魯南戰役結束以后，商毅下令，留下王信的笫三師分別駐守淮安府和揚州，羅遠斌的第四師駐守泗州,其他人馬返回浙江駐扎，并將這一勝利的消息發向南京。
這時南京的動亂也終于被平定了下來，南明的南京朝廷總算是慢慢的開始恢復了正常狀態，并且能夠得以繼續運行下去。
原來在史可法帶著商毅上疏回到了南京的時候，南京還是一遍混亂，城中暴徒到處滋事，打架搶劫從來就沒有停止過，百姓傷亡己達數千人，南京的守備勛臣趙之龍手下雖然有好幾干士兵，但每天都躲在府里，只派士兵把守備府保護得水泄通。
要不史可法回京時還帶著心腹大將史德威和商毅送給他的一個營的衛隊，差一點都進不了南京城。而進城之后，只家家戶戶，關門閉戶，買賣商鋪也都停止營業，街頭巷尾幾乎空無一人，不時還可以看到地上躺著百姓的尸體，若大的南京城顯得死氣沉沉。
而在朝中，跟本就無人理事，另外南京城外的黃得功和劉良佐都己連上三份疏本，向朝廷質問馬士英的死因，而且言詞也越來越激烈，官員們只顧著互相爭吵指責，推御自己的責任，整個朝廷幾乎成了一個亂攤子，吳甡雖然想維持大局，但也是有心無力。
幸好這時史可法回京，也給朝廷上下打了一針強心劑，畢竟這時江淮戰役中，史可法也一直堅守在揚州，在勝利之后也獲得不少威信，因此大部份官員也都盼著史可法能夠拔亂反正，恢復南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法為兵部尚書并出任內閣首輔，馬上整頓南京的秩序。
到底是經過了生死的戰場，史可法總算是也學到了一些決斷之力，首先立刻代商毅上奏給朝廷，并向整個南方宣布商毅對南京朝廷的支持態度。然后嚴令南京城中的百姓嚴守秩序，又把商毅給他的一個衛隊營分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率當場格殺，然后又強命令趙之龍,命他立刻分派人馬，維持南京秩序，否則就撤職另選他人。
趙之龍這回也不敢不從了，只好調動人馬，在南京城中巡邏搜查。而商家軍也狠狠打擊了幾伙暴亂勢力，結果只用了二三天時間，立刻使南京的秩序大為改觀。
隨后史可法又只身親往駐守蕪湖的黃得功大營，對其曉以大義，安撫黃得功部的軍心，并聲明朝廷只誅馬士英一人，絕不牽連其人，讓黃得功放心。
黃得功對史可法到是還有幾分敬意，而且現在也知道商毅的上疏內容,看來商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保證，不會受馬士英的牽連，因此也馬上向史可法表示，自己絕無反心，原意繼續為南明朝廷盡忠，并馬上上表南京，說明自己對誅殺馬士英的支持，表達自己的忠心。
隨后史可法又趕到劉良佐的大營，見黃得功已經被史可法勸服了，劉良佐自己也不再硬抗下去，其實他們兩人這一番鬧滕并不是想為馬士英翻案，而是為自己爭取最大的利益,既然這個目地達到了,劉良佐自然也就見好就收,也學黃得功一樣上疏表忠心。
安撫住了黃得功和劉良佐，史可法這才又回到南京。最大的外部危脅也解除了，南京城里的秩序也在逐漸的恢復，官員們這才都松了一口氣，總算是熬出頭來了。下一步也就是恢復朝廷的秩序和運作，首先是確定內閣人選，首輔已由史可法出任，原來的兩名閣臣吳甡以次輔兼任戶部尚書，錢謙益兼任禮部尚書。
而被馬士英罷職的一批東林黨人，也都陸續紛紛被招回朝中，又選了高弘圖和黃崇羲入閣理事。姜日廣出任吏部尚書，候恂出任刑部尚書，王鐸為工部尚書，黃道周、張慎言分別任都察院左右都御史，復社四公子這一次也都入朝為官，候方域任禮部待郎，方以智任少詹兼侍讀，陳貞慧和冒避疆出任御史，就連林之湖也弄了個戶部員外郎，比以前的主事到是升了一級。
對這些人選任命朱由崧到是言聽計從，一一照辦，顯得十分配合，這樣一來朝中的主要位職幾乎全由東林黨人出任，既使有些位置不是東林黨，但也沒有所謂的奸邪之徒了。
