穹源元年七月十四日，潞王朱常淓就任監國。在初掌政權后，除任命了一批官員以外，另派使者陳洪范去同大平軍講和，以割讓江南四郡為條件，還是想茍安一方。
在當年，陳洪范曾雖弘光朝使節團去北京通好，在那時已經暗中投降了大平朝，被派回江南充當內奸。他回到江南以后寫了一篇名為《北使紀略》的文章恬不知恥地宣揚自己效忠于明朝廷，背后卻到處散布大平軍勢大難敵，勸人及早投降，被人稱為“活秦檜”。
這次，陳洪范又作為監國潞王的代表，乘坐懸掛著“奉使平朝”旗幟的船只，去同平方密商賣國事宜了。
可就在朱常淓仍夢想茍且偷安的時候，大平軍卻迅速地向杭州逼進。遲明收取了南直隸十四個府、州后，全軍向浙江進發，直趨杭州駐馬。七月十七日，清兵進抵塘西，潞王身邊的文臣武官們再次發生了大潰逃。
此時，陳洪范同浙江將軍遲明已經商議妥當，回到杭州同張秉貞一道勸朱常淓投降。朱常淓貪生怕死，決定奉表降平。總兵方國安和侄兒方元科原先率領兵馬護送弘光帝到蕪湖，朱由崧被俘以后，他們又來到杭州，所部兵馬還有一萬名左右，準備擁立潞王保衛杭州。沒想到朱常淓已決意降平，在方軍同大平軍戰于湧金門下時，朱常淓竟喪心病狂地以酒食從城上扔下，犒勞大平軍。方元科等極為憤慨，東渡錢塘江，后來參加擁立魯監國的行列。
七月二十日，大平軍不費吹灰之力占領杭州。遲明趁勢派出使者招降浙東各府州和避居這一地區的明藩王。時周王寓蕭山，惠王寓會稽，魯王寓臨海。遲明遣騎修書，以參、貂等物為贄，邀諸王相見。魯王以道稍遠。辭疾不至。周、惠兩王渡江赴召。尋送南京，同弘光帝、潞王俱北去。湖州、嘉興、紹興、寧波、嚴州等府州官也納土歸降大平朝。
穹源元年七月十七日，唐王朱聿鍵見潞王朱常淓已經決定投降，不勝憤慨。在一批文官武將的支持下，離開杭州前往福州籌辦監國。
雖然唐藩朱聿鍵是朱元璋第二十二子的八代孫，在譜系上同崇禎皇帝相距很遠，按常規是輪不到他的。可是因為當時的南明政治中心卻在東南，朱常淓、朱常潤降清以后東南士紳也急于解決繼統問題，不得不就近從疏藩中推選。
朱聿鍵以明朝疏藩即位稱帝，盡管他頗想有一番作為，重建明朝江山，但他既缺乏自己的班底，又沒有足夠的名分。這一先天弱點使他不能不依賴倡先擁立的福建實權人物鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟。即位后就以擁戴功加封鄭芝龍為平虜侯，鄭鴻逵為定虜侯、鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。
而隆武朝廷建立后，頒詔各地，得到了兩廣、贛南、湖南、四川、貴州、云南殘明政權的承認。
此外，魯王朱以海監國浙東；分封于廣西桂林的靖江王朱亨嘉也不甘寂寞。改廣西省會桂林為西京，黃袍加身。殘明事實上變成了兄弟蕭墻狀態了。
而此時在福建的鄭芝龍兄弟，他們即以迎立隆武作為定策勛臣第一，借隆武朝廷的名義鞏固自己在福建等地區惟我獨尊的地位，帶有很大的割據色彩。又派出使節與大平朝勾勾搭搭，做好了隨風而倒的準備。
唐王朱聿鍵原本希望鄭芝龍、鄭鴻逵統兵出福建，建功立業。在他的一再訓令下。鄭芝龍不得不派永勝伯鄭彩帶兵出杉關，援救江西建昌殘明部隊。鄭彩到達杉關之后卻按兵不動，無論監軍給事中張家玉怎樣催促，他一概置之不理。不久聽說大平軍將至，拉起隊伍就跑，三日夜退到浦城。
隨著雙方矛盾的激化。唐王朱聿鍵明白除了離開福建，擺脫鄭芝龍兄弟的控制，不可能有任何作為。于是，他決意親征，目的是第一步把行在移到江西贛州。然后視情況而定，如果江西用兵得手，局勢穩定，可以西連湖南何騰蛟部，東接福建鄭芝龍部，南靠廣東，收就近指揮之效。即便江西作戰不利，還可以西移湖南，南下廣東。
唐王朱聿鍵銳意恢復，鄭芝龍卻擁兵自重，挾制朝廷，無意進取，雙方的矛盾日益激化。首席大學士黃道周不勝憤慨，自告奮勇督兵出福建，聯絡江西，援救徽州、衢州一帶的金聲等部殘明部隊，設法為隆武朝廷打開局面。
