()當然南京朝廷在混亂之中，到也不是沒干一點正事，首先是要崇禎帝確定廟號和謚號，不過正事也是在爭論不休中完成的。..net
首先給崇禎定廟號是思宗烈皇帝，但南京守備勛臣趙之龍認為這個廟號不是太好，上奏要求改動。朱由崧先是不許。而禮部侍郎余煜對據理力爭，說了一大通之乎者也之類的話，也不知道朱由崧聽沒聽懂，反正爭論了一番之后，終于改謚毅宗正皇帝。
而在最關鍵的對外政策方面，無論是東林黨還是馬士英，卻都保持著高度的一致性，奉行借虜滅寇的政策，即借清軍的力量，剿滅大順軍。
當然，南明朝廷在這時提出借虜滅寇政策，到并不完全是出于對形勢的誤判，當時信息不通也有一部原因。吳三桂獻出山海關、投降清軍的事情，只是一面之辭，現在還沒有得到南明朝廷的確認，至少從表面上看，也可以理解為吳三桂借來清軍，大敗李自成，是為崇禎報仇的舉動，甚至可以說是一心為明朝社稷的不貳功臣，也不為過。而且清軍當入關時，也打得是為明朝報仇的旗幟。而滅亡明朝，攻入北京，逼死崇禎皇帝的是大順軍，因此南明朝廷上下都認為，自己的首要敵人是大順軍而不是清軍，為先帝報仇雪恥才是最重要的，
同時，在目前南明朝廷內部關系尚未完全理順的情況下，和滿淸講和，并借助吳三桂的力量，聯合清軍打擊大順軍，實行借虜滅賊的政策，并天真地認為此舉可以使清軍與大順軍在交戰中兩敗俱傷，而南明朝廷趁機坐收漁利，不失為一種可行之策。事實上不僅僅馬士英這樣想，就連史可法、劉宗周、黃宗義這些正人君子也同樣是如此想的。但他們都沒有清楚認識到，現在的南明朝廷面對的最大敵人不是“賊”，而是“虜”。
盡管也有一些中下級官員，如兵科給事中陳子龍、吏科給事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目輕信滿淸的承諾，并且列舉出當年北宋借金滅遼、南宋借元滅金的歷史教訓。可惜的是，這時在南京朝中，并沒有多少人聽信。馬士英和東林黨一邊斗爭著，一邊積極準備安排北使團，并且己經確定了左懋第為使臣，去和滿清接觸，好實施借虜滅寇的政策。
其實在南明朝廷的各官員心里，對清軍都懷有一種很深的恐懼感，因為自從袁崇煥死后，滿清先后四次入關奔襲，并在關外發動大凌河、松錦之戰，在這六場大戰中，明軍都以慘敗而告終，盡管滿清在最后一次入關奔襲中，商毅在濟南和青州都重創了清軍，但這只是一個局部戰場取得的勝利，放眼整個戰役來看，依然還是明軍失敗。
因此在眾人的潛意識里，沒有人愿意和清軍交戰，文官是如此，武將們內心更是膽怯，要知道他們連大順軍都打不過，又怎么敢與打敗大順軍的清軍交戰呢！放眼整個南方，真正不怕清軍的，還真就只有商家軍這一支人馬。只可惜沒有人相信，僅靠商家軍就能夠抵擋得住清軍。
當然借虜滅寇的政策本身并沒有錯，但無論講和還是聯合，都必需是建立在自身有足夠的實力基礎之上，南明君臣只是一味幻想借虜滅寇，但自身卻沒有任何進取的動作，只有偏安坐等之心，不僅喪失了趁亂收取山東、河南的大好機會。同時也把自己的怯弱無能，逐步暴露在滿清面前。
南眀朝廷于六月間任命王燮為山東巡撫，丘磊為山東總兵，但這些都是表面文章，因為沒有武力作后盾，委任的方面大員根本不敢赴任。事實上南明朝廷的潛意識里，根本就是打算放棄山東算了。
而在這個時候，商家軍在山東大敗清軍，連續收復青州、濟南，生擒王鰲永的捷傳回到南京時，也使南京朝廷上下都十分尷尬的局面中。
不僅僅是馬士英，就連在東林黨內部，也有不少人心里都在怪商毅多事，青州、濟南丟就丟了貝，好端端的沒事去惹清軍做什么，雖然收復了青州、濟南，但都是兩塊燙手山芋，拿不得放不得，現在朝廷正準備派出北使團赴北，萬一在這個時候把清軍惹急了怎么辦？但這話是沒法說出口的，不管怎么說，商家軍是打了勝仗，總不能說商毅不該收復山東的失地吧。
而且這個消息也經過杭州時報傳遍了江南地區，在中下層官員和士大夫之中，也引起了很大的轟動，因為朝廷己經很久沒有在軍事上取得勝利了，因此這個消息也是大振人心，而商毅和商家軍也得到了很高的評價，不少人都紛紛要求朝廷出兵，全面收取河南、山東之地。
