回到了武昌之后，以經進入九月，商家軍到達武昌城外的時候，也受到了居民們的熱烈歡迎，不少人在大道兩邊焚香膜拜，并且在幾名有名望的老人組織帶領下，牽羊擔酒，迎獻給商毅和商家軍的一干將領。商毅自然也對百姓們好言安慰，也感謝鄉親們對商家軍的擁戴之心。
盡管這時武昌城里依然是一遍廢墟，但由于有商家軍的五團在這里的組織管理，使幸存居民的生活還是有一定的保障，在城外的生治秩序也都正常有序，并沒有出現混亂局面，相比于其他遭受戰火洗劫的城地，武昌的居民以經算是十分幸運的了。因此還有一些在外逃難的百姓又返回到武昌城邊安居，這個時候，在武昌城外，差不多以經聚集了近兩萬戶居民。
商家軍的老兵們對此以經習以為常了，但新歸降商家軍的李定國、沈云英還有他們部下的士兵，還有王夫之等人，卻都感覺到十分驚異，他們從來沒有想到過，大明的官軍居然受到百姓這樣的擁待。其由是李定國，這才是他心目中一支完美軍隊的形像。
王夫之也不得不對商毅贊嘆道：“將軍，當日學生在衡州，聽聞商家軍有仁義之師之名，還以為是夸大其辭，今日見民心如此，可見一斑。足見大人治軍有法，不愧是當代名將。”因為他現在是商毅的幕僚，因此也自稱學生。
商毅淡淡一笑，道：“先生過獎了，軍隊仍是保國、守境、安民之用，只有讓軍隊報以這樣的信念，在戰場上才能奮勇殺敵，昔日岳家軍、戚家軍莫不如此。我只不過是是以古人為效。”
王夫之也笑道：“依學生看來，曰后商家軍之名，必能與岳家軍、戚家軍并尊。”
軍隊駐扎下來之后，商毅下令，歇兵幾天。因為這次追擊張獻忠的作戰，士兵們在二十多天的時間里，來回奔走三千余里，可以說是十分廢勞，需要有一個短暫的休息時間。至于浙江那邊怎么樣，那就不是商毅考慮的范圍了。事實上在商毅心里，還希望叛軍能多鬧一些時間，沉重打擊一下浙江地方的豪強勢力，為自己進駐浙江減少一些阻力。
而且商毅也需要時間對整個隊伍進行一些重新整編。因為從這次南下征戰的過來看，商毅以經明顯感覺到兵力不足。僅僅只是剿亂平叛的征戰還可以，但想要守住占領的地方，就顯得捉襟見肘了。而這次東進浙江，丿目地以經非常明確，就是長期占領，因此商家軍要擴大規模，以經是在所難免了。
現在商家軍南下以經快滿三個月了，雖然經過連續作戰，但人員的傷亡并不大，一共僅僅只陣亡了五百余人。但除去商家軍南下的一萬二千多人馬，兩千輔兵以外，現在隊伍又擴大了不少。加上李定國和沈云英的部眾，投效商家軍的官軍和農民軍以經超過了兩千人，同時羅遠斌駐守武昌的期間，也有不少百姓愿意投軍，目前以經招收了近四千人，現在全部都作為商家軍的預備軍，總計人數超過六千。
其中只有李定國和沈云英的部眾，是剛剛投效商家軍，其他人基本都接受了一段時間的正規訓練，有相當一部份士兵接受訓練的時間都超過了一個月。
另外現在商家軍俘虜的闖軍和西軍人數合計也達到了一萬三千多人，而且絕大多數的俘虜經過了一段時間的強制勞動改造之后，以經明顯有了改變，開始懂得守規據，守紀律起來。態度也老實了許多。可見這套辦法是頗有成效的。
不過目前來說，商毅還不能完全相信俘虜，因此擴軍的對像還是在預備軍和輔軍中選拔。只是李定國和沈云英的部眾因為是剛剛投降，還沒有接受商家軍的基本訓練，盡管商毅對李定國寄于了很大的希望，但選拔制度是不能破壞的，否則就是對全軍的不公平，這次他們都將不參加選拔。
想入選商家軍的預備軍并不難，只要四肢健全，跑、跳、耐力、力量達到一定的標準，就可以被選入，基本上來說，一個正常的成年男子都能達標。但想成為商家軍的正式士兵，標準就要高得多了，在基本素質中增加了許多阻礙設置，如翻越高墻，爬坡，跨越、匍匐行進，負重奔跑等等，還有一些槍刺、徒手格斗等武技的考核。而且十分嚴格，一點通容的于地都沒有。