穹源元年九月二十八日，黃道周勉強拼湊了三千多名士卒踏上了征途，唐王朱聿鍵派趙士超為兵部職方司主事任軍前監紀。掌握兵馬錢糧大權的鄭芝龍內心竊喜，惟恐其不去，既不撥給精兵，糧餉也只支給一個月的定額。
師出不久，兵餉就接濟不上。黃道周只好利用自己的聲望和書法親筆書寫委任狀，沿途召募一些忠貞之士。黃道周本人，毫無軍事經驗。他所知的兵事，都只是紙上談兵，從來沒有指揮過軍隊。部下兵將也大抵是應募而來，缺乏作戰經驗，憑著一腔熱血奮勇向前。
施瑯當時充當偏裨，隨同道周出征，他憑軍事眼光看出依靠這樣一支隊伍同大平軍作戰必敗無疑。因此，他就向黃道周建議，遣散隊伍，只帶少數經過挑選的人由小路直接進入贛州，以首席大學士督師的名義節制和調遣南贛、湖廣、廣東、廣西等地總督、巡撫、總兵，會師進取。
黃道周為人迂執，不達權變，以為自己有這么一支松松垮垮的軍隊總比沒有好，又把自己的聲望估計過高，認為所到之處必將群起響應；何況在他心目中施郎不過一介卑微末將，哪能有什么奇謀良策。施郎見黃道周不采納自己的意見，不愿陪著他送死，徑自返回福建。
黃道周到達徽州府境之后，朦頭轉向，直到金聲兵敗被俘，他才弄清楚原來自己的軍隊同金聲部殘明軍只隔一座山。他的兵力能不能解救金聲固然是個問題，但至少說明他情報不明，缺乏軍事才能。
金聲部既已覆敗，黃道周帶領的少數軍隊又不是大平軍對手，出兵援徽的目的落了空。他率部從徽州婺源（今屬江西省）轉入江西，穹源二年二月二十三日，大平軍探聽到黃道周在婺源縣境明堂里下營；第二天，被大平軍三路圍攻，黃道周部下士卒陣亡的有一千多人，余眾星散，他本人和文官兵部主事趙士超、通判毛志潔、中書蔡雍、賴繼謹，武官游擊朱家弟等被俘。之后，依《大赦令》，黃道周等人皆被斬首。
黃道周此次的反擊，完全是形同兒戲。不過這也是南明至殘明階段的唯一一次反擊。至此以后，大平軍又開始了一路平推的過程，直至把所有殘明部隊圍至廣西、云南等西南邊陲。
以下簡單介紹一下大平軍的進軍過程：
遲明的東路軍進占浙東府縣后，大學士張國維、督師兵部尚書余煌、禮部尚書陳函輝、大理寺少卿陳潛夫等先后自殺。
督師大學士朱大典據守金華，誓死不降。遲明親率大軍從紹興前往金華，把該城四面包圍。但守城明軍在朱大典指揮下憑城頑抗，直至遲明從杭州調來紅衣大炮，又以絕對優勢的兵力猛攻了二十天，金華才被攻破。
朱大典帶領家屬和親信將校來到城中火藥局，用繩索捆在火藥桶上，點燃引線，轟然一聲，壯烈成仁。
朱大典這位與吳世恭有著交情的前明官員，吳世恭也幾次去信聯絡勸降，但都被他斷然拒絕。而在明末官場上，朱大典也以貪婪著稱，可其最終還是體現了威武不能屈的氣節。而吳世恭得知此一結果后，也只能扼腕感嘆：“可惜！可惜！”
周巡、薛強的西路軍攻克吉安，向贛南推進。之后大敗殘明軍于贛州城下，搶占了這一東連福建、西接湖南，又是廣東的屏障的戰略要地。
不久，遲明的東路軍高歌猛進，不久，鄭芝龍等人歸降大平，唐王朱聿鍵被俘殺，閩、贛、粵相繼失陷，駐守在湖南的何騰蛟也被張彪的中路軍和周巡、薛強的西路軍三面合圍。在潰逃之中，何騰蛟部幾乎全軍覆沒，殘部隨何騰蛟逃至廣西。
四川之南明軍得知南京淪陷后，也相繼獻出了成都、重慶，并大多歸降了全大山至四川軍。四川全境落入到了大平軍手中。
從穹源二年下半年至穹源三年之間，殘明各支部隊、大順軍和大西軍殘部、云南廣西地方明軍等部隊，已經在大平軍水銀瀉地般的攻勢下，不得不暫時聯合了起來，共同抵抗著大平軍的進攻。直到穹源四年末，西南邊陲的這些殘余部隊才被大平軍完全肅清。
當大平朝剛進行統一全國的戰事時，其動用的兵力還不到大平軍總兵力的五分之一。可是當把殘余抵抗部隊包圍在西南邊陲時，南征大平軍的總兵力已達到了一百三十多萬。由此可見，南明的軍心潰散和民心所向。
而在最后，就要看看大平軍集中所有精銳展開的對清作戰了。
大平軍統一全國的過程，基本按照清軍入關過程來演化。每當看到此段歷史，尤其是看到的戰斗力比清軍還強悍的降清原明軍，總是感嘆：清朝得天下，非滿人勇，而是漢奸太多了。