眾人通過軍隊重新編制的決定之后，商毅也立刻下令，開始按自己制定的編制方式，對全軍進行整編。首先確定了五個團的團指揮部，然后讓各團指揮部討論確定自己的下級軍官，然后報到商毅這里來批準。
當然這里面也少不了扯皮拉筋的事情，因為不少人都會被各團部爭來爭去，畢竟打了這么多仗,誰能打大家心里都基本有數了.比如在守衛穆陵關時從軍的王虎，雖然從軍的時間不算長,但在數次戰斗中，都表現得十分勇猛，因此雖然只被確定為是個排長，但有三個團部都爭搶著要他,一直鬧到商毅那里去了。
最后商毅也沒有辦法，只能用抽箋的方式來決定王虎的歸屬，結果三團幸運的抽中了樂透箋，得到了王虎。后來商毅索性就全用抽箋的方法，確定各個團部挑人的先后順序。
而就在這時，朝廷的旨意終于下到了登州，要曾化龍帶商毅即刻進京朝見。曾化龍收到圣旨之后，也覺得十分奇怪，因為在圣旨中，并未說明對商毅有什么晉升嘉獎，也就是說現在商毅將以一個千總的身份，到北京去朝見皇帝。
原來曾化龍上傳到北京的奏本，引起了整個大明朝廷的巨烈震蕩，一個小小的千總，在十余萬清軍南下的襲掠中，雖然獨守一座關城，與清軍大小進行了十三戰，全部獲勝不說，斬首竟高達一萬七千余級，還收復了二縣一府，解救了十余萬被清軍抓獲的百姓。
兵部和朝中的幾位內閣大臣看到這一份奏本時，就像是看到天書一樣，大眼瞪小眼，仿佛根本就看不懂一樣。每一個人心里都在想，這會是真的嗎？大明朝莫非真的出了第二個戚繼光了,這個叫商毅的千總是何許人也，怎么會有這樣的本事就連崇禎皇帝心里也驚疑不定，心里也不敢相信這里真的，但卻又又盼望是真的。
這時內閣首輔周延儒以經頂不住壓力，自請到保定、昌平一帶督師、抗擊清軍去了。因此崇禎也無法確實來自山東的消息是真是假，正打算派人去山東察看，這時卻收到了沈揚等錦衛衣人員發回來的密信。
因為這時他們一行正在河北一帶打探消息，并沒有回到北京。但還是將山東的消息傳到了朝廷。雖然在密信中并未詳細記錄在山東發生的所有戰事，但卻明確提到守衛穆陵關的千總商毅是一個人材，并且記錄了錦衣衛隨商毅收復濟南的過程。
崇禎看完密信之后，這才信相曾化龍的奏本或許將商毅的功勞有所夸大，但也不算是做假，起碼收復二縣一府，解救十余萬百姓，又在濟南擋住清軍的進攻，這可都是真的。而就算是這樣，這功勞在大明來說，也是絕無僅有的了，因此祟禎也不禁大喜過望，立刻下令，要兵部和五軍都督府議論，該給商毅升什么樣的官職，是否如曾化龍所請，晉升商毅為山東總兵。
但崇禎的決議一傳下，立刻引起了許多官員的反對，因為不少官員都認為,商毅所立下的這些功勞太不合理，需要進一步核實確認之后，才能議論升官的問題，還有一部份官員干脆就直接認定這是假的，這是曾化龍假報戰功，荒報軍情,應該將曾化龍和商毅抓到北京來問斬。
結果這一來二去，崇禎的信心又動搖了不少，而且他又不好向眾人說,自己是從錦衣衛那里得到的確切消息，于是又經過一天的議論，官員們也終于決定出一個辦法，先不給商毅封官，而是把曾化龍和商毅招到北京來，當面詢問淸楚再說，如果是真的，那么就再給曾化龍和商毅加官進爵，如果是假的，那么就對不起，在北京就把他們兩人拿下問罪。
崇禎聽了之后，也覺得這是最好的辦法，盡管以商毅一個小小千總的身份，其實根本就沒有資格進京朝見皇帝，但現在非常時期，也只有破例一回了。
曾化龍接到圣旨之后，雖然覺得奇怪，但想了一想，也馬上猜出了個，不過這也難怪皇帝生疑，這樣的事情，說出來確實誰都難以相信，反正商毅的戰功都是真的，就是到了北京也能說得清楚，因此曾化龍到也沒往心里去，一面收拾行馬，準備上京，一面又派人通知商毅，讓他也準備一下，到青州府來等自己，然后兩人一起結伴進京。
曾化龍的公文傳到了穆陵關之后，商毅也覺有些好笑，不過轉念一想，自己純屬是在歷史中橫插了一竿子，崇禎在歷史中本來就是個多疑的人，他要是一下子全信了才怪。因此也就釋然了。同時他也想到北京去看看，大明朝的氣數如何，還有沒有救了，因此立刻就馬上準備起來。
