周琦現在是安全司的主事，付責整個浙江地區的安全工作，而外商的商館，也都是安全司比較重點監視的對像。
按商毅的計劃，目前安全司對于自己監視的對像分為五個等級，第一級為基本無危險，監視力度與一般關注；第二級為危險性較小，監視力度為注意關注；第三級為危險性較大，監視力度為設專人付責；第四級為危險性很大，監視力度為設專案組付責；第五級為危險性極大可以等同于敵人，監視力度為安全司重點付責。
按商毅的要求，海外華人的商館，都被列也第二級，外商的商館，列為第三級，只有曰本人的商館，被定也第四級。
其實周琦對商毅這么重點關注日本人也覺得有些不可理解，因為除了猴子豐臣秀吉當政的時候，發動了針對中國的入侵朝鮮的戰爭以外，絕大多數時候，鬼子都是比較綿軟的，而在徳川執掌了日本之后，也對明朝比較恭順，因此這個時代的中國人對日本人并沒有后世那種切齒的痛恨，而且在日本人面前，還有相當大的天朝上國的優越感，最多是鄙視或厭惡。
周琦自然不明白，為什么商毅會這么重視日本人。不過在商家軍里，商毅的命令沒有人敢忽視，因此周琦也十分認真的執行著。
根據周琦匯報，日本人并沒有什么可疑的舉動，來往的都是中國商人，談的都是生意，這群鬼子里到是有好幾個會中文的，談生意基本都用中文進行，內容也沒什么其他的事。而在沒事的時間里，鬼子們也是大多呆在商館里，幾個武士到是經常練武，外出的人要么是看貨，要么是購買商品，少有閑逛的，一切都在很合理的范圍內。當然日本人互相之間是用日語在交談，周琦安排的情報人員就聽不懂他們說的什么了，不過從表面上看，也沒什么可值得懷疑的地方。
不過要說疑點，到有免強有一個，據探子報告，在這伙鬼子里面，有一個女人的身份似乎很高，毎個人都對她十分恭敬，而且像是受到了重點保護。不過這個女人一般都躲在屋里少有出來，其他人見她時，也是隔著屏封，因此情報人員也沒有見過她的真面目，但聽聲音這個女人的年紀應該不會很大。不過雖然情報人員不懂日本，但卻把其他人常稱呼她的日語發音記了下來，周琦也向商毅作了匯報。
日本人對這女人的稱呼通常有兩個，一個短，一個略長，而略長的稱呼里，也包含了那個短的發音。周琦把這兩個稱呼的發音都學說了一遍。
商毅一聽就聽出來了，短的稱呼是日語“公主”的意思，而長點的稱呼是“薰公主”，那么“薰”應該是這女人的名字，但公主是指什么，是妮稱還是她的真實身份呢？
而周琦聽了商毅的翻譯之后，也不禁呆了一呆，難到真是日本的公主會跟著商隊跑到中國來了嗎？這里面看來一定有事，同時心里也十分佩服，商毅把曰本人的監視等級定為四級，也不是沒有道理的。
不過商毅也知道，在這個時代的日本，公主并不一定就是指天皇的女兒，不僅幕府將軍的女兒也可以稱為公主，而且各個大名的女兒，同樣也能被稱為公主。那么這個薰公主到底是個什么身份，到中國來有什么目地呢？這到確實是一個令人懷疑的地方，本來商毅打算，把對日本人的監視等級降為三級，現在看來，還是保持四級為好，致少要把這個公主的身份弄清楚才行。
但對日本人提出建立商館的要求，商毅想了一想之后，還是決定答應下來，畢竟現在自己也能和日本通商，鬼子的錢，不賺白不賺，反正在自己的一畝三分地上，也不用害怕，把他們盯緊一點就行了。如果鬼子真的想玩什么陰謀，那么就和他們好好玩玩吧。
不過日本人的事情只是一個小插曲，有一件事情令商毅非常高興，就是宋應星在杭州呆了十余天之后，終于決定留下來在商毅手底下做事，因為他實在擋不住這里巨大的誘惑力。
宋應星跟著商毅來到杭州之后，商毅雖然沒有功夫全程陪他，但也安排人首先帶宋應星去精益玻璃廠，參觀玻璃生產的整個過程。