不過經過了選拔之后，還是有三千多名預備軍順利的通過了考核，成為正式士兵。原來投奔商毅的幾名明軍的軍官，馮進、章一平、吳禮林也都順利通過了考核。商毅對這次選拔的結果也十分滿意，這說明羅遠斌在駐守武昌的這段時間里，在訓練新軍上花了一番心血，因此也對羅遠斌大加表揚。
不過成為正式士兵并不表示就能馬上形成戰斗力，還要進行整編和一定的陣形、團隊作戰、局部小隊作戰以及火槍射擊的訓練。商毅首先挑選出一部份考核成績優秀的，填補了三個主戰團的傷亡缺口，同時又將騎兵營增擴了三個騎兵連和一個偵察連。
楊武丞的騎兵營本來就是擴大編制，有五個連，擴編三個連之后，實際是兩個營的編制，總計兵邊為一千七百一十四人，仍是楊武丞出任營長。這次南下，偵察營只出動了兩個連，由副營長吳漢生帶隊，現在擴大到了三個連，商毅將他們定編為偵察二營，由吳漢生出任偵察二營營長。
這樣一來，剩余的新兵只能組成三個營，商毅將這三個營暫時編入到三個主力團中，三個新營的各級軍官一部份由考核成績優秀的新兵中選拔，也有一部份是從三個主力團中抽調，馮進、章一平、吳禮林都當上了連長，也是新兵中官職最高的人。但三個新營的營長全部都是由老兵擔任，以達到以老帶新的目地。
而落選的和新加入的預備軍合計約還有二千五百多人，商毅將他們也編成三個營，李定國、沈云英，還有另一名原明軍的把總劉遠報出任三個營的營長。
雖然這一次李定國和沈云英沒有參加選拔，但他們都親眼目睹了商家軍選拔正式士兵的全過程，因為整個選拔的過程即嚴厲而又公平，選上的固然高興，選不上的也無話可說。只能怨自己平時訓練不足。說穿了中國人其實都是不患貧，患不公。因此兩人也對商毅佩服的五體投地。
整編完畢之后，商家軍的總兵力接近一萬六千人，加上預備軍和輔兵，總計有兩萬多人。與剛南下時相比，兵力增加了三成多，對實現商毅立足浙江的目地，基本足夠了。
隨后商毅才下命，整理錢糧物資。準備東進。
這時南下收獲不小，主要是從張獻忠身上狠狠的發了一筆橫財，共計獲得了白銀七十余萬兩，糧食十多萬石。不過由于武昌的難民消耗巨大，而且安置居民也花費了巨大的錢糧費用，因此總計花耗了十萬多兩白銀，兩萬多石糧食。另有馬匹近四千匹。這也是商毅要擴大騎軍營的重要基礎。同時還擁有大小船只一百三十二艘。因為武昌到南京正好是沿江而下，因此商毅也決定，船只用來裝運錢糧物資，士兵沿江步行。
不過得知商家軍要離開武昌，居民都來見商毅，忍請商家軍留下來繼續保護武昌府，百姓們紛紛下拜，哭聲盈野。連不少商家軍士兵也都十分感動。
幾名受百姓公推出來的老者跪在商毅面前，叩頭不止，道：“商將軍啊！我們這輩子也沒有見過你這樣的好官，你這一走，要是賊寇再殺回來，我們可怎么辦啊！你就留下來吧，就留在武昌府別走了。”
王夫之在一邊看得十分感動，也勸道：“鄉親父老們，你們放心吧，商將軍另有重任在身，不得不離開，而且朝廷會馬上派遣地方官員來管理武昌，也就和我們留下來一樣。”
有一個老人聽了，道：“王先生，這年頭朝廷的官員那一個不是只想貪污發財，有誰會管我們這些百姓的死活，上那兒還去找商將軍這樣的好官。他這一走叫我們怎么活下去呀！”
王夫之聽了，心里也只能苦笑，他雖然沒有做過官，但也知道這個老人說得一點都不假，現在就是這樣的世道。
商毅心里也被弄得酸溜溜的，只好道：“各位鄉親們，你們的好意我都知道，其實我也不想離開武昌府，可惜我并不是湖廣的官員，只是平亂到這里來，如今朝廷有令下來，我也不得不離開。不過張獻忠以經被我們趕跑，諒他也不敢回來了，你們就放心在武昌安居，重建家園吧，我會給你們留下一些錢糧，曰后如果有緣，說不定我們還會再回來的。”
眾人聽商毅這么說，也知道挽留不住，只好一個個都向商毅叩首告別。隨后商毅又下令，給每一戶人家發放五兩白銀、五斗糧食，至少可以保證他們未來二三個月之內的生活。
大軍啟程之后，還有不少百姓們跟在人馬兩側，一直送出十幾里地。