在處理軍民沖突事情的同時，商毅也沒有忘記其他的工作。因為濟南府是清軍北回的必由之路，因此穆陵軍攻克了濟南府，清軍必然要來復奪濟南，這一戰是勢不可免了。
兗州府在濟南府的正南方，距離和青州府差不多，也是四五百里左右，以清軍的騎兵速度，也就是二三天的時間，就可以從兗州府趕到濟南來，再加上收到消息和集合人馬的時間。商毅對清軍到來的時間判斷是十到十五天左右，因此必須抓緊這段時間備戰。
商毅首先還是派出了偵察隊，向兗州府方向去打探清軍的動向，做到事先掌握第一手軍情，同時又命人迅速返回穆陵關和青州府，將第二批戰爭物資送到濟南府來。
不過這時清軍留在濟南府的所有物資也初步清點出來，而所得的糧食、牲畜、錢財物資各方的數量之大，再一次令商毅感到了震驚。
在濟南府甲屯集的糧食中，僅米就多達二十五萬七千多石，還有面粉三萬六千多石，另外還馬匹牲畜的飼料七萬五千余石。而牲畜方面，光是馬就有四千五百多匹，其中有半數都是適當挽乘的戰馬，而牛騾驢豬羊等其他牲口共計達剄了三萬二千余頭。在錢財物資方面也毫不遜色：庫存白銀和留守清兵私藏白銀相加，共計有一百零七萬四千多兩，黃金六千多兩，珍珠一千六百八十余兩，還有各色綢緞共二萬三千七百余匹，緞衣和裘衣四千二百余領。各種器皿三千余件。
就這些東西，以穆陵軍現在的規模，至少可以維持七八年時間，難怪拿到了統計結果之后，商毅都忍不住想大叫：“這下可發達了。”
當然商毅也知道，這些物資現在還并不能說就全歸自己所有，因為以現在穆陵軍的運輸能力，想全都拉回穆陵關，少說也要兩三個月的時間，如果濟南府再被清軍奪回去，那么一切神馬就都真的成了浮云。因此為了這些東西，也要盡力守住濟南。同時商毅也在準備車輛，能先運走多少，就運走多少。
另外在濟南府里還發現了大量火銃，都是在此前清軍入關的戰斗中，還從明軍那里奪來的，因為淸軍不重視火銃，因此沒有帶走南下。現在當然也全部都被商毅接收了。包括有九十六支魯密銃、三百三十八支三眼銃，六百八十六支鳥銃，一百八十七支軒轅銃，共計有一千二百一十一支火銃。另外居然還搜到了二十七支迅雷銃，和三十二支摯電銃。
迅雷銃和摯電銃與魯密銃一樣，都是由趙世禎發明的火銃，商毅早就聽說過這兩種火銃，但直到今天才見到。迅雷銃，號稱是后世馬克沁機關槍雛形的連發槍，其實就是將多個槍管連在一起，可以輪流發射，可以達到在短時間內，密集發射的效果。一般都是五支管銃連在一起，最多可以有二十二支管銑連在一起。
而摯電銃便神，這是趙世禎吸取了佛朗機炮的優點，又結合魯密銃而創造出來的一種新型火槍，采用后裝子銃的方式，可以算是最原始的后膛槍。而且子銃是預先裝好，輪流裝入槍管發射，可以加快射擊速度，以“摯電”命名，就包含了這層意思，也和火槍未來發展的彈売分離的趨勢相符合。
當然這兩種火銃和鳥銃、魯密銃甚致是燧發槍這類發展成熟的火槍相比，都還存在著很大的缺點，因此在現實的戰場上，很少有人會使用。但商毅卻知道，有缺點很正常，這是任何新式武器在發展過程中都會遇到的問題，但這兩種火銃的發展道路是正確的，只要堅持發展下去，不斷完善和改進，一定會成為未來的戰場上的主流。
經過羅遠斌等人的檢查，一共有七百八十五支火銃可以使用，包括十八支迅雷銃和二十支摯電銃。另外有三百七十三支火銃基本廢掉，只能當訓練的模似槍用，另有一百一十二支火銃需要維修。不過在可以使用的十八支迅雷里，有十支五管，五支十二管和三支十八管。沒有傳說中最神的二十二管。
不過這也讓商毅覺得非常滿意了。到是穆陵軍現在擁有的火銃數量增長的太快了,僅濟南府里以經有一千六百多支各種可以使用的火銃，火槍兵又出現了缺口。
而在開完了審判大會之后，濟南城里的秩序馬上就恢復了正常，同時商毅還把在戰場上收集到的五百多匹死馬全都剝皮剔骨，給百姓們改善生活，每個人毎天還能分到二兩肉吃。
