在隨后的三天時間里，商毅也下令商家軍，向駐守在南京城里的清軍發動了連續的進攻。
而這時清軍在南京城里的駐守兵力只有四萬左右，在兵力己經不占多少優勢，但火器部隊大半都留在了南京，由其是火銃兵，還有近萬人，另外還有火炮百余門。因為在此前的戰斗中，商家軍一直都是保持守勢，而這一次商家軍卻主動進攻過來，因此阿濟格也覺得，這個機會也十分難得，到是可以和商家軍一戰。從前幾天的經驗來看，和商家軍的作戰，最好的辦法還是以火器來對付火器，現在自己也有足夠的火器部隊了，應該可以和商家軍展開正面戰斗。
在經過十幾天的反復拉距之后，南京中部城區的建筑己被催毀了大半，只剩一間間殘轅斷壁，依稀還保留著幾分城市的格局，另外還有好幾處街道的大火未滅。街道滿是碎瓦殘礪，而且百姓的尸體也隨處可見。
這一戰商家軍出動的是李定國的第九師，兵力為一萬左右，而清軍也出動了一萬二千人，包括有五千火銃兵、和二千弓箭手。兩方的兵力大致相當，但因為是在城市中作戰，中重型火炮難以定位瞄準，不過在九師的炮兵團中，有兩個炮兵營無法參戰，因此實際的兵力只有八千五百人，比清軍要少一些。
在李定國下令進攻之后，八師的兩個步兵團立刻分散成以營為單位，向前突進，而每個營又是以二個連為一組，一個連突前，一個連稍后掩護，并伺機使用小型火炮支援，這樣一共分為十六個小隊，展開面幾乎覆蓋了整個中部城區。雖然這時城區基本都被催毀，但在廢墟中仍然可以找到許多掩體，因此各營在突進的過程中，各自尋找掩體掩護自己，然后依次前進。
商毅在鼓樓看得十分清楚，清軍是以火銃兵、弓箭兵和其他士兵合作成縱隊，從街道向前推進。不過現在清軍的主導思想依然還是逼近商家軍之后，進行近身的作戰，火銃兵和弓箭手只是為其他士兵提供火力掩護，最終還是依靠近戰來結束戰斗，因此并沒有像商家軍那樣依賴于掩護。但還是將兵力分散展開，向商家軍這邊逼近過來。
不過經過十幾天的城市戰之后，清軍也積累了不少巷戰的經驗，知道在城市中作戰，不能將兵力扎推，而是要盡力將兵力展開，才能發揮自己在兵力的優勢，另外厚重的盔甲也影響了士兵們的靈活性，因此清軍的弓箭手和火銃兵也都換了輕便的皮甲，只有長槍兵還穿著厚甲，以便在接身作戰的時候取得優勢。至少和十幾天以前相比，清軍的巷戰水平確實有了不小的進步。
這時在戰場，有些街道的雙方士兵己經進入了射程，在掩體后面己經做好了準備的商家軍士兵立刻向清軍開槍射擊，一陣槍聲響起之后，受到打擊的清軍也紛紛尋找掩體后面躲避，而火銃兵和弓箭手也都開始還擊，重甲步兵也馬退后，把陣地交給火銃兵和弓箭兵。這時商家軍押后的隊伍也速度趕了來，利用殘墻的掩護，加入了戰局中。
雙方你來我往，用火槍弓箭互相對射，槍聲也響個不停，確實有幾分近代戰爭的味道了。
但很快清軍就發現，這樣互相對射，對自巳非常不利，因為商家軍是人手一支槍，可以全部投入戰斗，而清軍有相當一部份兵力不能參與這種對射中，再加商家軍全是使用的火帽撞擊發射的燧發槍，在射程比清軍使用的火繩槍要略遠，但射擊速度卻要快了近一倍，而清軍的弓箭射速到是很快，精度也很高，但在射程卻要短了近一半，因此雙方剛一接觸，清軍就明顯處于下風。
不過因為現在雙方是互相對攻，因此商家軍的火力并不強，而且在經過了最初的打擊之后，清兵也都巳經隱藏好了自已的身形，雖然對商家軍造不成什么危脅，但清軍的損失也并不大。
但這時清軍的重甲步兵雖然退出了商家軍的一般步槍的射擊距離，但卻仍在線蹚槍的射程之內，每一隊商家軍都有十名狙擊步兵壓陣，這時雖然清軍的火銃兵和弓箭手都找到了掩體躲藏，但最后的重甲步兵卻馬成為狙擊步兵的獵殺目標。
