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二號機和明日香的到來，預示著第三新東京市的nerv總部的力量又增添了一份，殲滅使徒的保證又提高了許多。
不過同時，這個傲嬌而又強勢的少女卻也給小受同學帶來了不少麻煩，過上了痛并快樂著的生活。
同時，雙面間諜加持良治從國外給碇源渡帶來了人類補完計劃至關重要的“尼布甲尼撒之鑰”，預示著人類補完計劃即將正式進入下一個階段。然后，這個男人就在總部四處亂逛，粘花拈草，種瓜澆水，一副莊園農民的做派。
零觀在亂逛的時候曾經見過他幾次，這個男人不愧是搞情報的高手，不著痕跡的打聽過他的情報。然而可惜的話，任他怎么查零觀都不怕，除了實力做后盾以外，還因為他根本就不是這個世界的人，累死他也找不到零觀的情報。
過了幾天，第三新東京市的海洋生物保護區對外開放，原本應該邀請小受同學、三無少女、傲嬌少女三位eva駕駛員以及他們兩位同學去參觀的加持良治卻并未作出與原劇情一樣的舉動，零觀感覺奇怪，正好呆在基地里閑著也是閑著，索性就自己邀請五個少年少女去那里轉轉了。
由于特殊的身份，以及相互直接的接觸還算愉快，三個駕駛員都接受了零觀的邀請，在言明可以帶朋友一起去的情況下，笨蛋三人組的另兩位，以及迅速和明日香拉近關系的班長少女，還有葛城美里飼養的溫泉企鵝也都一同來了。
第二次沖擊爆發之后，地球出現了明顯的扭曲現象，最明顯的就是天氣異常，海洋變成了紅色，原本的海洋動植物除了人類及時保護起來的那些。其他的全都滅絕，導致全球氧氣不足，土地荒漠化十分嚴重。
為了維持人類的生活，也為了讓這些種群生存繁衍下去。各國政府人工制造氧氣，甚至花費了巨大的代價修建了保護陸地動物以及飛禽的巨大動物園和保護海洋生物的巨大水族館，同時緬懷以前的美好世界。
以人類現在擁有的科技，是能夠凈化紅色海水中的lcl的，不過花銷實在太大。各國也就只在自己地盤內修建了巨大的海水凈化廠，將紅色海水變為藍色海水，然后用這些海水供給海洋生物生存。
由于天氣的異變，空氣中有著非常多的輻射和有害物質，人類在日常生活中難免身上會有攜帶，為此，在進入水族館之前，所有人都得經過好多道消毒或者監測等處理程序，之后才能見到他們從來沒有見到過的水族館。
零觀當然沒有必要接受這些程序入口處等著他們。
然后。一行人正是進入水族館。
第三新東京市這里的水族館是仿照現實里大阪水族館設定的海洋保護區，規模龐大不說，海水中還生活著各種各樣現代人根本已經見不到的海洋生物。它們雖然不像在海洋里生活那樣自由，但是能活著未嘗不是一件幸福的事。
花花綠綠的魚群在玻璃那一側游動著，來回穿梭，更有各種各樣說不上名字的生物在好奇的看著這邊，一切看起來都是那么的精彩。
如果是一般的學生來到這里，早就和笨蛋三人組中除小受同學以外的兩人以及班長少女一樣接連發出歡天喜地的大叫聲了，只可惜三個eva駕駛員都算不上一般的學生，綾波麗三無。碇真嗣淡然順從，明日香傲嬌外加傲慢，反應明顯不同于正常人，讓盡管有心理準備的零觀仍是郁悶了一把。
此時此刻。他終于理解了那種賣萌兔子的感受了。
問題兒童果然非常難搞！！！
在幾個少年少女觀賞另一邊的海洋生物的時候，綾波卻獨自一人走到一邊，靜靜地看著被小器皿培養著的一群小魚苗，手掌貼在透明的屏壁上。
“綾波”
小受同學走過來，關切的問道：“你怎么了嗎？”
“沒什么。”綾波麗收回手掌，紅色的眸子落到少年身上。眼神中閃過一絲落寞，“只是覺得…它們和我一樣。”
“什么？”小受同學下意識的疑惑道。
綾波麗轉頭看著身前的玻璃樣器皿，以及水中生活著的魚，輕輕說道：“除了這里，根本沒有能夠存活下去的地方了。”
“綾波”
小受同學清楚的感受到了綾波的感情波動，但是一向自閉，只是剛剛有所好轉的他現在可說不出合適的話來，無言的看著少女。
“喂喂喂，這種悲傷的話題可不是你們這種小家伙該討論的。”這時候，恰巧聽到這話的零觀笑著走了過來。
綾波麗淡淡的看著零觀。
零觀淡然笑道：“你以為它們只能生活在這里？錯了，它們可以生活在更廣闊的地方。魚都是如此的話，身為人類的你自然也是一樣。”
“人類…”綾波麗喃喃自語著。
“更廣闊的的地方？”小受同學詫異道，“剛剛工作人員不是說了，地球上的海水已經嚴重污染，海洋生物根本無法生存在大自然中嗎？哪里還有更廣闊的地方？你說的是更大的水族館還是容器？”