精益玻璃廠可不是一個小作坊，而且完全的一個大廠房，占地約有兩千余平米，空高兩丈有余，僅生產工人就有近五百人，包括兩個燒制窯，十二個退火窯，六個打磨臺，八臺扛桿吊車，鐵軌數百米。
宋應星一到玻璃廠，還沒看到如何生產玻璃，只看這個架式，就覺得自己真是大開眼界，大有不虛此行之感。結果他在玻璃廠里一連蹲了五天，也看完玻璃器皿、平板玻璃生產的整個過程，對玻璃的整個生產工藝過程驚嘆不己，同時也對這個玻璃廠贊不絕口。由其是知道玻璃生產的工藝方式，是商毅在泰西諸國游歷時學到的，還有這個玻璃廠的建造，也是商毅一力促成的，這也不禁讓宋應星對商毅刮目相看，想不到商毅居然對這些格物致用之學也頗有興趣。
看完了玻璃廠之后，商毅又安排宋應星去參觀印刷廠，宋應星一聽說是活字印刷，頓時又來了興趣，又在印刷廠里蹲了三天，看完活字印刷的過程，也知道套方法也是商毅從泰西諸國帶回來的，也不禁驚嘆不己，果然是世界之大，無奇不有，看來他國之技藝，亦大有可取之處。
這個時候宋應星才知道商毅在杭州除了玻璃廠和印刷廠之外，還有造船廠和兵工廠，聽說在這兩個廠里還有大量泰西諸國的工匠做事，可惜這兩個廠涉及機密，由其是兵工廠，不是商家軍內部的高級成員，是不能進入的。對這一點，宋應星也能理解，因此并沒有強求。
不過不能入內參觀，但看看產品還是可以的，于是宋應星又去造船看到了西班牙式帆船，兩千料大福船，還觀看了造船廠里一艘剛剛建成的五百料飛剪船的下水試航，飛剪船的驚人速度也讓宋應星徹底沒了脾氣，原來還以為自己己經通曉百科了，原來還差得很遠。
而杭州兵工廠里出產的三寸六分口徑重型青銅野戰炮，線膛步槍，還有霹靂火箭、手榴等武器更是讓宋應星目瞪口呆，怪不得商家軍戰功赫赫，原來有這樣的利器呀。
但看了產品之后，更是弄得宋應星心里癢癢的，他本來就是個喜歡刨根問底的人，這時自然就更想知道這些戰船火器是如何生產出來的。而商毅見火候也差不多了，也正重向宋應星提出，自己想在杭州辦一個科學研究院，專門鉆研格物致用之學，同時還教授學生，希望宋應星能在科學院里任職。
宋應星認真想了一想之后，也終于答應下來。雖然宋應星不愿做官了，但按商毅所說，科學研究院并不是官府，還是一個研究教學機構，不和政治打攪，也沒有違反宋應星的原則。畢竟能夠有一個地方讓自己安安心心的研究喜歡的格物致用之學，也是個很不錯的選擇。
當然宋應星答應商毅的請求，也不完全是因為技術方面，他在杭州住了十幾天，也深刻感覺到，杭州和自己見過的其他城市大不相同，這不僅僅只是繁華，如果單論繁華，其實南京并不遜色于杭州，但南京的繁華中更多的是紙醉金迷，奢侈迷亂的腐蝕之氣。
而在杭州城里，卻充滿了一種欣欣向上的氣氛，商業繁盛、秩序井然、銜道干凈整潔，四民各安生業。跟本就不像是處于一個亂世中的城市。在這里即使是一個普通的平民，臉上都帶著笑容，在精神氣質上，都充滿了希望和向上的熱情，看不到街頭訖討的難民，看不到權貴任意欺壓百姓，看不到兇神惡煞一樣官差，也看不到為非作歹的軍隊。相反官員和軍隊出行，不會橫行無忌，百姓也不會慌亂的躲閃，甚致還會和他們打招呼，親切的問候兩聲。總之商家軍的官員、軍隊和百姓的關系都相當和諧。宋應星曾親眼看過幾次，士兵幫百姓干活的場面，令宋應星幾乎都不敢相信自己的眼睛。
而這一切的結果，也只能歸公于地方官員的治理水平，宋應星也沒有想到，商毅除了會打仗，懂技術，連治理地方也很有二下子。因此越是在杭州留守的時候長，宋應星對商毅的敬佩之情也就越多，覺得在這樣一個地方，這么一個人手下干活，確實很不錯。
宋應星一答應在科學院任職，商毅就馬上派給他干活：改進織機技術，提高織機的工作效率，最好能夠利用水利。而且為了能讓宋應星更好的熟悉織機，商毅也把宋應星帶到蘇州的絲綢廠里，讓他和織工交流溝通。