取胡蘿卜加大棒式的分化政策，通過當初被人販子販賣到羅氏家肥前、筑后的原住民來勸說這些當地的原住民，為他們提供更好的田地，將他們逐步吸引出山區。同時有意識地將他們分流，避免他們從山區出來后又再一次形成部族從而威脅領地的安全。至于仍然頑抗者，則暫時以安撫為主。事后待羅氏家騰出手來后，再采取血腥的滅族政策，所有反抗者，男子一概就地砍殺，女子貶為奴隸分配給將士家臣。
最后，政良還獨自與此次留守在肥后，負責統籌肥后所有事務的赤羽信之介進行了密談。
政良首先將有關領地內部出現謀叛一事告訴了赤羽信之介。后者得知后也當即大吃一驚。但是很快就鎮定了下來。既然政良在這個時候才告訴他，顯然是已經做好了應對安排的了，現在他要做的，就是幫政良守護好新得到的肥后領地就可以了。
由于春耕已經開始，政良要求赤羽信之介必須全力配合內政閣派駐過來的農事奉行做好此次春耕工作，同時還要協助內政閣在春耕之余大力開展行軍大道修筑（尤其是筑后到肥后的行軍大道的修筑）、田地開墾、修繕水利等的有償徭役。總之一切都是為了讓肥后的領民們體會到羅氏家法度的好處。同時也要忙起來，讓一些有心之人無法煽動起領民來，確保肥后新占據領地的安定。
此外，一部分從各地投靠羅氏家的流民以及附近鄰居投靠羅氏家的領民，今后也將陸續安置到肥后來，除了增加當地人口外，還有著趁機改變當地人口分布以及減弱當地豪族以及地頭的控制力的目的。這樣。不久后當羅氏家強行轉封這些人后，他們就會失去更多的支持者。
對于新占據的肥后領地的守護問題，政良要求赤羽信之介密切留意當地的小豪族以及小地頭的舉動之外，還需要密切留意周邊肥后豪族以及豐后大友家的舉動，防止他們反撲。
就這樣，在肥后連續滯留了三日，在一切都安排好后，政良才正式啟程開始返回肥前。此次護送他回去后。只有一百個披風眾，三百多人的武士番隊（一部分武士在肥后攻略中由于受傷，所以只能暫時留在肥后養傷，待傷愈后才能返回武士番隊），以及一百人的常備鐵炮番隊。其余的番隊則是提前兩日在各自的將領帶領下提前開始向各自的駐地返回了。
當然，這一次他們的行軍路線有點特別。他們并沒有走最為快捷的路線，而是按照政良以及山本勘助商議好的路線行進的。而這些路線恰巧經過一些已經基本被確定有參與謀叛的豪族的領地。
同時在開始返回肥前之時。政良還讓內政閣趁著這段春耕時間故意在領地內發起一次大規模的春耕、修筑道路、修繕水利以及開墾田地的徭役。更加是有意識地讓各地的領民跨區域開展徭役，將領民拆散，防止謀叛者煽動領民。
當然，所有的這些都是不動聲色地進行的。反正幾乎每年這個時候羅氏家領地內都會發布這樣的徭役的了，今年的規模只是更大罷了。政良對外給出的理由則是領地的儲備糧食出現了不足，此舉是為里增加今年秋收的收成。反正有償徭役已經是羅氏家特有的法度，不少的領民早已經習慣，所以也沒有任何人的懷疑。
天文十四年四月十五日，歷經十數日的行軍，政良的大軍終于回到了肥前國的本城岸岳城。
剛剛抵達岸岳城還沒來得及跟他的妻妾們相聚，政良就接到了一個噩耗。從城下町的大西國治家中傳來大西國治病危的消息。
突然聞聽這個噩耗，政良不由得一陣唏噓，這令他不由自主地想起了當初在羅氏家剛剛起步之時，跟隨在他身邊的幾個家臣。
津田廣宗、平佐太郎是在與波多家的岸岳城一役中戰死的，剩下的忠次郎現在已經退居到幕后成為了領地中的一個普通農具鐵匠，幸助雖然能力一般，但是由于是政良的岳父，所以也在情報閣里擔任了一個職位，平時兩人也難得見上一面。到了現在，實際上也只有東鄉平次與大西國治兩人還時常在政良身邊了。
“國主大人，本家主公懇求在臨死前能夠見上國主大人一面。”前來報信的大西國治家臣請求道。(名書院（qidian.）您的支持，就是我最大的動力。請到m.qidian.閱讀。)