黃金城原是古代人所創造要防制地面的要塞，後來古代人在一次大戰中因各種最終武器的使用，使得整個世界趨於毀滅，而大多數的古代人都死了，少部份則逃到外太空去了！！！
空魔神和悠妮則是這黃金城的兩大指揮官，空魔神負責戰斗方面的事，悠妮則負責行政之事宜。當時古代人開戰時下令黃金城以其最終武器毀滅該地區所有生命體，但稍後似有微弱的訊息通知黃金城終止一切行動并進入睡眠的狀態…
就這樣直到不久前，不明的原因使得他們醒來，空魔神認為是地面上的生命體所為并執意要執行以前未完成的命令－－毀滅該地區所有生命體。而悠妮反對則如此的決策。
悠妮認為戰爭已經過去了…最後將一制成最終武器的一個要件丟到地面上，而自己也跌落到地面上…於是乎遇到了主角，產生了這趟冒險之旅…
游戲一開始就給玩家留下了疑問：機器人蓋亞，一個和機器人一同被沖到海邊的女孩悠妮，究竟從哪里來？究竟能從哪里來？悠妮的真實身份是什么？而男主角羅特帝亞王國的繼承人索爾，立即做出了和大部分玩家同樣的判斷：某國公主。為了送這位“公主”回家，冒險展開了。很快發現悠妮并非公主，這下頭大了，一個普通的失憶女孩？在不斷的挑戰中實力逐漸增強，同伴也越來越多，最后才真相大白——如果沒進隱藏關，仍會留下一些疑惑。玩家們只得千方百計，努力將“天空之鑰”的配件收齊，揭開“黃金城之謎”。
黃金城原是古代人所創造要防制地面的要塞，后來古代人在一次大戰中因各種最終武器的使用，使得整個世界趨於毀滅，而大多數的古代人都死了，少部份則逃到外太空去了！黃金城的出現多和重大的災難有關，從它上面發出的金光和火焰可以毀滅整座城市，被稱作是“神譴”。
事實上，悠妮并不是一個普通的“人”，她和最終Boss空魔神并稱為黃金城堡的“中樞”的兩大指揮官，具有永生的能力。空魔神負責戰斗方面的事，悠妮則負責行政之事宜。當時古代人開戰時下令黃金城以其最終武器毀滅該地區所有生命體，但稍後似有微弱的訊息通知黃金城終止一切行動并進入睡眠的狀態。某日因不明原因而使得他們醒來，發現地表上有了生命的跡象。空魔神執意要按照沉睡前接受的未完成的命令，實行“審判之炎”毀滅該地區所有生命體。悠妮認為戰爭已經過去了，就堅決地反對空魔神的做法。在二人爭奪至關重要的計算機單元晶片時，悠妮從黃金城掉落地面上…于是遇到了主角，產生了這趟冒險之旅…
在游戲過程中歷盡千辛萬苦，收集完五顆魔眼寶石煉出“天空之鑰”后，開啟天空之輪，進入黃金城。再經過一番苦斗，擊敗第一空中堡壘的地面監視和武器使用中樞——ASR－06空魔神之后，身為第一空中堡壘控制和維持中樞的ASR－07的悠妮，在最后割舍了與索爾之間的情愫，激活了黃金城的次元跳躍程序，使反應爐倒轉，讓黃金城飛向了異次元，并以所有的力量，施展足以穿越時空的終極傳送術，將索爾等一行人送返馬拉大陸，而自己與黃金城永遠的漂流于異次元之中。
在飄浮于另一個時空的黃金城里，悠妮在休眠艙里沉睡著…等待著她的是另一段長久的沉眠，連她也不知道自己何時會醒來。但她相信，三千年也好，三萬年也好，她一定會再和那個叫索爾的年輕人在夢中相聚，她相信這樣就足夠了…在亞克斯王國宮廷中盛大的慶祝宴會結束之后，離別的時刻終于來到了，昔日的戰友們自此將互道珍重，各奔前程。在往日的回憶中，在未來的歲月里，或許很難有再相見的機會，但這段冒險的回憶仍會長存在每個人心里…
炎龍騎士團Ⅱ的結局雖然不是生離死別，女主角悠妮的長眠或許比死亡要幸運得多，然而她卻真的該為此感到滿足嗎？永遠不會再度醒來的沉睡，和死亡又有什么區別？拒絕生命的黃金堡壘、沉悶混濁的異次元空間又和冰冷黑暗的地下墳墓有何不同？
炎龍騎士團Ⅱ的高潮戲無疑是放在故事的結尾之處：顧全大局的女主角悠妮，毅然割舍兒女情長，決心自我犧牲，讓深愛她的男主角索爾以及戰友們一時間都肝腸寸斷，當然也包括電腦前屏住呼吸全力聆聽故事對白的我。原本心心相印的戀人，卻因為命運的無情捉弄而最終無法走在一起，短短的幾句離別之語卻道盡了萬千的不舍。那些尚流傳在風中，描繪著美好明天的故事還有誰能夠去向世人講述？象征死亡的黃金城堡正載著心愛之人緩緩隱入虛無，空中只留下她最后縹緲如煙的闊別之聲。“再見了…我會永遠記得你的！”這樣一來，給人心靈的強烈沖擊就體現得淋漓盡致。生死往往只在一線間，悠妮活著，以失去意識與思維為代價換取生命的繼續。然而這樣的活著，真的有意義嗎？
難道這就是“我一定要將你平安送回家”這樣一句簡單而真摯的承諾的最終結果嗎？如果早知這樣，我寧可放棄誓言永遠不要揭開事實的真相，只是自私地把心愛之人留在身邊。忘掉那些人神之爭，忘掉那座死亡的堡壘，這一刻只做一對平凡的戀人。悠妮曾經在太空中陪伴著那座黃金城堡沉睡過三萬年之久，短暫的蘇醒與幸福過后她將再次步入死亡般的長眠。沒有親人、沒有朋友、陪伴在她身邊的始終只有那座被世人譽為“死神”的黃金之城。紅顏薄命。花一樣的年華，花一般的美麗，也如花一樣的脆弱。短短一瞬間的綻放…只要風兒輕輕一吹，花瓣也許就會無情地飛謝吧？
當悠妮無奈與感激，欣慰與釋然的淚水化做黃金城的余輝在蒼穹間刻下永恒的傷感，索爾和玩家心里都是難忘的失落。回憶起這個結局，我就會想起幻想三國志2里的開場白：看著你背影，我已得到幸福！那我呢？沒有你，我又如何能幸福？一年、兩年、三年；十年、百年、千年…即使用永恒的時間來等待，我也想再見你一面…
另外提一下，若玩家沒有達成天空之鑰的條件而無法啟動天空之輪，就沒有進入黃金城的隱藏關。結局變為悠妮孤身一人進了黃金城，這座古代堡壘被永遠封存在另一個時空…黃金城之謎將成為永遠也解不開的謎！