因為在先前聽了曾化龍的吩咐，商毅特意保留了三百顆人頭，這次進京，自然會都帶上。隨后又從清軍的俘虜中挑選出二百名身強體壯，最好是標準的滿人，一起押解到北京去。同時還帶上了所有的旗幟，盔甲三百套，刀槍武器五百件，鼓二十面。反正也湊了一大堆，足足裝了二十輛大車。
并且商毅又聽了周世奇的建議，帶了七萬兩白銀和一批貴重的器物，準備到北京去上下打點關節。有道是閻王好見，小鬼難纏，底下的人要是刁難你一下，也夠受的。
帶著這么多的東西還有俘虜進京，而且現在李自成和張獻忠鬧得正兇，沿路自然需耍不少人保護，因此啇毅也決定，帶兩個火槍連，共計四百多人，一起上路。另外還帶了兩個偵察排。為了防止路上不測，毎名士兵帶六十發彈藥，另外還帶了兩百顆手榴彈。
而穆陵軍的人員中沒有人去過北京，而且現在關城里也沒有別的事情，因此商毅決定，帶周少桓、童大勇、成進、成剛、段鵬等五個當初在山村要好的少年一起進京，還把葉瑤瑱也帶上，就當是做一次公費旅游吧。同時洋和尚阿科尼亞也準備和他們一起上路，到北京去向湯若望報到。
于是被點到名的人在一片歡喜中，收拾行李。葉瑤瑱也是又驚又喜，知道這是商毅疼愛自己，因此心理也覺得十分甜美。
準備了兩天之后，商毅這才帶著隊伍出發，在臨走之前，又對關里的事情做了一番詳細的安排布置。
到了青州府之后，商毅又受到知府孟宏恭的熱烈歡迎，也不住的向商毅道謝。一方面是因為商毅在曾化龍面前為他掩飾了青州兵的惡績，保全孟知府的官位，另一方面也是因為商毅這次進京肯定升官，趁著這個機會，好好和商毅拉拉關糸，因此在家里設家宴招待商毅。
見實在是盛情難卻，商毅也只好帶著葉瑤瑱赴宴。卻不知這下令孟宏恭精心準備的如意算盤落了空。
原來孟宏恭有個女兒，今年十六歲，長得也頗有幾分姿色，于是孟宏恭也動了心思。雖然他知道商毅以經娶妻，但認為他娶得不過是個鄉下女子，怎么能和自己的知府千金相比，因此打算在席間探一探商毅的口風，只要商毅原意立自己的女兒為立室，就打算和商毅結這個親。
而如果商毅并不忘糟糠之妻，孟宏恭的女兒自然不能嫁給商毅作妾，但他也另有準備，就是送給商毅兩名姬妾，人都選好了，借著獻歌獻舞們名議，出來讓商毅見一見，只要商毅有意動，就馬上開口相贈。
那知見了葉瑤瑱之后，孟宏恭才發現，商毅的這個新婚嬌妻雖然年紀不大，但長得秀美絕倫不說，行為舉止言語也非常得體，絕不是一個粗鄙的鄉下女子，自己的女兒雖然相貌不差，卻也遠遠不及。再看商毅的言談舉止，顯然是對妻子用情及深，體貼倍致，更不可能娶自己的女兒為正室了。而且當著葉瑤瑱的面，也不能給商毅送姬妾，因此孟知府也只好把精心安排的事情暫時作罷，等以后有機會再說。
等了兩天之后，曾化龍也到達了青州府，商毅和孟宏恭一起將曾化龍接進城來，和曾化龍同行的還有商毅認識的韓志和肖文軍兩人。
看到商毅準備的東西，曾化龍也非常滿意，認為一定能讓皇帝見了這些東西之后，一定會感到高興的。隨后又問了孟宏恭安置難民的工作，孟宏恭也一一向曾化龍匯報，又夸講了商毅幾句，說全靠他支助的錢糧，才使安置難民的事情辦理的頗為順利。
其實孟宏恭還算是一個不錯的官員，這次安置難民的工作，他也花費了不少功夫，商毅支助的錢糧，絕大部份也確實都用到了難民們的身上。
曾化龍聽完之后，將他們兩人都夸講了一番，而得知商毅這次打算帶著新婚的妻子進京，曾化龍也不禁一笑，想到商毅倒底還是少年人，行事風流一些也是正常，而且他們是少年夫妻，又是新婚燕爾的時候，這次商毅又是進京受封，正是春風得意，因此攜妻同行也是情有可原，這些小節也就不必過于計較了。
眾人又在青州府住了一夜，第二天才一起上路出發。而孟宏恭將他們一行送出城外十里，這才返回。而曾化龍和商毅帶領著這一行人馬，一路北上，向北京進發。