而就在第二天，候方域就上疏內閣，指出馬氏雖誅，余黨猶在，要求朝廷查除馬士英的余黨，這一建議也得到了許多人的支持，除了候方域的另三名好友，還有張慎言、黃道周等人，也都主張徹底淸查馬黨余勢。
但這份上疏很快就被內閣駁回，史可法代表內閣答復，朝廷己經言明，只誅馬士英，不牽連傍人，不可出爾反爾，而且馬士英本無黨閥，不必清查，同時以后此事也不可再論。
其實候方域上疏之后，在內閣里黃宗羲是主張照辦的，嚴查馬士英的余黨，但史可法、吳甡都堅決不同意，因為史可法也記得商毅勸告，現在正是多事之秋，凡事當以穩定為主，以備戰守地為重。吳甡也十分贊同，而且馬士英出任首輔的時間只有一年，還沒有來得及大范圍安插自己的班底親信，因此馬黨除了阮大鋮之外，到還沒有多少有份量的人物，現在阮大鋮也己被逐，馬黨實際己煙消云散了，就算有少許余黨，也都是無足輕重的小角色，翻不起大浪，一但繼綾追查，擴大打擊面，難免有人會公報私仇、連累無辜。使朝廷又陷入混亂，而且又會牽扯朝廷的大量精力。
而另二位閣臣中，高弘圖也反對這么做，只不過態度沒有史、吳兩人過么強烈，而錢謙益一向見風使舵，一見現在是三比一，反對黨以大比分領先，立刻來了個錦上添花，也投了一票反對票，因此這個基調就這么定了下來。同時史可法、吳甡也都認為，這股風氣也不能足長，必須強力打圧下來，才會有這么嚴厲的回復。
就這樣候方域的上疏不僅被駁回，還被訓斥了一頓，碰了一鼻子灰。但現在史可法在南京的威望正高，又是東林前輩，小候也只好暗氣暗憋，另三個死黨這時也不敢胡亂出言相助。這件事情也就這么給壓制下去了。
而就在這時，商毅取得魯南戰役勝利的告捷也發回了南京，商毅在告捷中到是實事求是，并沒有夸大其辭，說什么血戰、力勝之類的話。實話說明許多地方的淸軍并不多，也沒有經過什么大戰，但勝利俯意義在于，南明終于打通了和山東地區之間的陸路聯系。
不過盡管如此，又取得了勝利也總是讓人高興的，而且從形式上來說，南明朝廷也還一直堅守著山東地區，并沒有放棄北方的土地，因此也讓不少人感覺到南明的新興氣像，看來明朝好像還有中興的希望。
打了勝仗自然就要嘉獎，但現在商毅己經出任督師，這個官職己經夠高了，再要往上封，要么是加三公的虛銜，要么就是封公爵。不過這一次勝仗也是江淮之勝的延續，因此內閣也認為只對商毅進行嘉獎白銀十萬兩，彩綿千匹，官職這次就不升了。同時收復的地方，也全都由商毅管理，而對商家軍的部將中，周少桓、成進加封伯爵，而童大勇、王信、羅遠斌都封為子爵、就用這些中小爵位，糊弄過去算了。
而緊接著在湖廣一線也傳來戰報，阿濟格部也停止了進攻，退兵到德安、承天一線。而且多鐸、阿濟格等清軍主將也都被招回北京，這樣一來南明東西兩面的軍事也全部都解除了。
直到這時南明廷朝才算是徹底安全了下來，而在東林黨內部，也開始逐漸分化為左、中、右三個陣營，以黃宗羲、黃道周以及四公子為代表的激進冒險份子屬于左派；以吳甡為主的保守人士屬于右派；而史可法、高弘圖、錢謙益等大多數人則為中立派，不過在中立陣營當中，史可法、高弘圖顯然是偏向干右派，而錢謙益則傾向于左派。
在南明朝廷舊的政治格局被徹底打破之后，新的格局也在逐漸形成著。
商毅收到南京朝廷的嘉獎和錢銀彩綿之后，又上了一份謝表。雖然他對朝廷的嘉獎并不感興趣，但對南京還是十分關注的，朝廷發生的變化他都己經知道了，看來自已的翅膀終于扇出了一陣顛覆性的大風暴，不僅使南明能夠繼續延續下去，就連東林黨居然也能夠咸魚翻身，又發達了起來。
這也是東林黨繼天啟初年之后，又奮斗了差不多二十五年，終于又一次重新全面掌握了政權，而且這一次似乎也不會再出一個九千歲來攪局，東林黨也能安安心心來實現自己的政治理想了，因此商毅也充滿了好奇心，想看一看，一向以正人君子自居的東林黨這一次能夠玩出什么花樣來。
不過商毅也想過，畢竟現在有史可法和吳甡這兩位大佬在朝廷里支撐著，而高弘圖、錢謙益這些人也都有些真材實料，應該不會壞到那里去吧，如茱南明能多撐一天，對自己來說，也能多贏得一天的發展時間。
但就在不久之后，商毅還是發現，自己的想法仍然是太傻太天真了。