卻說軒轅證道，如此也標志著三皇正式完結。之后，原始天尊再次將廣成子留下輔佐人皇。原始天尊此次作為，使得闡教之中暗涌流動，以燃燈道人為首的闡教眾仙對此甚是不滿，如此也為日后闡教分裂埋下了伏筆。
顓頊繼位之后，為了斷絕巫族一脈對人族的影響，使巫族不能夠卷土重來，便聽從廣成子的鼓惑進行了一次宗教改革，傳令人族所有部落，禁制信奉巫教，所有巫師不得參拜鬼神。顓頊想通過此舉徹底禁絕巫教，強令人族聽從他的安排。
一時間，人族各部混亂不堪，時常有人被當作巫族余孽抓了起來，然后也因此喪命。
此次之事，持續數年之久方才平息。而后，廣成子想到烏云仙等人給其帶來的屈辱，心中怒極，再次鼓動顓頊打壓截教。顓頊此次卻也未曾聽從，畢竟截教在人族影響巨大，若是稍有差池，定會使得人族大亂。不過，顓頊心中怒通天后土二人未曾前來參加他的傳位大典，雖不敢明目張膽的打壓，可還是在一些小的方面對截教進行了打壓。
顓頊幾番作為不得人心，使得人族之中反對之聲此起彼伏，可年輕氣盛的他并不在意這些。顓頊野心勃勃，認為自己的所作所為皆是正確，加之有闡教在背后輔佐，自認他的共主之位穩保無憂，更是肆無忌憚起來。如此幾番下來，人族好不容易穩定下來的生活，又開始動蕩起伏。許多部落也開始對顓頊的命令陰奉陽違，完全不將其當回事。而且，人族各部紛傳顓頊繼位，未得諸圣認可，因此，顓頊的共主之位更是岌岌可危。
原來，這顓頊的皇位不比當年軒轅，軒轅受天道所眷顧，更是得到通天、后土、女媧、老子、原始諸位圣人的認可，顓頊的繼位卻只有人、闡兩教圣人認可，其他圣人皆是未曾前來觀禮。因此，在顓頊幾番倒行逆施之后，人族反對之聲大起，甚至有不少部落叛變。
廣成子聽聞人族各部叛亂之事后，也不管其他，再次拿出輔佐軒轅之時的辦法，以武力鎮壓人族那些不聽命令的部落。有廣成子等人相助，顓頊毫不費力的便將叛亂的部落鎮壓下去。可顓頊此番大勝之后，威望非但未曾增加，反而下降不少。人族之中反對顓頊之人越來越多，這些部族之中，也不乏有一些修士存在，使得各部實力大增。
顓頊見此情況，心中也是重視起來，馬上便尋廣成子問計。廣成子對這些人族修士自然不放在心上，可若是隨意將其打殺，恐怕會沾染因果，廣成子自然不愿。想來想去，廣成子決定再次去請闡教眾仙出山。
原來，原始天尊回到昆侖山之后，默算一番，便知五帝不比三皇，功德甚小。因此，原始天尊對此便不再上心，將闡教眾仙召回昆侖山修煉去了。
廣成子來到昆侖山玉虛宮中，馬上便將自己想法告知原始天尊。原始天尊對此倒是無甚異議，可想到即便此次輔佐成功，收獲也是不多，便未強令門下弟子前去相助廣成子，只是讓他們隨意而為。原始天尊之所以如此作為，也是想讓廣成子多鍛煉一番，免得日后再鬧出上次那樣丟盡闡教顏面的事。之后，又告誡廣成子一番，讓其少沾因果。畢竟上次輔佐人皇之時，闡教眾仙便已身染因果，此番若是再沾，恐怕會有劫數降臨。
眾仙在得知原始詔令之后，燃燈道人、慈航道人、文殊廣法天尊、普賢真人、懼留孫他們五人對元始天尊心存不滿自然不會前去相助廣成子，而是以閉關修煉的名義在暗中看廣成子如何出丑。十二金仙之中也只有黃龍真人、太乙真人、赤精子與廣成子交好前去相助，其他人皆是不愿意沾染因果，因此未曾隨廣成子出山。
廣成子雖未得闡教金仙盡皆出山，可有了太乙真人三人相助，也是信心十足。回到陳都之后，大肆顯擺一番，便勸顓頊進攻。顓頊早已忍耐不住，聽廣成子之言，自然再無顧忌，便開始集結大軍，準備消滅那些叛亂部落。而眾多叛亂部落也是知曉，僅憑自己一部無法與顓頊對抗，于是，眾多叛軍聯合便起來，共同對抗顓頊。
這一戰，便打了二十年之久。顓頊并沒有遺傳軒轅的軍事才能，有熊在顓頊的帶領下，在與叛軍聯盟對抗中消耗了大量實力。人族的生活水平直降，原本動蕩起伏的人族開始出現暴動。