雖然在第一天開飯的時候，居民中間還出現了一些哄搶行，但商毅對這種現像同樣也不手軟，立刻將帶頭哄搶的人抓了起來，給予重罰。在亂世重典之下，也是審判大會的余威猶在，百姓們也立刻都老實起來。而且商毅對百姓的食物也提供得十分充足，先來后到都能領到飯食，也沒必要哄搶，因此后來毎次領飯的時候，居民們也都自覺排隊，吃飯的秩序也好多了。
而在經過了仔細查點之后，被解救出來的百姓一共有十三萬二千六百五十一人，男子為九萬四千三百八十七人，女子為三萬八千二百六十四人，而人口牛絕大多數都是少青壯年，五十歲以上的老人和十二歲以下的幼兒只有數千人。
統計完人口數量，商毅立刻向所有居民宣布，淸軍不日就會來進攻濟南，因此這里既將耍變成戰場，因此要求所有百姓都遷移到青州一帶去，在那邊有人會安排他們的飲食住宿。
百姓們對清軍自然還心有余悸，聽了商毅的公告之后，也有些著慌，因此也都想退到青州府去，尋求安全。不過也有相當一倍份人愿意留下來，幫助穆陵軍抵抗清軍。也有人愿意加入穆陵軍。這些人大多都是率先響應趙從夫和吳漢生號招，第一批出來反抗清軍的百姓，他們覺得跟著穆陵軍一起，可以有機會為親人們報仇。
有人投軍，商毅當然是歡迎，不過對投軍的人也不是來者不拒，規定只接收年齡在十六歲以上，四十歲以下的男子。當然也對投軍者的身高、力量、體能有一定的要求限制。這樣一來，又淘汰了相當一倍份人，最終收錄的，有一萬二千多人。
另有六千多在適齡以內，但其他要求達不到的人，商毅也沒有放棄，將他們全都暫時編為民軍，責任維持治安，秩序的工作，等百姓開始遷移的時候，將由他們主要付責護送，返回穆陵關之后，再接受一段時間的系統訓練，看看能不能達到從軍的標準。
招集到了士兵以后，商毅立刻對他們開始了訓練，同時又命人到穆陵關去，運一部份兵器和盔甲過來。
隨后，商毅又招集那剩下的一千八百多名青州兵，直接告訴他們，對他們先前的過錯，自己就不再追咎了，并且打算把他們和百姓一齊，全部都送回青州府去，自己己寫了公文，將發生的事情說明，上報給青州府，至于府里怎樣處置他們，那就與穆陵軍沒有關系。但如果有愿意留下來，和穆陵軍一起抵抗清軍的人，商毅也表示歡迎，并且保證在軍餉和撫恤上都享受和穆陵軍其他普通士兵一樣的待遇，立功也能得到晉升，當然一定要尊守軍紀，同時也要接受自己的訓練。
經過了一天的考慮，有約一千多的士兵愿意留下來，接受訓練，抵抗清軍。因為他們也知道，青州府里對他們這次出擊是寄予了厚望，希望他們能跟著穆陵軍一起也立些功勞，好讓知府大人長長臉。但現在雖然攻下了濟南府，但青州兵卻沒立過一點功勞，還捅出了這么大的簍子，回去之后恐怕也好不了。到不如跟著穆陵軍一起抵抗清軍，說不定還能夠立些功勞，彌補自己的過失。
而時他們雖然都是兵油子，但也并不是泯滅人性，這幾天發生的事情，甴其是那天的審判大會，對他們還是有些觸動，他們也想像穆陵軍那樣，活出個樣子來。
其實吳漢生、周少桓等人對商毅收留這些青州兵也不是沒有意見，因為這些青州兵都是兵油子，就是明朝最善練兵的戚繼光也不愿訓練兵油子，難道商毅能把他們改好了嗎？
商毅當然不這么看，因為他知道，絕大多數的兵油子其實都是底層百姓出身，本質還是純樸的，只是在一個大環境中，身不由己也粘染上了一些惡習，只要能夠給他們一個良好的環境，用嚴格的軍紀管束他們，用嚴勵的訓練來煅練他們，再通過一些思想教育的配合，一定能把他們改造好。
這一點在后世共和國創建的過程中，也得到過無數次的證明，無論是為鬼子效力的偽軍，還是為花生米買命的國軍，不管和我軍對敵時怎樣無能，但只要是轉變成我軍，經過一定的改造之后，都會馬上脫胎換骨，立時就變了一個樣。商毅相信，太祖那一批先輩在三百年后能夠做到的，自己在三百年之前，同樣也能做到。這一千多青州兵，就是自己的第一批試驗對像。
而周少桓、吳漢生等人想想過去商毅做出的那些決定，也都無話可說了，只是在心里盤算，怎樣在訓練的時候，狠狠的修理那些青州兵，一直到把他們身上所有惡習都改過來為止。