而且因為重甲步兵的陣形密集，幾乎根本就不需要怎么樣瞄準，一槍一個。同時有的狙擊步兵還找到致高點，居高臨下的射擊，這樣一來有些躲在掩體后面的清兵，也在狙擊手的打擊范圍以內。雖然每一隊商家軍所帶的狙擊步兵都不多，但時間長了,對清軍的打擊還是不小。因為這種只能挨打，而不能還手的局面，是非常打擊清軍的士氣。
這時在各條街道，商家軍基本都和清軍全面接了火，不過各條街道的戰斗情況也各有異同，雙方互有進退，各有攻守，一時也打十分激烈。
不過從總體態勢來看，清軍明顯是處于下風。這一方面是因為商家軍在武器占有明顯的優勢，不僅是火槍的性能強過淸軍，而且還有手榴彈、小型野戰炮，肩扛式霹靂火箭等等多種武器，相互配合作戰，遠比清軍單一的使用火槍要勝強得多。另外盡管清軍也開始償試著使用火器作戰，但在觀念，傳統的習慣仍然沒有改變過來，還是把火器當作輔助手段來用，主導的戰術思想依然還是靠近商家軍之后，進行近身作戰。再加清軍仍然缺少打城市戰的經驗，雖然找到一些感覺，但和商家軍使用后世成熟的城市戰經驗相比，還差得很遠。
體現在戰斗中，如果商家軍防守，清軍一般很難突破商家軍的防線；而在清軍防守的時候，商家軍卻有多種辦法進攻，不僅可以利用線膛槍是肩扛式霹靂火箭在射程優勢壓制清軍，或者在稍后的地方，使用小型火炮，以曲射的方向打擊清軍，甚致還以火力掩護，派出精銳的突擊士兵，利用層層掩體的保護，逐漸靠近清軍的防線，然后用手榴彈投炸。因此在兵力相差不大的情況下，清軍根本就不是對手。
就算是在有的街道，清軍能夠靠近商家軍，展開近身作戰，但也依然占不到什么優勢。雖然淸軍也學會了在火銃加一把刺刀，但使用刺刀的套路，仍然差得遠。
雖然看起來在槍管插一把刺刀之后，好像是和一把長槍差不多，其實差別還是相當大的，如果用長槍的套路來拼刺刀，會死得相當慘。因為一般步兵使用的長槍長度都在兩米五到三米之間，而火槍加刺刀，只有一米六到一米七左右，僅僅就是長度的差別，就會讓使慣了長槍的清兵非常不適當。
而且長槍的槍桿就是一根光滑的木桿，雙手可以在槍桿輕易的滑動，以變化招式，而火槍的握槍姿式是一手托槍柄，一手握槍中端，基本不會變。那么使用的套路自然就大不相同了。
商家軍的刺刀技術是商毅教授的。招術雖然簡單，一共也就那么五六下，但都是在后世經過了機算機的分析之后得出的最直接、最有效，也是最能發揮刺刀優勢的刺殺技術，可不是清兵那種半吊孑的刺殺水平所能相比的。因此除了清兵的重甲步兵以外，淸軍的火銃手和商家軍的士兵拼刺刀，也是十戰有七八輸。
而清兵的重甲步兵雖然近戰能力非常強，但卻因為盔甲太重，不夠靈活，如果是在開闊平坦的地區作戰，可以利用整體的優勢，來彌補這個弱點，但在城市中，卻只是依靠少數幾個士兵來協調作戰。這樣這個弱點也就被放大了。而且商家軍的士兵根本就不會和他們硬碰，多數都是釆用前排的戰士游斗吸引，后排的戰士用火槍射擊，或是扔手榴彈炸，來解決對手。
不過盡管商家軍占到了較大的風，不過清軍也并不是不堪一擊，也同樣給商家軍造成了相當的損傷，畢竟淸軍也開始大量使用火器，使雙方的差距拉近了不小，射程不夠，可以靠近之后再射擊，因為雙方是在對攻，商家軍的火力并不兇猛，也給了清軍不少靠近的機會，由其是清軍的弓箭手，射術相當精準，一但進入弓箭的射程，至少有七八成的命中率，而且一但近身作戰之后，雙方的戰斗力就更接近了，并不在是像開戰之初那樣，呈完全的一般倒局面。
但經過了一番拉據戰之后，清軍終于還是全線潰敗，都退進了皇城里。這一戰清軍一共戰死了三千二百七十一人，受傷一千一百五十二人。而商家軍這一邊也戰死了七百八十七人，傷四百二十三人。雙方的損失比約在一比五以內，但考慮到這次清軍投入的兵力并不占絕對優勢，因此也算是不小的進步了。
而阿濟格見這樣打下去，還是對清軍也不利，因此在第二天也不在出戰，一門心思在皇城駐守，等待著吳三桂和尚可喜這兩部人馬趕到南京來。