“啪！”顓頊將手中茶杯狠狠砸在地上，向眾人咆哮道：“二十年了！整整二十個年頭了！這些叛軍竟然在我等大軍攻擊之下，堅持了二十年！讓我臉面何存？啊？”眾人聽了顓頊咆哮，皆是戰戰兢兢，不敢多言。
顓頊見此，嘆息道：“若是拖延日久，我這共主之位恐怕也要不保了。”說罷，顓頊再次想到這二十年的郁悶，重重一掌拍在幾案上，巨大的力道將其震成一堆碎片。
過了片刻之后，顓頊心中一動，轉而問一旁的廣成子：“老師，我等即刻發兵，就此蕩平叛軍可好？”
廣成子皺起眉頭，心下嘆息：“這顓頊若論權術，絲毫不下于他祖父軒轅黃帝，只是這沉穩方面，差得太遠了。上一次征討叛軍損兵折將，再下去難道還有好果子吃？”廣成子其實也是郁悶不已，若是自己出手，那些叛軍自然不在話下，可原始天尊前番特意叮囑，讓自己等人少沾因果。因此，這些年里，他們幾人只幫顓頊將叛軍之中的修士擋了下來，其他之處也不敢太過，生怕染上因果。
顓頊見廣成子心不在焉，便又催促了一聲。廣成子回過神來，想了一下，對顓頊說道：“共主稍安勿躁。此時人族暴動，不宜出兵，否則，必然引得其他部落人心惶惶。若是群起而攻，形勢就不妙了。”
顓頊只是急躁了些，并不是智慧不足的人，頻頻點頭同意，問道：“那依老師之見，該當如何？”
廣成子舉起茶杯輕抿一口，吐出了兩個子：“招撫。”
廣成子在人間這么多年，雖然是成事不足敗事有余，但這么多年下來也是鍛煉不少。眼見叛軍顯然不是武力可以征服的，所以只能另謀他法。
顓頊聽了，若有所思，喃喃道：“招撫。”
廣成子微微點頭，微笑道：“不錯，只需穩住叛軍幾十年，到那時，人族大勢已定，無人膽敢忤逆你所言。小小叛軍，還不是任憑我等揉捏？”
顓頊撫掌大笑，贊嘆不已。然后寫好書信，命人送去叛軍大營。
此時的叛軍聯盟也不好過，二十年的大戰，使得叛軍死傷無數，如今更是連糧草都無法供應。在收到顓頊招撫之信時，叛軍心中自然千肯萬肯，但還是擺出一副視死如歸的樣子，與顓頊討價還價一番，才答應下來。
顓頊得知叛軍接受招撫，心中大喜，便命人安排善后之事。按照協定，叛軍聯盟承認顓頊共主的身份，絕不興兵作亂。而顓頊不得妄自干涉叛軍部落的內務，同時顓頊賞賜叛軍眾多土地，使叛軍眾部遷居中原。
顓頊在暫時穩定叛軍聯盟之后，便開始大力改造人族，想要徹底的掌握人族大權，不想再有后顧之憂。雄心勃勃的顓頊，定婚姻，制嫁娶，分男女之別，定長幼之序，自此男尊女卑之始也。
之后，顓頊又遷都于帝丘，對官職名稱進行了改革，開始以分管民事的性質命名官職。并設重、黎分別掌管觀天象制歷授時和按統一的歷法進行社會活動的天、地指揮官，統理天下神職人員和民事人員，絕地天通開啟了以民事紀官的新時代。之后他又對中國區域建置進行明確規劃，確定了兗、冀、青、徐、豫、荊、揚、雍、梁九州的名稱和分轄區域。
他還改革甲歷，始以建寅月為歷元。在二十四節氣史上第一次明確地把以物侯觀測為重點轉移到以天象觀測為重點，有了歷元、正朔、五星、營室等概念，定下一年四季。進入治歷明時的新階段，歷名《顓頊歷》。
顓頊還命樂官飛龍氏融匯中國八個大區域的流行樂曲“條風”、“明庶風”、“清明風”、“景風”、“涼風”、“闔闔風”、“不周風”、“廣莫風”的風格特點，創作成“圭水之曲”，主題是“召氣而生物”，然后鑄成銅質樂鐘，作“五基六英之樂”，名為《承云》，用來在“萬國諸侯”到國都開大會時“享上帝，朝諸侯”，創了第一首國歌。
于是，在顓頊改造下，人族自軒轅結束部落聯盟時代之后初步建立了一個國家的概念。
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