2219年9月28日，煥然一新的種源號再次出發。
戰艦通過傳送門離開基地星，通過位于藍光星的傳送門中轉，直接趕到云州星。
亞特蘭蒂斯行星的位置距離太陽系的直線距離是八百多光年，但是從云州星出發的話，能夠抹除五百光年的距離，將航行距離縮短到不足三百光年。
為了掩護種源號的行動，軍方安排了一艘滿載物資的運輸艦通過星門趕到云州星，提前接到通知的傳送艦艦長馬上安排人手優先補給種源號，等種源號接收了晶體引擎和傳送晶體之后，傳送艦的艦長和所有知情人員立即被勒令進入運輸艦隔離起來，隨同運輸艦抵達的另一個傳送艦船員組接管了云州星的傳送艦。
新的船員組所有成員都是由總參二部的情報人員臨時客串。
運輸艦不緊不慢地卸掉了艦上的所有物資之后，馬不停蹄地趕回藍光星。
在種源號的任務成功或者失敗之前，秘密隔離的傳送艦船員組將一直處于隔離狀態，不得與任何人聯系。
由于這次的任務是高度機密，直到出發的時候，種源號上的艦橋組成員們仍然不知道任務的具體內容，直到種源號脫離在未驚動云州艦隊的情況下悄悄離開云州星系，葉飛仍然沒有透露半點口風，只在星圖上給蔣雪標記了大致的飛行方向。
雖然葉飛什么也沒說，但是所有人都知道這個方向飛往亞特蘭蒂斯人的腹地。任務的詳細內容大伙猜不到，但可以肯定與亞特蘭蒂斯人有關。
因為人手的減少，已經分不出人來專門充當大廚，因此艦上沒有攜帶新鮮蔬菜和肉類，冷庫里全是只要在微波爐里熱一熱就能食用的太空食品。
種源號離開云州星三天之后，剪刀終于忍不住了，問起這一次的任務內容。
葉飛也覺得時機差不多了，于是告訴大家，種源號此次的任務是充當主力部隊的尖兵，偷襲亞特蘭蒂斯人的首都星。并簡單地解釋了亞特蘭蒂斯行星的防御情況。
大家聽罷。艦橋里一下子沉默下來。
共和國的軍事科技雖然要比一招鮮的亞特蘭蒂斯人強些，但是這一點點優勢并不能抹平數量上的巨大差距，六個亞特蘭蒂斯艦隊，一萬兩千艘戰艦。雙方的實力對比簡直令人絕望。
大家終于理解葉飛為什么會在出發前將黑熊等人排除在任務名單之外。也明白了葉飛為什么要求兩對夫妻留下生殖細胞——艦橋里的夫妻檔原本只有剪刀和蔣雪。但是前幾天葉飛說得太嚴重，原本只是男女朋友的阮鵬和夏卓煙不想留下遺憾，趕在出發前辦理了登記手續。雖然沒來得及操辦婚禮，但是在法律上，他們已經是一對合法的夫妻了。
葉飛不希望大家的情緒因為任務而陷入低潮，可是他根本不知道該如何勸解，好在距離抵達任務區還有差不多一個星期的時間，大家都是久經戰場的老兵了，葉飛相信大家能在這段時間里慢慢調整好各自的心情。
2219年10月10日，種源號悄然抵達亞特蘭蒂斯星系的外圍。
種源號脫離超光速之后，立即開啟偽裝系統，以常規飛行方式飛走，以免亞特蘭蒂斯人在發現空間波動之后追上來。
飛遠的種源號偵察設備全部滿功率運轉，這個星系方方面面的情報迅速匯集到種源號之上，遠比徐世杰了解的那一點點要詳細得多。
徐世杰給他看的星圖只是根據情報制作出來的，與實際情況有著巨大的差異，所以葉飛必須首先偵察這里的詳細情況，才能決定下一步的行動方案。
“頭兒，你最好看看這個。”夏卓煙將大屏幕上的角落連續放大了幾次，一顆閃耀著萬丈光芒的恒星進入眾人的視線。
葉飛登時一愣：“怎么回事？這是一個雙星系統？”屏幕上的恒星附近沒有任何人造天體，這一點與徐世杰的描述不符，而且夏卓煙放大這顆恒星時的角度根本就不在亞特蘭蒂斯星系的中心，親眼看過數百個星系的葉飛立即想到了正確答案。
“我想應該不是。”夏卓煙有些尷尬地說，“這顆恒星的質量大概是太陽的八倍半，與亞特蘭蒂斯臨行的直線距離超過一光年，而且相對速度極快，兩顆恒星之間的引力雖然有一些相互作用，但是不足以形成穩定的雙星系統…它的光度太高了，剛才數據還沒出來，是我想差了。”
葉飛不置可否地點了點頭：“下次注意。”
“是！”夏卓煙虛心地接受批評。
經過這段小插曲，光學系統已經將這個星系的情況摸得差不多了，一副高清晰度的全景圖展現在眾人眼前。
星系中最顯眼的行星自然是第二行星，即使隔著十個光時的距離，也能看到行星表面大片的金色建筑，行星外六座碩大的基地更是清晰無比，每時每刻都有大量的飛船進出第二行星，這些飛船在第二行星上空形成了密集的飛船流，幾進幾出的飛船流整齊有序，匯聚而著的金色飛船流像幾道金色的緞帶一樣圍繞在行星附近，襯托得第二行星憑空增添幾分神秘。
進出的飛船實在是太多了，眾人發現這個星系可以一分為二，一半兒只允許飛船進入，另一半只允許飛船離來，倒是互不干擾秩序井然。
別看內星系十分地繁華繁忙，但是到了第五行星軌道之后就變得十分地冷清，這是因為離開的飛船基本上在抵達第五行星軌道之前就能進入超光速，而進入星系的飛船基本上也在第五行星軌道之內脫離超光速。
不過第五行星之外并不是沒有航天器，種源號的一個鏡頭之內，就能看到三支來回巡視的亞特蘭蒂斯艦隊。
巡視星系外圍的敵艦不僅在星系的黃道平面上巡邏，而是在以第五行星與恒星距離為半徑的整個球面之外巡邏，以每支巡邏艦隊十二艘敵艦計算，光是巡邏的戰艦就不低于一萬艘。