“看來你們知道的情報真的很少啊。嗯，看這些被人類圈養的生物的確有些無聊…好吧，作為招待，我到你們去看一些絕不多數人還看不到的美景。一會兒到了地方，可別太多驚訝哦。”
零觀神秘的笑了笑，當即把旁邊的少年少女都喊了過來。
魔術回路迅速被魔力催動，空間轉移魔術打開，零觀的右手做出來開窗簾的姿勢，一道漆黑的門戶立即出現在幾人眼前。
“這…這是…！！！”
不僅是身為普通人的正常少年少女，就連三個駕駛員都露出了震驚的表情，用難以置信的目光看著這道黑色的帷幕。
“這只是一些小手段而已，無需驚訝。那么，我們走吧。”
“走？去哪里？你該不會是別有用心吧。”明日香第一個質疑道。
“說了你們也不會相信，還是眼見為實吧。”說著。零觀輕輕一揮手筆，黑色的帷幕如同野獸的大口一樣張開，一下子將來不及反抗的幾人還有一只溫泉企鵝吞了下來。然后，猛地一縮。和零觀的身影一起消失不見了。
身影再出現時，眾人和溫泉企鵝的身影已經出現在某處海域上面，也不理會幾人的驚訝和抗議，隨手在他們身上施加好自動進行從水里汲取、交換氧氣的魔術結界，然后帶著他們迅速沉入水底。
“喂喂喂。你干什么？要死也別拉上本小姐啊！！！”明日香大聲叫喊道。
“我不會游泳的！”
“救命啊！！！”
“嘎嘎”
除了淡定的綾波麗和碇真嗣以外，其他人和溫泉企鵝全都被嚇了一跳，下意識的閉上眼睛，大聲叫了起來。
“好啦好啦，別叫了，我們已經來到目的地了，睜開眼睛吧。”零觀帶著他們迅速下潛，停下來之后才笑著說道。
“咦？？？”
“怎么沒有感受到進入水里呢？”
“好奇怪！！！”
驚訝的睜開眼睛，幾人頓時看到自己現在已經身處深水之中，但更驚訝的卻是自己不僅沒有被水擠壓。甚至連呼吸都沒有出現問題。
太不可思議了！！！
“這是怎么？”
“奇怪，海水怎么會是藍色的？”
“快看啊，那是什么？”
“什么？那是？”
在幾人驚訝的目光中，有著五顏六色花紋的魚群從遠處游了過來，看到零觀他們這些人的身影，這些魚群不禁不害怕，還反而好奇的游到他們身邊，用自己的身體時不時的去碰觸他們的身體。
“這這是？？？”
男生們驚訝的都快說不出話來了，而女生們則是玩心大起的和魚群玩了起來，就連三無的綾波麗都忍不住好奇的伸出了手。撫摸著一只膽大的沒有躲避她的魚兒，紅色的眸子里閃爍著莫名的光彩。
見狀，零觀輕輕笑道：“如同你們所見，這就是我一直以來努力的成果。大海已經逐漸恢復到了藍色。海洋生物的數量也在一點一點的恢復正常。只要人類愿意并且為之努力，再破敗的世界都能挽救過來，何況是人類的命運。”
“是這樣的嗎…”綾波麗和碇真嗣同時一愣，喃喃自語的念叨著，另一邊，明日香也露出了思索的表情。
綾波麗將自己比喻成魚。暗示自己的命運，其實，除了她以外，碇真嗣和明日香何嘗不是如此呢？
為此，零觀帶著他們來這片重新泛起活力的海洋，親身接觸到這些更具活力和生機的海洋生物。在利用這一幕打破他們以往對世界非常有問題的認識以后，又利用暗示魔術對他們進行誘導和疏解，將相對來說正常而普通的世界觀的種子種進他們心里。
一下子改變他們意外對自己和世界的認知并不現實，不過只要有了這些種子，它們終究有一天會發芽、成長成參天大樹，改變他們消極的想法。和強制進行的人類補完計劃相比，這種方式無疑更加的人道。
海洋的領域非常大，需要的生物數量自然也非常的多，就算零觀和科學工作者利用克隆技術不斷的增加生物的數量，相對于整個大海而言都還明顯不足。索性零觀挑選的這個地方是魚類數量較多的區域，還是讓他們見到了很多活力四射的海洋生物。
在大海中暢玩到午飯時間，零觀帶著有些罰了的他們返回到水族館，在這些品嘗了一下來自碇真嗣的廚藝。
雖說遠遠比不上零觀這個開了掛的廚師，但是不得不說，碇真嗣的廚藝還是很不錯的，食物的味道都很不錯。而且更重要的是，他非常細心，準備的非常充分，帶來的食物分別都是個人喜歡的菜色。比如，他給綾波麗的便當就是以素食為主的，而給明日香的則是偏重肉食，甚至連溫泉企鵝的食物都是精心調配的，細心程度由此可見一斑。
不得不說，小受同學泡妹子的手段的確不俗。
同時，這也再次證明了“要想抓住一個人就要先抓住他（她）的胃”這句話是個非常準確的真理，“三無始祖”綾波麗和“傲嬌始祖”明日香都在他悄無聲息的攻勢下，完全是可以理解的事情了。