在輿論的壓力下，南明朝廷也不得不對商毅進行嘉獎，并且拿出一些實質性的行動出來，而當務之急就是要趕緊再派出一位山東巡撫，以表示朝廷絕對沒有放棄山東等地的意圖。
但山東巡撫的人選卻是一個大難題，雖然商家軍在山東打了一個勝仗，但南京的官員對商家軍的戰斗力到底多強并不清楚，而更為重要的是，都看出南明朝廷在山東事務上依然是在敷衍，因此對山東巡撫這個差事，人人都避之不及，誰也不敢接這個燙手的山芋。
在這個時候，吳甡才上奏，推薦這時在杭州閑居的原山東布政使孟宏恭出任山東巡撫。雖然馬士英知道孟宏恭是商毅的一伙，但現在也確實是無人可派，因此也只好順水推舟，同意了吳甡的建議。
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甴孟宏恭出任山東巡撫，當然是商毅早就計劃好的，把山東巡撫這個位置抓到手里，就可以名正言順在山東地區施發號令。而孟宏恭也有很不錯的管理地方的實力，由他和周少桓合作，是應該能夠把登萊的局面穩定下來。
現在孟宏恭到是看穿了，南京朝廷根本就是成事不足，敗是有余，相反跟著商毅混，說不定還能另謀一個出路，反正女兒也嫁給了楊武丞，自己也算是商家軍的一份子，干脆就跟著商毅走到底。他對商家軍的戰斗力還是很有信心的，而且實在不行了，還可以從海路逃走，因此對去山東上任并沒有什么不愿意。
因此接到南京的圣旨之后，孟宏恭立刻向商毅、還有女婿、女兒告別，從海路登程出發。而商毅也派出第二支船隊，隨孟宏恭一起出發，除了運送物資以外，還請周少桓組織一部流民遷移到浙江來，準備向臺灣移民定居。
隨圣旨一起來到杭州后，還有吳甡的一封信，是請商毅幫忙，調停高杰和黃得功之間的爭端。
原來現在不僅僅是南京一團混亂，江北四鎮也用樣是混亂一團。首先是高杰到徐州上任時，因為貪圖揚州繁華，想順手把揚州也劃入自己的防區，于是要求進入揚州安置家眷，方能前往徐州。但高杰的名聲實在太差，揚州士民們一聽他要進城，立刻把四城緊閉，防賊一樣緊守，不讓高杰部隊入內。高杰自然震怒，勒兵攻城，連攻數日，居然攻揚州不下。
而這時劉澤清和黃得功也都看不過眼讓高杰獨占揚州，于是兩人同時上書南京朝廷，一個要求領軍保護揚州，另一個彈劾高杰，請朝廷治罪于他，當然都是醉翁之意不在酒。
眼看著三人就要展開一場爭斗。幸好這時史可法奉旨督師江淮，從中周旋，好說歹說，而高杰也自知理虧，也就借梯下墻，接受了史可法的調停，不再要求進駐揚州而改駐瓜州。史可法也把揚州作為自己督師江北的總鎮，當然也是為了好管住高杰。
揚州風波就這樣算是免強平息了下來，但太平日子沒幾天，劉澤清在淮安又鬧出事情，因為朝廷在設制四鎮時，符于了他們在當地自征錢糧的權力，而劉澤清卻借機縱兵行兇，在各個村落大肆劫掠，也使淮安各地叫苦不迭，紛紛向史可法投述。因此史可法只好又趕到淮安去制上劉澤清。
那知是按下葫蘆瓢又起，史可法前腳剛走，高杰一沒人看著，立刻就又出了問題，和黃得功打起來了。
事情的經過是：和黃得功同宗的總兵黃蜚想入南京覲見弘光帝，怕在途中為高杰、劉良佐等人劫掠，就寫信給黃得功，讓他接應一下自己。于是黃得功率三百精騎出迎，但至距邗關五十里以外的土橋時，遭到高杰的襲擊。盡殺黃得功三百精騎。幸虧黃得功本人頗有些勇力，才得以只身逃免。而高杰乘勝，又趁黃得功離鎮，派大兵進襲黃得功駐扎的儀征，結果被黃得功的部下打得大敗而逃，千余人被殲。而等黃得功回到儀征之后，自然起兵報復，于是，兩人各自整軍備馬，意欲仇殺。結果史可法還沒趕到淮安，又趕忙調頭回來。
吳甡在南京得知之后，也是覺得頭大如斗，又不忍心看著史可法這樣疲于奔命。只好寫信給商毅，請他幫史可法一把。
商毅接信之后，也哭笑不得，他當然不會去趟灘渾水，只是給黃得功和高杰分別去信相勸。
黃得功和高杰對商毅還是有幾分忌憚的，而且這時史可法也趕到儀征，苦勸苦說，并且自己出銀償補黃得功馬價，黃得功才勉強接受。而高杰也自知理虧，受史可法勸說，又送千金與黃母作壽陪罪，同時史可法又怕兩人再火拼起來，只得調黃得功移駐廬州，派高杰移鎮徐州。才算把這場風波免強又平定下來。
而商毅得知黃高罷兵，也松了一口氣，現在他可沒空來管這些事情，因為西班牙的使者己經到杭州。